ED Mathématiques et Informatique
Reformulation et décomposition pour l'optimisation robuste avec recours entier, application à des problèmes de localisation
par Komlanvi Parfait AMETANA (IMB - Institut de Mathématiques de Bordeaux)
Cette soutenance a lieu à 9h30 - Salle de Conférence 351 cours de la Libération, 33405 Talence, France Bâtiment A33, IMB
devant le jury composé de
- Boris DETIENNE - Maître de conférences - Université de Bordeaux - Directeur de these
- Céline GICQUEL - Maîtresse de conférences - Université Paris Saclay - Rapporteur
- Michaël POSS - Directeur de recherche - CNRS Montpellier - Rapporteur
- Ayse Nur ARSLAN - Chargée de recherche - INRIA Bordeaux - Examinateur
- Gautier STAUFFER - Professeur des universités - HEC Lausanne - Examinateur
- Olga BATTAIA - Full professor - KEDGE Business School - CoDirecteur de these
Cette thèse s'intéresse à la modélisation et aux méthodes de résolution de problèmes de localisation d'infrastructures et de conception de réseaux sous incertitude, avec un accent particulier sur l'optimisation robuste avec recours entiers. L'application étudiée concerne la chaîne d'approvisionnement en sang en contexte de catastrophe, où la demande est incertaine, les infrastructures peuvent être endommagées et où une réponse d'urgence doit être mise en place. Dans notre travail, nous avons développé plusieurs formulations mathématiques basées sur des ensembles d'incertitude discrets, intégrant différentes mesures de risque : l'espérance, la Conditional Value-at-Risk (CVaR) et l'approche du pire cas (Worst-case). Pour résoudre ces modèles, nous avons mis en œuvre des techniques de décomposition, notamment la décomposition de Benders (dans ses variantes multi-coupes et stabilisée) et la Column-and-Constraint Generation (CCG). Afin d'améliorer la qualité de la résolution, en particulier sur les grandes instances, nous avons également proposé un modèle robuste ajustable reposant sur des ensembles d'incertitude continus. Avec différents types d'ensembles construits, nous avons utilisé des règles de décision affines ainsi qu'une approche statique pour les décisions de recours, de manière à garantir la tractabilité. Nous avons mené des expérimentations numériques sur des instances synthétiques générées à partir de données de la ville de Paris. Les différentes solutions issues des modèles, construits avec divers ensembles d'incertitude, ont été évaluées sur un jeu de scénarios hors échantillon, permettant une comparaison des performances. Les résultats montrent que nos modèles, au-delà de leur capacité à résoudre de larges instances incluant des ensembles de scénarios de grande taille, offrent de meilleures performances que celles rapportées dans la littérature. Au-delà de ces résultats numériques, des analyses managériales révèlent que nos modèles, de nature averses au risque, permettent une meilleure allocation budgétaire, ce qui se traduit par des vies supplémentaires sauvées par rapport à des stratégies centrées sur l'optimisation des coûts économiques. Elles mettent également en évidence le rôle décisif de la phase de préparation dans l'efficacité des opérations post-catastrophe. Ces résultats illustrent l'apport des approches d'optimisation robuste et, plus généralement, des approches averses au risque dans la gestion humanitaire des chaînes d'approvisionnement critiques.
ED Sciences Chimiques
Voies de synthèse de particules et d'agrégats colloïdaux a patchs
par Zirui FAN (Centre de Recherche Paul Pascal)
Cette soutenance a lieu à 10h00 - Amphitheatre Centre de Recherche Paul Pascal Avenue du Dr Albert Schweitzer 33600 PESSAC
devant le jury composé de
- Serge RAVAINE - Professeur - Université de Bordeaux - Directeur de these
- Martine MEIRELES - Directrice de recherche - Université de Toulouse - Rapporteur
- Nébéwia GRIFFETE - Maîtresse de conférences - Sorbonne université - Rapporteur
- Cédric CRESPOS - Professeur des universités - Université de Bordeaux - Examinateur
Les structures colloïdales préparées par auto-assemblage trouvent des applications dans les dispositifs photoniques, l'électronique et les systèmes de diagnostic miniatures. Cet auto-assemblage colloïdal permet une fabrication plus facile et plus rentable par rapport aux méthodes de fabrication standard basées sur des approches descendantes telles que la lithographie. Cependant, cette approche ascendante est limitée par les éléments constitutifs disponibles, qui sont pour la plupart sphériques, et par les interactions entre eux, qui sont principalement isotropes. Afin d'élargir la gamme des éléments constitutifs, une nouvelle approche consiste à modifier leur surface à l'aide de « patchs » afin de leur conférer des « instructions » prédéterminées pour l'assemblage. Dans ce travail, nous nous concentrons sur la synthèse de particules comportant deux patchs distincts et de clusters colloïdaux à patchs. Nous avons d'abord mis au point un procédé de fabrication de microparticules à deux patchs en créant des masques métalliques sacrificiels par électrodéposition. La dissolution sélective et séquentielle des masques, entrecoupée par la fonctionnalisation régiosélective de la zone non masquée des particules, nous a permis de fabriquer des particules comportant deux patchs distincts. Nous décrivons également l'utilisation de gouttelettes microfluidiques pour confiner l'assemblage des particules en agrégats colloïdaux de composition précise.
