ED Mathématiques et Informatique
Exploration de visualisations concrètes et immersives pour communiquer l'impact environnemental des actions quotidiennes
par Aymeric FERRON (LaBRI - Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique)
Cette soutenance a lieu à 9h30 - Salle Ada Lovelace Centre Inria de l'université de Bordeaux 200 avenue de la Vieille Tour 33405 TALENCE
devant le jury composé de
- Yvonne JANSEN - Chargée de recherche - CNRS - Directeur de these
- Tim DWYER - Professeur - Monash University - Rapporteur
- Laurence NIGAY - Professeure des universités - Université Grenoble Alpes - Rapporteur
- Raimund DACHSELT - Full professor - Dresden University of Technology - Examinateur
- Anastasia BEZERIANOS - Professeure des universités - Université Paris Saclay - Examinateur
- Martin HACHET - Directeur de recherche - Inria - CoDirecteur de these
Comprendre les impacts environnementaux des actions du quotidien est un défi : les données sont complexes et rarement communiquées de manière compréhensible. Pourtant, améliorer les connaissances et la sensibilisation du public aux comportements non durables est essentiel pour favoriser des choix plus responsables, tant individuellement que collectivement. Pour ce faire, il est important de communiquer sur les impacts environnementaux à l'aide d'outils suscitant l'intérêt et engageant le grand public. Dans cette thèse, nous explorons les visualisations concrètes et immersives comme moyen de communiquer les impacts environnementaux des actions du quotidien. Nous introduisons d'abord une visualisation concrète portant sur trois limites planétaires, représentées grâce à un mini-monde virtuel imitant les processus biophysiques de la Terre. Nous présentons ensuite une étude contrôlée examinant les effets de la réalité augmentée et des visualisations concrètes sur la crédibilité perçue des informations environnementales ainsi que sur l'engagement des utilisateurs — montrant que les visualisations concrètes en réalité augmentée peuvent substantiellement augmenter l'engagement sans menacer la crédibilité. Puis, nous rapportons une seconde étude contrôlée examinant l'impact de l'enaction et de la ludification par quiz sur la mémorisation d'émissions de gaz à effet de serre en réalité virtuelle — suggérant que la ludification favorise la mémorisation tandis que l'enaction augmente la motivation intrinsèque et l'état de flow. Enfin, nous introduisons des visualisations en réalité augmentée s'étendant sur plusieurs dizaines de mètres pour représenter des jeux de données contenant de grands ordres de grandeur, et proposons un espace de conception explorant l'utilisation du mouvement pour supporter une exploration progressive des données. Pris dans leur ensemble, nos contributions suggèrent que les visualisations concrètes et immersives constituent une direction prometteuse pour la communication environnementale, offrant une alternative engageante et crédible aux représentations graphiques conventionnelles.
ED Sciences Chimiques
Rôle des contaminants émergents dans la promotion du transfert horizontal de gènes de résistance aux antimicrobiens : approche multi-échelle en contexte environnemental
par Ana REY SOGO (Environnements et Paléoenvironnements Océaniques et Continentaux)
Cette soutenance a lieu à 11h00 - Aula A1 Salón de Grados de la Facultad de Ciencia y Tecnología University of the Basque Country (UPV/EHU) Faculty of Science and Technology, Sarriena Auzoa, 48940 Santsoena, Biscay
devant le jury composé de
- Eric FOUQUET - Professeur des universités - Institut des Sciences Moléculaires (ISM), Université de Bordeaux - Examinateur
- Elisabeth GROHMANN - Professeure - Berlin University of Applied Sciences, Faculty of Life Sciences and Technology, Department of Microbiology, Berlin, Germany - Rapporteur
- Manel CAMPS - Full professor - UC Santa Cruz - Examinateur
- Nestor ETXEBARRIA LOIZATE - Full professor - Department of Analytical Chemistry Faculty of Science and Technology – Plentzia Marine Station (PIE) University of the Basque Country / Euskal Herriko Unibertsitatea - Examinateur
- Matxalen LLOSA BLAS - Professeure des universités - Facultad de Medicina, University of Cantabria (UC) - Rapporteur
La dissémination mondiale de la résistance aux antimicrobiens (RAM) par transfert horizontal de gènes (THG), notamment par transfert conjugatif, représente l'un des défis les plus urgents en microbiologie environnementale et en santé publique. Si les antibiotiques sont reconnus comme moteurs de la sélection et de la propagation de la RAM, le rôle des contaminants d'intérêt émergent (CIE ; produits chimiques industriels, désinfectants, produits de soins personnels) en tant que promoteurs de la conjugaison bactérienne à des concentrations environnementalement pertinentes reste insuffisamment compris. Cette thèse comble cette lacune par une approche intégrative et multi-échelle combinant modélisation prédictive par apprentissage automatique (AA), expérimentation in vitro sur trois systèmes de conjugaison, et évaluation in situ dans un