ED Mathématiques et Informatique
Optimisation du portage et des performances des applications HPC à mémoire distribuée et adressable globalement
par Radjasouria VINAYAGAME (LaBRI - Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique)
Cette soutenance a lieu à 16h00 - Ada Lovelace 200 Av. de la Vieille Tour, 33405 Talence
devant le jury composé de
- Emmanuelle SAILLARD - Chargée de recherche - Centre Inria de l'université de Bordeaux - Directeur de these
- Samuel THIBAULT - Professeur des universités - Université de Bordeaux - CoDirecteur de these
- Camille COTI - Professeure des universités - École de Technologie Supérieure - Rapporteur
- Anthony SKJELLUM - Professeur des universités - Tennessee Tech University - Rapporteur
- Brice GOGLIN - Directeur de recherche - Centre Inria de l'université de Bordeaux - Examinateur
- Ignacio LAGUNA - Directeur de recherche - Lawrence Livermore National Laboratory - Examinateur
- Hugo TABOADA - Ingénieur de recherche - CEA - Examinateur
Pour répondre aux besoins croissants en calculs scientifiques (modélisation météorologique, dynamique moléculaire, ...), les clusters de calcul haute performance (HPC) se sont développés. Les clusters HPC sont composés de plusieurs nœuds de calcul interconnectés via un réseau haute performance. Grâce au parallélisme, les calculs sont répartis entre ces nœuds, chacun traitant un sous-ensemble de la simulation globale, ce qui accélère le traitement. Cette répartition implique des échanges fréquents de données entre les nœuds, entraînant de la latence. MPI (Message Passing Interface) est la norme la plus largement utilisée pour définir ces échanges en HPC. Elle définit différents types de communication, notamment les communications point à point. MPI exploite les mécanismes de communication asynchrone offerts par les plateformes modernes en introduisant les communications unilatérales MPI (MPI OSC). Elle permet à un processus d'accéder directement et de manière asynchrone à la mémoire située sur un processus cible sans nécessiter de coordination explicite de la part de ce dernier. Contrairement aux communications bilatérales point à point traditionnelles, les MPI OSC dissocient les transferts de données et les synchronisations. Comme les communications unilatérales accèdent directement à la mémoire distante, elles réduisent la surcharge de communication et permettent un meilleur chevauchement des communications avec les calculs, leur utilisation peut améliorer les performances des applications. Cependant, leur complexité d'utilisation, notamment la nécessité d'assurer la cohérence de la mémoire pour éviter les conflits de données, constitue un frein important pour les développeurs, qui continuent à privilégier les communications point à point plus simples à utiliser. Notre étude facilite l'usage des communications unilatérales dans les codes MPI grâce à deux solutions: une nouvelle approche de détection des conflits d'accès aux données et un outil de transformation automatique. Nous améliorons tout d'abord la mise à l'échelle de la détection des conflits d'accès aux données dans les programmes MPI OSC intégrée dans PARCOACH, un outil de vérification MPI. Cette détection instrumente les accès mémoire du programme et les stocke dans arbre de recherche binaire (BST). Afin d'éviter l'explosion du nombre de nœuds, qui nuit à la mise à l'échelle de l'analyse, nous proposons un nouvel algorithme de fusion de nœuds pour regrouper les accès mémoire adjacents ou équidistants. Nous proposons également une solution pour réduire le coût temporel lors de l'exécution en associant l'analyse dynamique à une analyse statique afin de réduire le nombre d'instrumentations. Ainsi, seules les instructions sujettes à des conflits de données sont instrumentées lors de l'exécution. Des expériences sur des applications réelles montrent que nos contributions permettent d'obtenir une meilleure précision, une réduction de l'utilisation de la mémoire par l'analyse, et une réduction du coût temporel de l'exécution à plus grande échelle. Nous évaluons également nos contributions sur MPI-BugBench (MBB), un benchmark que nous avons développé en collaboration avec l'université RWTH Aachen et l'université technique de Darmstadt. MBB fournit un large éventail de scénarios réels d'utilisation de MPI pour évaluer les outils de vérification. À l'aide de MBB, nous comparons trois outils de pointe pour détecter les erreurs dans les programmes MPI: MUST, ITAC et PARCOACH. Pour faciliter la migration aux communications unidirectionnelles, nous introduisons un modèle généralisé Post-Start-Complete-Wait qui traduit les communications bidirectionnelles en communications unidirectionnelles. Nous proposons ensuite OSCAR, un outil basé sur des passes LLVM, qui effectue automatiquement cette transformation. Nous validons OSCAR sur un microbenchmark et deux applications. Avec OSCAR, nous avons observé une accélération d'un facteur trois sur le benchmark de bande passante OSU.