ED Droit
Le juge du travail Recherche sur la fonction de juger à la lumière des droits français et allemand
par Amélie CHAUBEYRE (COMPTRASEC - Centre de Droit Comparé de Travail et de la Sécurité Sociale)
Cette soutenance a lieu à 14h00 - Salle des thèses 16 avenue Léon Duguit 33600 Pessac
devant le jury composé de
- Jérome PORTA - Professeur des universités - Université de Bordeaux - Directeur de these
- Achim SEIFERT - Professeur - Universität des Saarlandes - CoDirecteur de these
- Gwenola BARGAIN - Maîtresse de conférences - Université de Tours - Examinateur
- Cyril WOLMARK - Professeur des universités - Université Paris Nanterre - Examinateur
- Sylvaine LAULOM - Professeure des universités - Cour de cassation et Université Lyon II Lumière - Rapporteur
- Judith BROCKMANN - Full professor - Universität Kassel - Rapporteur
En France, le juge du travail évoque d'emblée le conseil de prud'hommes. Juridiction de première instance spécialisée, il semble être la seule marque d'une justice du travail en France. En Allemagne, le juge du travail existe à travers un ordre juridictionnel indépendant et complet qui porte son nom : l'ordre juridictionnel du travail. Le droit allemand amène directement une prise de conscience forte : le juge du travail en France n'existe pas. En effet, le conseil de prud'hommes n'est compétent que pour une seule partie du contentieux des litiges du travail. Cela présage déjà ses difficultés. Si ce travail part de l'intuition que les juges en charge des litiges du travail ont une fonction particulière, l'analyse a pour ambition de ne pas réduire la question à celle de la spécialisation du juge. Nul n'ignore la crise qui met à mal l'institution du conseil de prud'hommes depuis des années par des réformes libérales de plus en plus fortes. Le problème de la justice du travail enflamme le débat au-delà même de la sphère de la communauté des juristes de droit du travail. Dans ce contexte, une étude approfondie de ce qu'on entend par la spécificité du juge du travail n'est pas un luxe. Comment le juge s'adapte-t-il à l'objet qu'il traite : le travail ? A l'heure des nombreuses réformes, ne faut-il pas d'abord s'entendre sur l'existant ? Mieux connaître son juge permet de mieux connaître le droit du travail, ce qui fait le droit du travail à part entière et ce qui le distingue des autres. La présente thèse se questionne sur qui est le juge du travail, ses caractéristiques et leurs raisons d'être. Penser la fonction du juge du travail implique d'aborder et d'articuler des questions aussi fondamentales que son identité, sa légitimité et ses pouvoirs dans le contexte du travail. Le miroir du droit allemand est déterminant. Fort de son ordre juridictionnel spécialisé, la comparaison avec le juge du travail allemand confronte l'architecture du droit français et met en perspective certaines évidences. La prétention de ce travail n'est autre que d'aider à dégager un cheminement pour mieux comprendre les évolutions de la justice du travail et ainsi percevoir la justesse de son existence.