estuaire influencé par des eaux usées. Dans le premier chapitre, des modèles d'AA (régression linéaire, forêt aléatoire et XGBoost) ont été développés à partir d'un jeu de données compilé d'effets publiés de stress chimiques sur la conjugaison. Le régresseur XGBoost, modèle le plus performant, a atteint un R² de 0,719 en validation interne. L'analyse de l'importance des variables a révélé que la concentration chimique, l'espèce bactérienne et les empreintes structurales étaient les prédicteurs dominants. Ces résultats établissent un cadre pour l'évaluation du risque THG et soulignent la nécessité de jeux de données plus larges et homogènes. Dans le deuxième chapitre, les effets de douze CIE issus de six groupes fonctionnels sur le transfert conjugatif ont été caractérisés à l'aide de deux systèmes d'appariement intraspécifiques chez Escherichia coli, partageant le receveur HMS174 mais différant par le fond génétique du donneur et le groupe d'incompatibilité plasmidique (IncF/K12 et IncP/UB1637). Les deux systèmes ont répondu à des concentrations de 0,001–0,01 µg/mL, mais le système IncP a présenté une induction plus forte et reproductible. Cette sensibilité différentielle a été expliquée par trois facteurs : la fréquence de transfert basale plus élevée d'IncF ; l'hétérogénéité de la population cellulaire ; et le système de régulation intrinsèque du plasmide. Des voies mécanistiques spécifiques à chaque composé ont également été élucidées. Dans le troisième chapitre, l'investigation a été étendue à un contexte in situ en caractérisant le plasmidome mobilisable en quatre points couvrant les effluents de stations d'épuration (SEEU) et des eaux réceptrices non impactées. L'intégration des plasmides capturés, de la qPCR de gènes liés à la RAM et du contexte chimique a démontré que les points de rejet présentaient des taux élevés de capture et de diversité plasmidique. L'exposition du système in vitro IncF/HMS174 aux effluents de SEEU a modulé le transfert conjugatif, établissant un lien mécanistique entre mélanges chimiques complexes et dynamiques de THG in situ. Ces travaux établissent que les CIE à des concentrations environnementalement pertinentes constituent un facteur de risque modeste mais réel pour la dissémination de la RAM par conjugaison, dont l'ampleur dépend de l'identité chimique, de l'architecture régulatrice des plasmides et de l'hétérogénéité des populations. La diversité mécanistique observée souligne l'importance d'étudier les composés individuellement, tandis que l'exposition aux mélanges d'effluents et le plasmidome in situ montrent que le risque réel est façonné par la complexité chimique et le contexte écologique d'une manière que les expériences sur un seul composé ne peuvent capturer pleinement. Ces résultats plaident pour l'intégration du potentiel de promotion du THG dans les cadres réglementaires, et pour le développement d'essais de conjugaison standardisés et multi-plasmidiques comme outils d'évaluation des menaces chimiques pesant sur le résistome environnemental.
ED Droit
La responsabilité environnementale de l'entreprise : entre quête du profit et greenwashing
par Hanif OUBROU (CENTRE DE RECHERCHES ET DE DOCUMENTATION EUROPÉENNES ET INTERNATIONALES)
Cette soutenance a lieu à 14h00 - Salle des thèses, Bâtiment C, 16 Avenue Léon Duguit, 33600 Pessac
devant le jury composé de
- Hubert DELZANGLES - Professeur - Sciences Po Bordeaux - Directeur de these
- Julien BéTAILLE - Professeur - Université de Pau Pays de l'Adour - Rapporteur
- Grégoire LERAY - Professeur - Université Côte d'Azur - Rapporteur
- Frédéric MARTY - Directeur de recherche - Université Côte d'Azur - Examinateur
- Alexandre ZABALZA - Professeur - Université de Bordeaux - Examinateur
La dégradation de l'environnement est liée fondamentalement à l'activité économique. Dans ce contexte, l'entreprise, en particulier la grande entreprise multinationale, est désormais appelée à intégrer la protection de l'environnement dans l'exercice de son activité. Cette étude s'attache à saisir juridiquement ce paradoxe en analysant les deux griefs majeurs adressés à l'entreprise moderne : la quête exclusive et effrénée du profit et le greenwashing. La première partie explore la logique du profit à travers une réflexion sur l'être humain lui-même. L'entreprise n'est pas une entité abstraite : elle prolonge les ressorts anthropologiques de l'homme, partagé entre égoïsme et altruisme. Les grandes doctrines de la responsabilité sociétale, qu'il s'agisse de la maximisation du profit ou de la théorie des parties prenantes, rejouent à l'échelle de l'entreprise la tension fondamentale entre égoïsme et altruisme qui traverse l'être humain et donc sa responsabilité dans le dérèglement climatique. Les nouveaux instruments juridiques, tels que la raison d'être, l'entreprise à mission, le devoir de vigilance, les procès environnementaux, le Say on Climate, etc., témoignent en ce sens de la tentative de canaliser cette tension entre environnement et profit. La seconde partie s'attache au phénomène du greenwashing, dans