ED Droit
Droit européen de l'aménagement du territoire
par Barbara THIBAULT (CENTRE DE RECHERCHES ET DE DOCUMENTATION EUROPÉENNES ET INTERNATIONALES)
Cette soutenance a lieu à 14h00 - G1002 Université de Bordeaux, Faculté de droit, Salle G1002 Avenue Léon Duguit 33608 Pessac
devant le jury composé de
- Loïc GRARD - Professeur des universités - Université de Bordeaux - Directeur de these
- Nathalie RUBIO - Professeure des universités - Université d'Aix Marseille - Rapporteur
- Loïc LEVOYER - Professeur des universités - Université de Poitiers - Rapporteur
- Florence LERIQUE - Professeure des universités - Université Bordeaux-Montaigne - CoDirecteur de these
- FRANCETTE FINES - Professeure des universités - Sciences PO TOULOUSE - Examinateur
- Nicolas PORTIER - Professeur chargé de cours - Ecole urbaine de Sciences Po - Institut des hautes études d'aménagement des territoires - Examinateur
L'aménagement du territoire ne fait pas partie des compétences explicites de l'Union européenne. Cependant il existe un droit européen de l'aménagement du territoire. Ce droit des transitions organise le développement durable dans et de l'Union. La cohésion, d'abord territoriale, puis économique et sociale constitue sa colonne vertébrale. La coopération territoriale européenne produit des territoires de coopération. Ces deniers remettent en cause les découpages territoriaux traditionnels nationaux. Ils motivent les interactions multiscalaires et multicanales entre les acteurs dans l'Union pour la conduite des projets européens. Les connectivités par la mobilité et sans mobilité physique sont des champs d'application du droit européen de l'aménagement du territoire. Introduisant la logique réseau, le transport et le numérique supportent les transitions territoriale, économique, écologique et juridique dans et de l'Union.
La demande d'asile au titre de l'orientation sexuelle et l'identité de genre : un droit incertain, des parcours fragmentés
par Colette BEAURAIN (INSTITUT DE RECHERCHE MONTESQUIEU)
Cette soutenance a lieu à 13h30 - salle des thèses 16 avenue Léon Duguit 33608 Pessac
devant le jury composé de
- Marion PAOLETTI - Professeure des universités - Université de Bordeaux - Directeur de these
- Viviane ALBENGA - Professeure des universités - Université de Tours - CoDirecteur de these
- Kamala MARIUS - Professeure des universités - Université Bordeaux Montaigne - Examinateur
- Xavier PREVOST - Professeur des universités - Université de Bordeaux - Examinateur
- Isabelle RIGONI - Maîtresse de conférences - INSEI - Rapporteur
- David PATERNOTTE - Professeur - Université Libre de Bruxelles - Rapporteur
Le droit d'asile pour le motif d'Orientation Sexuelle et d'Identité de Genre (OSIG) a fait l'objet d'une légitimation récente au sein des politiques migratoires, rendue possible au niveau européen par la reconnaissance sociale et politique des populations LGBTIQ+ puis de leur vulnérabilité. Ce « droit » nouveau en appui de la demande d'asile est limité et sa mise en œuvre incertaine. Ce sont aux conditions de la genèse de ce droit et surtout de son application que s'intéresse cette thèse pour mesurer son effectivité. Au-delà des conditions de cette reconnaissance juridique, ce travail repose sur une participation observante assortie d'entretiens auprès d'une cinquantaine de personnes volontaires accompagnées dans une association bordelaise de personnes LGBTIQ+, le Girofard, pour préparer leur Demande d'Asile (DA) auprès des institutions françaises. Pour tenter de répondre aux attentes des personnes décisionnaires, la déconstruction et la reconstruction de multiples vécus révèlent l'omniprésence de nombreux freins qui réduisent les possibilités d'obtenir le droit d'asile au titre OSIG. Ces freins relèvent à la fois tant de la fragilisation de personnes qui, suite à un parcours d'exil traumatique, éprouvent des difficultés à produire un discours sur un motif « honteux », qu'à la logique des institutions concernées (dont l'OFPRA et la CNDA) quant à ce motif et la suspicion qu'il induit. La sociographie des demandeurs et demandeuses d'asile comme la mise en forme progressive de leur récit sont attentives à la variable du sexe comme à la question des identifications de genre et des types de sexualité. Les parcours étudiés englobent la situation vécue dans le pays d'origine ayant conduit au départ jusqu'à l'obtention ou non de l'asile.