ED Sciences de la Vie et de la Santé
Amélioration de l'efficacité de l'édition génomique précise avec CRISPR-Cas
par Chloé THIBAULT (BoRdeaux Institute of onCology)
Cette soutenance a lieu à 13h30 - Amphithéâtre bâtiment BBS 2 rue Docteur Hoffmann Martinot Bâtiment BBS 33000, Bordeaux
devant le jury composé de
- Aurélie BEDEL - Professeure des universités - praticienne hospitalière - Université de Bordeaux - Directeur de these
- Mario AMENDOLA - Directeur de recherche - UMR 951 INTEGRARE, Généthon - Rapporteur
- Els VERHOEYEN - Directrice de recherche - U1065, C3M - Rapporteur
- Oumeya ADJALI - Directrice de recherche - UMR 1089, TaRGeT - Examinateur
- Benoit ARVEILER - Professeur des universités - praticien hospitalier - Université de Bordeaux - Examinateur
- John DE VOS - Professeur des universités - praticien hospitalier - Université de Montpellier - Examinateur
- Carine GIOVANNANGELI - Directrice de recherche - Muséum National d'Histoire Naturelle - Examinateur
CRISPR-Cas est un outil qui a révolutionné le domaine de l'édition du génome en seulement quelques années. En particulier, l'édition génomique précise, qui permet des modifications ciblées et contrôlées de l'ADN, suscite de grands espoirs, notamment pour la thérapie génique. Toutefois, l'efficacité limitée de l'édition génomique précise présente aujourd'hui l'un des principaux freins à son utilisation. L'objectif de cette thèse était d'améliorer l'efficacité de l'édition génomique précise avec CRISPR-Cas. Lorsqu'une matrice de correction est fournie à la cellule pour l'édition génomique précise, la disponibilité de cette matrice au site de coupure au moment de la réparation constitue l'une des principales limites à son efficacité. Pour contrer cela, nous avons mis en place un nouveau système d'import de la matrice avec la RNP appelé ZIP CRISPR. Ce système, que nous avons breveté (référence BIO23014) est basé sur l'hybridation entre une extension de l'ARNg et une extension de la matrice ssODN. Il a permis d'augmenter l'efficacité de l'édition génomique précise par HDR en nucléase dans différents types cellulaires pour éditer divers loci. Nous avons également démontré la pertinence de cet outil parmi les autres approches afin d'augmenter l'efficacité de l'HDR initiée par une cassure double brin. De manière intéressante le ZIP CRISPR permet aussi d'augmenter l'efficacité de l'HDR initiée par une cassure simple brin, s'affranchissant ainsi de la génotoxicité associée à l'édition par cassure double brin. En débloquant l'HDR initiée par une cassure simple brin, nous avons pu mieux comprendre les mécanismes qui la régissait et augmenter son efficacité. En complément de cette étude, nous nous sommes intéressés à l'édition génomique précise indépendante de la fourniture de matrice de correction aux cellules par conversion génique. Nous semblons ainsi montrer avec nos résultats préliminaires, la possibilité d'induction de la conversion génique à la suite d'une cassure simple et non pas uniquement double brin dans des cellules de mammifères. Nous avons aussi pu explorer des paramètres clés impliqués dans ce phénomène encore peu étudié. Ainsi, nous avons pu améliorer l'efficacité de l'édition génomique précise avec ou sans fourniture de matrice aux cellules et proposer des alternatives plus sûres s'affranchissant des cassures double brin.