lequel l'entreprise ne se définit plus seulement par ses pratiques et par ce qu'elle est véritablement, mais aussi par l'image environnementale qu'elle revendique. En encadrant le décalage entre les actes et les discours de l'entreprise, le droit constitue un outil destiné à instaurer une exigence de vérité. Celle-ci se déploie d'abord à travers des mécanismes d'autorégulation publicitaire, à la fois souples et pédagogiques, et qui permettent d'analyser avec profondeur ce qu'implique le greenwashing. Elle s'exprime également par le recours au contentieux devant les juridictions, ainsi que par l'adoption de textes renforçant la responsabilité juridique attachée aux messages écologiques. En définitive, cette thèse montre que la critique d'une recherche exclusive et effrénée du profit et celle du greenwashing se rejoignent dans une même interrogation sur la vérité et la responsabilité de l'entreprise. Entre quête du profit et prise en compte des enjeux environnementaux, apparence communicationnelle et réalité environnementale, le droit apparaît comme un instrument de changement. Son rôle n'est pas de supprimer la tension entre économie et environnement, mais de permettre un alignement entre ce que l'entreprise est, ce qu'elle fait et ce qu'elle dit.
ED Sciences de la Vie et de la Santé
Régulation de l'expansion des cellules souches hématopoïétiques
par Arthur POULET (BoRdeaux Institute of onCology)
Cette soutenance a lieu à 13h30 - Amphi BBS Bât BBS, 2 Rue Hoffmann-Martinot, 33000, Bordeaux
devant le jury composé de
- Marie-Laure ARCANGELI - Chargée de recherche - Institut Gustave Roussy - Rapporteur
- Christine DIDIER - Chargée de recherche - Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse - Rapporteur
- Eirini TROMPOUKI - Directrice de recherche - Institute for Research on Cancer and Aging, Nice (IRCAN) - Examinateur
- Philippe DE DEURWAERDERE - Professeur des universités - Université de Bordeaux - Examinateur
La production des cellules sanguines matures est assurée tout au long de la vie par une population cellulaire rare : les cellules souches hématopoïétiques (CSH). Par leurs capacités d'autorenouvellement et de multipotence, elles assurent la pérennité du système hématopoïétique tout au long de la vie et constituent un outil thérapeutique majeur, notamment dans la prise en charge des hémopathies. La balance entre quiescence, autorenouvellement et différenciation est finement régulée, et des travaux récents ont mis en évidence un rôle clé du métabolisme dans cette régulation. Une analyse métabolomique comparative menée précédemment au laboratoire a identifié le N-acétyl-L-aspartate (NAA) parmi les métabolites jusqu'à dix fois plus abondants dans les CSH prolifératives du foie fœtal par rapport aux CSH quiescentes de la moelle osseuse adulte, suggérant un rôle dans l'expansion. Si ce métabolite est connu pour son abondance dans le cerveau, son implication dans l'hématopoïèse est peu décrite, et la caractérisation initiale du modèle Nat8l-KO a montré qu'il n'est pas essentiel à l'hématopoïèse murine en conditions basales, suggérant que son implication pourrait être spécifique au contexte de l'expansion comme lors d'un stress hématopoïétique. Ce travail de thèse a eu pour objectif de tester cette hypothèse en évaluant le rôle du NAA dans l'adaptation des CSH à différents stress hématopoïétiques. Une première partie a consisté à développer des outils permettant un suivi fin du compartiment souche en condition de stress. Le modèle rapporteur Pdzk1ip1-EGFP, spécifiquement enrichi dans les CSH, a été caractérisé en conditions basales et de stress permettant une identification des CSH indépendante des variations des marqueurs de surface classiques, dont l'expression peut être modulée sous stress (notamment c-Kit). La seconde partie a évalué l'impact de l'absence de NAA dans le modèle Nat8l-KO. Le compartiment des CSH apparaît préservé à l'état basal et n'est pas significativement altéré après un stress inflammatoire induit par le LPS. En revanche, lors d'un stress myéloablatif répété (injections de 5-FU), les souris Nat8l-KO présentent une diminution de leur survie et une réduction du compartiment souche, accompagnées d'une majoration des signatures transcriptomiques de stress oxydatif et inflammatoire. Lors du vieillissement physiologique, l'absence de NAA conduit à une diminution globale du compartiment des CSH, ainsi qu'à une altération de leur capacité de reconstitution lors transplantation. L'ensemble de ces résultats indique que le NAA n'est pas requis pour le maintien basal du compartiment souche, mais qu'il devient nécessaire lorsque les CSH sont soumises à des contraintes régénératives prolongées ou répétées positionnant le NAA comme un acteur métabolique de la plasticité hématopoïétique. En caractérisant la régulation métabolique de l'expansion et de l'autorenouvellement des CSH sous contrainte, ces travaux apportent des connaissances utiles à l'enjeu de l'expansion ex vivo des CSH et à l'optimisation de leur utilisation en greffe et en médecine régénérative.