ED Sciences de la Vie et de la Santé
Etude de Nanovecteurs pour des stratégies thérapeutiques basées sur le lysosome afin de lutter contre les maladies neurodégénératives
par Rémi KINET (Institut des Maladies Neurodégénératives)
Cette soutenance a lieu à 14h00 - Amphi Centre Broca Nouvelle - Aquitaine Centre Broca Nouvelle-Aquitaine – Amphithéâtre 146 rue Léo Saignat – CS 61292 33076 Bordeaux cedex
devant le jury composé de
- Benjamin DEHAY - Directeur de recherche - Université de Bordeaux - Directeur de these
- Simona MURA - Professeure - Université Paris-Saclay - Rapporteur
- Bertrand MOLLEREAU - Professeur - LBMC/ENS Lyon - Rapporteur
- Pascale BOMONT - Directrice de recherche - Université de Lyon - Université Claude Bernard Lyon 1 - Examinateur
- Frédéric FRISCOURT - Maître de conférences - Université de Bordeaux - Examinateur
Mon projet de thèse fut principalement axé sur le développement et la caractérisation d'une thérapie basée sur le lysosome afin de lutter contre les maladies neurodégénératives, et plus particulièrement la maladie de Parkinson. En effet, la maladie de Parkinson est caractérisée par une perte de neurones dopaminergiques de la substance noire, entraînant une pléiade de symptômes non moteurs et moteurs tels que la bradykinésie, la rigidité ou le tremblement de repos. Bien que les mécanismes pathogéniques induisant la maladie ne soient pas totalement compris, de multiples études montrent que la voie autophagique et son organelle final, le lysosome, sont affectés et participent donc au processus pathogénique, en ne permettant plus la dégradation des agrégats protéiques marqueurs de la maladie. Cette voie de clairance cellulaire est donc apparue prometteuse dans la recherche de traitement de la maladie de Parkinson. Dans le but de restaurer la fonction autophagique et en particulier l'activité lysosomale, l'équipe a par le passé tenté de restaurer le pH acide lysosomale via des nanoparticules d'acide poly(lactique-co-glycolique), ou via l'utilisation de tréhalose, un disaccharide naturel, permettant l'augmentation de la biogénèse des vacuoles autophagiques. Dans ce projet, le but a été de produire et de tester un nanovecteur polymersome capable de passer la barrière hématoencéphalique, permettant le ciblage spécifique des neurones dopamines grâce au couplage sur la couronne de glucose et de DCP, agoniste de la dopamine, afin de permettre le largage des deux molécules acides. Les résultats obtenus montrent que les polymersomes sont capables d'entrer dans les neurones dopaminergiques de la substance noire après injection intracérébrale, intranasale et rétro-orbitaire, et de rejoindre les lysosomes. De plus, nous avons démontré en conditions in vitro et in vivo que le traitement par polymersomes permet une réacidification physiologique du lumen lysosomal. Enfin, une augmentation du flux autophagique induite par le relargage de tréhalose contenue à l'intérieur du polymersome a pu être montrée. Ces travaux permettent de placer cette thérapie par polymersomes acides encapsulant du tréhalose comme un traitement prometteur pour la maladie de Parkinson, mais aussi pour d'autres maladies neurodégénératives grâce aux possibilités de modulation des composants utilisés.