Étude du rôle de la DNASE1L3 dans la régulation de l'inflammation et du syndrome métabolique induit par l'obésité
par Anaïs ROUBERTIE (Immunologie Conceptuelle, Expérimentale et Translationnelle)
Cette soutenance a lieu à 14h00 - Amphithéâtre Louis ISPED Institut - 146 rue Léo Saignat, 33000 Bordeaux
devant le jury composé de
- Nabil DJOUDER - Full professor - Centre National d'Investigation en Oncologie (CNIO) - Rapporteur
- Fawaz ALZAID - Chargé de recherche - Institut Necker Enfants Malades - INSERM - Rapporteur
- Agnès NADJAR - Professeure des universités - Université de Bordeaux - Examinateur
- Nathalie CASTANON - Chargée de recherche - INRAE - Examinateur
L'obésité constitue aujourd'hui une véritable crise sanitaire mondiale, affectant près de 16% de la population. Elle se caractérise par une inflammation chronique de bas grade au niveau des tissus métaboliques contribuant à des complications telles que le diabètes de type 2 et les maladies hépatiques. De récentes preuves suggèrent que l'ADN endogène, libéré par les cellules mourantes, active de manière aberrante les réponses inflammatoires lors de l'obésité, exacerbant ainsi les complications de santé associées. Toutefois, le rôle des désoxyribonucléases extracellulaires (DNASEs), dont la fonction habituelle est de dégrader l'ADN endogène, demeure encore mal élucidé dans ce contexte pathologique. Dans cette étude, nous montrons que les individus obèses présentent des niveaux élevés d'ADN endogène circulant, associés à une réduction marquée de l'activité circulante des DNASEs. Ces altérations corrèlent avec la sévérité de l'obésité et peuvent être rétablies après une chirurgie bariatrique. De manière similaire, les souris alimentées avec un régime riche en graisses (high fat diet – HFD) présentent des niveaux accrus d'ADN circulant et une diminution de l'activité des DNASEs. Chez la souris, la déficience génétique de la DNASE1L3, nucléase extracellulaire, aggrave les complications métaboliques induites par l'HFD, notamment la prise de poids, la résistance à l'insuline, la stéatose hépatique et l'inflammation tissulaire. À l'inverse, la surexpression de la DNASE1L3 dans le foie, induite par des vecteurs viraux adénoassociés, protège les souris obèses de l'inflammation hépatique et du développement de la MAFLD. Ces résultats révèlent un rôle jusqu'alors peu exploré de la DNASE1L3 dans le contrôle de l'inflammation associée à l'obésité et mettent en lumière son potentiel thérapeutique dans la prévention des maladies hépatiques.
ED Sciences Physiques et de l'Ingénieur
Réseaux de neurones biomimétiques pour le traitement de signaux neuronaux en temps réel
par Jérémy CHESLET (Laboratoire de l'Intégration du Matériau au Système)
Cette soutenance a lieu à 14h00 - Amphithéâtre Jean-Paul DOM 351 Cours de la Libération, Laboratoire IMS, Bâtiment A31 33405 Talence Cedex, France
devant le jury composé de
- Timothée LEVI - Professeur des universités - Université de Bordeaux - Directeur de these
- Benoît MIRAMOND - Professeur des universités - Université Côte d'Azur - Rapporteur
- Paolo BONIFAZI - Associate Professor - Department of Physics and Astronomy “Augusto Righi” (DIFA), University of Bologna - Rapporteur
- Hamida HALLIL ABBAS - Professeure des universités - Université de Bordeaux - Examinateur
- Guilhem LARRIEU - Directeur de recherche - Laboratoire de recherche spécialisé dans l'analyse et l'architecture des système (LAAS-CNRS) - Examinateur
- Florian KOLBL - Maître de conférences - Bordeaux INP - Examinateur
Enregistrer à grande échelle le cerveau est essentiel pour comprendre la dynamique des populations neuronales et mettre au point des interfaces cerveau-machine pour la réhabilitation des troubles neurologiques. Dans cette optique, les technologies d'enregistrement ont évolué pour mesurer l'activité neuronale à l'aide d'électrodes à haute densité. Cependant, une limitation majeure demeure : la difficulté à traiter ces signaux massifs en temps réel, à faible coût énergétique, ce qui est nécessaire pour envisager leur intégration dans des dispositifs implantables. À cette fin, cette thèse propose l'utilisation de réseaux de neurones artificiels basés sur des modèles biomimétiques, notamment les réseaux neuronaux à impulsions (SNNs), pour répondre à ce défi. Plus précisément, elle présente une plateforme de traitement des signaux corticaux (tri des pics, ou "spike sorting") en temps réel, qui est à la fois abordable, flexible et accessible pour l'intégration dans des pipelines d'enregistrement existant et la réalisation d'expériences bio-hybrides. Implémentée sur une cible neuromorphique, cette plateforme permet de traiter en temps réel la dynamique neuronale d'une culture de neurones. Elle offre la possibilité de mesurer l'évolution de l'activité neuronale ainsi que la structure interne du réseau biologique, avec une faible latence. Ces informations sont cruciales pour déterminer et ajuster les traitements nécessaires dans des applications biomédicales. Première étape dans le traitement des signaux neuronaux, le système développé constitue une avancée essentielle vers la conception de neuroprothèses neuromorphiques pour des thérapies bioélectriques, telles que l'électroceutique. Il ouvre la voie au développement de systèmes en boucle fermée à faible latence, avec un potentiel d'implantation embarquée. Le dispositif développé en temps réel démontre son potentiel dans des applications pratiques et des expériences bio-hybrides.