Etude du microenvironnement immunitaire des tumeurs de vessie n'infiltrant pas le muscle à haut risque de progression
par Clément KLEIN (Immunologie Conceptuelle, Expérimentale et Translationnelle)
Cette soutenance a lieu à 14h00 - Salle de Conférences Centre d'Appui à la Recherche et Formation Université de Bordeaux - Campus Carreire 146 Rue Léo Saignat, 33000 Bordeaux
devant le jury composé de
- Grégoire ROBERT - Professeur des universités - praticien hospitalier - CHU de Bordeaux - Directeur de these
- François AUDENET - Professeur des universités - praticien hospitalier - Hôpital européen Georges-Pompidou - Rapporteur
- Céline COLACIOS - Professeure des universités - Centre de Recherche en Cancérologie de Toulouse (CRCT) INSERM UMR-1037 - Rapporteur
- Alexandra MASSON-LECOMTE - Professeure des universités - praticienne hospitalière - Hôpital Saint Louis - Examinateur
Les tumeurs de vessie représentent l'un des cancers urologiques les plus fréquents, et environ 75 % sont diagnostiquées au stade de tumeurs n'infiltrant pas le muscle (TVNIM). Parmi celles-ci, les formes dites à haut risque se caractérisent par un risque important de récidive et de progression vers une maladie infiltrant le muscle, associée à un pronostic plus défavorable. Malgré l'efficacité du traitement intravésical par Bacille de Calmette-Guérin (BCG), une proportion significative de patients présente une progression tumorale, soulignant le rôle central du microenvironnement tumoral et des mécanismes d'échappement immunitaire dans l'évolution de la maladie. L'objectif de cette thèse était de mieux caractériser le microenvironnement immunitaire des cancers urothéliaux de vessie, et en particulier des TVNIM à haut risque, afin d'identifier les mécanismes immunologiques impliqués dans la progression tumorale et la résistance thérapeutique. Dans un premier travail, une analyse transcriptomique ciblée du microenvironnement immunitaire a été réalisée à partir d'échantillons tumoraux de patients atteints de cancer de vessie. Cette approche intégrant signatures immunitaires (notamment des signatures géniques associées à l'immunité adaptative, à l'infiltration myéloïde et à l'expression de points de contrôle immunitaire) et des modules transcriptionnels a permis de mettre en évidence une hétérogénéité importante du paysage immunitaire tumoral. Les tumeurs précoces présentaient globalement une signature liée à l'immunité adaptative et cytotoxique plus marquée, tandis que les stades plus avancés étaient associés à une augmentation des programmes myéloïdes, immunorégulateurs et prolifératifs. Par ailleurs, l'expression coordonnée de plusieurs points de contrôle immunitaire, incluant PD-L1, TIGIT et LAG-3, augmentait avec le stade tumoral, suggérant une activation concomitante de mécanismes immunitaires effecteurs et inhibiteurs au cours de la progression tumorale. Dans un second travail, nous avons étudié le rôle fonctionnel des cellules myéloïdes immunosuppressives dans la plasticité tumorale. À l'aide de modèles de co-culture in vitro, nous avons démontré que des cellules suppressives dérivées de monocytes humains favorisent l'acquisition de propriétés de type cellules souches cancéreuses par les cellules tumorales vésicales. Ce phénomène repose sur un contact cellulaire direct et implique l'activation coordonnée de voies inflammatoires et du programme de transition épithélio-mésenchymateuse, dépendant notamment des signalisations TNF-α et TGF-β. Ces résultats mettent en évidence un lien mécanistique entre immunosuppression et acquisition de phénotypes tumoraux plus agressifs. Dans leur ensemble, ces travaux soulignent le rôle central des interactions entre cellules tumorales et cellules immunitaires myéloïdes dans la progression du cancer de la vessie. Ils suggèrent que ces populations cellulaires ne participent pas uniquement à l'échappement immunitaire, mais contribuent également à la plasticité tumorale et à l'émergence de cellules souches cancéreuses. Ces résultats ouvrent des perspectives thérapeutiques visant à cibler conjointement les mécanismes d'immunosuppression et les programmes de plasticité tumorale afin d'améliorer la prise en charge des TVNIM à haut risque.