ED Sciences et environnements
Affinités biologiques et processus de peuplement de la Vallée du Nil (Pléistocène final - Holocène moyen).
par Nicolas MARTIN (De la Préhistoire à l'Actuel : Culture, Environnement, Anthropologie)
Cette soutenance a lieu à 14h00 - Amphithéâtre - Bâtiment B6 Bâtiment B6, Allée Geoffroy Saint Hilaire, 33615 Pessac
devant le jury composé de
- Isabelle CREVECOEUR - Directrice de recherche - Université de Bordeaux - Directeur de these
- Petr VELEMINSKÝ - Docteur - Národní Muzeum (Prague) - CoDirecteur de these
- Louise HUMPHREY - Chargée de recherche - Natural History Museum (London) - Rapporteur
- Philipp GUNZ - Directeur de recherche - Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology - Rapporteur
- Thomas COLARD - Professeur des universités - Université de Bordeaux - Examinateur
- Marin PILLOUD - Assistant professor - University of Nevada - Examinateur
- Fanny BOCQUENTIN - Chargée de recherche - Université Paris 1 - Examinateur
- Rolf QUAM - Professor - Binghamton University - Examinateur
La fin du Pléistocène et le début de l'Holocène constituent une période charnière dans le nord-est de l'Afrique, marquée par d'importantes fluctuations climatiques et de profondes innovations culturelles. Dans la vallée du Nil, cette époque fut également le théâtre de changements biologiques majeurs, notamment dans la morphologie cranio-faciale et en lien avec l'émergence des premières sociétés de production. Pour expliquer ces transformations, la communauté scientifique a longtemps débattu, opposant l'hypothèse d'une discontinuité biologique à celle d'une adaptation morpho-fonctionnelle. Cette thèse contribue à ces débats en analysant 171 individus issus de quinze ensembles de la moyenne vallée du Nil, couvrant une chronologie allant de la fin du Pléistocène au milieu/fin de l'Holocène, et complétée par des données comparatives portant sur 121 individus provenant du nord-est de l'Afrique, du reste du continent et d'Eurasie. Des techniques d'imagerie 3D à haute résolution et des analyses morphométriques ont été appliquées aux restes dentaires et au labyrinthe osseux, deux structures anatomiques à forte valeur phylogénétique, permettant de tester de manière robuste les affinités biologiques à travers le temps et l'espace. Les résultats mettent en évidence une forte continuité biologique et une homogénéité parmi les chasseurs-pêcheurs-cueilleurs de la fin du Pléistocène et du début de l'Holocène, révélant un enracinement profond dans l'histoire biologique régionale. Nous mettons également en évidence un isolement prolongé de ces dernières populations de chasseurs-cueilleurs de la vallée du Nil. En revanche, la transition néolithique se caractérise par une discontinuité morphologique marquée, suggérant l'arrivée de nouveaux groupes dans la région (présentant des affinités avec le Proche-Orient), bien que des indices de métissage et de persistance de groupes apparentés aux chasseurs-cueilleurs aient été observés dans des zones périphériques de la vallée. L'élargissement de l'analyse à d'autres contextes du nord-est africain révèle une hétérogénéité notable, en particulier dans la Corne de l'Afrique et en Afrique centrale, reflétant les contrastes déjà documentés dans la vallée du Nil. Ces résultats soulignent à la fois la continuité et la complexité de l'histoire biologique régionale et positionnent la vallée du Nil comme un point de référence essentiel pour la reconstitution des dynamiques démographiques de la préhistoire récente en Afrique du nord-est.
ED Sociétés, Politique, Santé Publique
Prédiction à court terme du COVID-19 à l'aide de l'entrepôt de données du CHU de Bordeaux et du Reservoir Computing
par Thomas FERTE (Bordeaux Population Health Research Center)
Cette soutenance a lieu à 18h00 - Amphi Louis (ISPED) Université de Bordeaux, 146 Rue Léo Saignat, 33000 Bordeaux
devant le jury composé de
- Rodolphe THIEBAUT - Professeur des universités - praticien hospitalier - Université de Bordeaux - Directeur de these
- Harald BINDER - Full professor - Universitätsklinikum Freiburg - Rapporteur
- Claudio GALLICCHIO - Associate Professor - University of Pisa - Rapporteur
- Paul AVILLACH - Associate Professor - Harvard Medical School - Examinateur
- Cécile PROUST-LIMA - Directrice de recherche - Université de Bordeaux - Examinateur
- Vianney JOUHET - Praticien hospitalier - Université de Bordeaux - CoDirecteur de these
Une anticipation précise du nombre de patients hospitalisés lors de crises sanitaires, comme la pandémie de COVID-19, est essentielle pour une planification efficace des ressources hospitalières. Cette thèse porte sur le développement et l'évaluation de modèles de prédiction afin d'anticiper les hospitalisations liées au SARS-CoV-2 au CHU de Bordeaux, en combinant données publiques, données météorologiques et dossiers médicaux électroniques (DME). Les méthodes classiques d'apprentissage machine, notamment la régression pénalisée, ont montré une bonne précision à court terme, les DME améliorant significativement les prévisions comparé à l'utilisation des données de surveillance nationale seules. Pour relever les défis posés par les séries temporelles de haute dimension, nous proposons une approche combinant le Reservoir Computing (RC) avec un algorithme génétique (AG) pour la sélection de variables et l'optimisation des hyperparamètres. Cette approche RC-AG surpasse les modèles classiques tels que LSTM, Transformers et XGBoost. Nous analysons également l'impact des hyperparamètres de l'AG sur les performances du RC dans ce contexte de haute dimension. Enfin, nous tirons des enseignements pratiques pour la préparation aux futures épidémies, en soulignant l'importance des données multimodales, de métriques de référence, de l'adéquation entre modèles, métriques et objectifs décisionnels, de la prise en compte de l'incertitude, des contraintes opérationnelles réelles et d'une communication claire auprès des décideurs. L'ensemble de ces contributions démontre qu'intégrer les entrepôts de données hospitaliers avec des méthodes avancées d'apprentissage améliore significativement la prévision épidémique.
L'inclusivité scolaire des élèves ayant un TSA dans les écoles tunisiennes Analyse des représentations et des pratiques des acteurs de l'éducation.
par Amen DHAHRI (Laboratoire Cultures, Education, Sociétés)
Cette soutenance a lieu à 14h00 - Salle du conseil 3 Ter place de la Victoire- 33000 Bordeaux, Université de Bordeaux
devant le jury composé de
- Eric DUGAS - Professeur des universités - Université de Bordeaux - Directeur de these
- Séverine PARAYRE - Professeure des universités - Faculté d'éducation et de formation de l'Institut Catholique de Paris - Rapporteur
- Séverine COLINET - Professeure des universités - CYU - Examinateur
- Serge EBERSOLD - Professeur des universités - Cnam - Examinateur
- Abdelmajid NACEUR - Professeur des universités - Institut Supérieur de l'Education et de la Formation Continue - Rapporteur
La question de l'inclusivité scolaire des élèves ayant un TSA constitue actuellement une réalité dans de nombreuses écoles ordinaires tunisiennes, tel que dans la plupart des pays dans le monde. Depuis une vingtaine d'années, ce projet d'une école inclusive a fait l'objet d'un grand investissement et d'un grand intérêt, ce qui constitue un horizon motivant (Thomazet & Merini, 2019). Cependant, cette mutation de l'école n'a pas été précédée des aménagements et des adaptations indispensables pour tenir compte de la diversité de chacun. Cette thèse, menée auprès de 75 parents d'enfants TSA et 11 acteurs de l'école (directeurs, enseignants et AVS) en Tunisie vise à cerner les pratiques adoptées par les différents acteurs, les représentations qu'ils véhiculent à propos des élèves ayant un TSA ainsi que les obstacles qui peuvent freiner l'inclusivité scolaire. Pour ce faire, une méthode mixte (questionnaires, entretiens et observations) a été adoptée pour analyser les avancées et les obstacles à leur inclusivité. Malgré quelques progrès au cours de la dernière décennie avec diverses initiatives pour promouvoir l'inclusivité des enfants TSA, les résultats révèlent qu'en Tunisie nous sommes encore dans une approche égocentrée et non polycentrée. De surcroît, l'analyse écosystémique des interactions entre acteurs révèle la complexité des défis : obstacles à la scolarisation, pratiques enseignantes non adaptées et manque du travail collaboratif et des formations. En outre, les représentations associées à l'inclusion scolaire pour ce type d'altérité et les pratiques professionnelles des principaux acteurs des écoles tunisiennes semblent faire obstacle à la co-construction d'une école dite « inclusive ». L'intérêt majeur de cette recherche réside dans sa contribution significative à la compréhension de la scolarisation des élèves TSA en Tunisie en examinant les interactions entre les environnements scolaire et familial. Elle propose des pistes et recommandations pour améliorer l'inclusivité. Elle propose également des recommandations pour renforcer l'inclusivité, notamment le développement du travail en réseau entre acteurs éducatifs et familiaux ; la formation continue des enseignants et des personnels scolaires ; la mise en œuvre d'adaptations pédagogiques différenciées conformes aux besoins particuliers des élèves TSA. Mots clés : Inclusivité – TSA- coéducation – représentations - pratiques