Gaz quantiques en microgravité.
par Clément MÉTAYER (Laboratoire Photonique, Numérique & Nanosciences)
Cette soutenance a lieu à h00 - Amphitéatre Institut d'optique d'aquitaine, Rue François Mitterrand, Talence 33400 France
devant le jury composé de
- Baptiste BATTELIER - Ingénieur de recherche - Université de Bordeaux - Directeur de these
- Romain DUBESSY - Professeur - Laboratoire de Physique des Interactions Ioniques et Moléculaires PIIM UMR 7345 - Rapporteur
- Carlos GARRIDO ALZAR - Chargé de recherche - Laboratoire Temps Espace UMR 8630 - Rapporteur
- Vincent JOSSE - Professeur - Laboratoire Charles Fabry LCF UMR 8501 - Examinateur
- Naceur GAALOUL - Docteur - Institute of Quantum Optics, Leibniz University Hannover - Examinateur
- Barry GARRAWAY - Professeur - University of Sussex - Examinateur
L'étude des gaz quantiques en microgravité ouvre la voie à de nouveaux tests de la physique fondamentale et à la mise au point de capteurs inertiels de haute précision. Le projet ICE (Interférométrie à sources Cohérentes pour l'Espace), soutenu par le CNES, vise à réaliser un test du principe d'équivalence faible en microgravité grâce à un interféromètre atomique bi-espèce basé sur les isotopes 87Rb et 39K. Ces isotopes présentent des avantages complémentaires : un fort rapport de masse, une compatibilité optique et des architectures laser fibrées, adaptées aux environnements embarqués. Cette thèse s'inscrit dans le développement de ce démonstrateur technologique, destiné à valider les méthodes expérimentales en vue de futures missions spatiales. Le dispositif expérimental, compact et transportable, est conçu pour fonctionner à la fois sur un simulateur de microgravité au sol et à bord de l'avion zéro-G. Une attention particulière a été portée à la robustesse de l'architecture optique intégralement fibrée, élément clé pour une application spatiale. Un premier axe a concerné la production de sources atomiques ultra-froides. Des condensats de Bose-Einstein de rubidium ont été obtenus dans des conditions expérimentales contraignantes, notamment en vol parabolique, démontrant la faisabilité de telles manipulations en microgravité. Sur le simulateur, des condensats à des températures de quelques nanokelvins ont également été produits, validant les techniques de refroidissement évaporatif optique. Un second axe a porté sur l'interférométrie atomique en microgravité. L'étude théorique et expérimentale des transitions Raman a permis d'explorer différents régimes de diffraction, en particulier la double diffraction, prometteuse pour augmenter la sensibilité. Les premiers résultats ont montré la possibilité de mesurer des accélérations avec des temps d'interrogation prolongés et de reconstruire des franges d'interférence avec des nuages ultra-froids. Ces avancées ouvrent la voie à des mesures inertiels de haute précision dans l'espace. La thèse a également exploré des méthodes de détection adaptées aux gaz dilués en expansion libre. L'imagerie par absorption et par fluorescence, ainsi que la détection temporelle, se sont révélées complémentaires pour caractériser les sources atomiques et extraire les signaux interférométriques, chacune présentant des avantages selon le régime expérimental. Enfin, une étude théorique originale a été consacrée à la création de pièges tout optiques en forme de bulle pour des condensats en microgravité. Ces géométries sphériques ouvrent de nouvelles perspectives pour l'exploration de phases quantiques inédites et constituent un pas vers l'ingénierie de systèmes quantiques dans des environnements spatiaux. En conclusion, ce travail a démontré la faisabilité de produire et manipuler des gaz quantiques en microgravité, ainsi que d'exploiter leur cohérence pour des applications métrologiques. Ces résultats marquent une étape importante vers la réalisation de tests sensibles du principe d'équivalence faible depuis l'espace, et plus largement vers l'utilisation de capteurs quantiques embarqués pour sonder la gravité et explorer de nouvelles physiques.
Contrôle des champs thermiques et acoustiques par vibrothermographie pour la caractérisation non destructive multi-physique de matériaux par inférence bayésienne
par Hugo BOUE (I2M - Institut de Mécanique et d'Ingénierie de Bordeaux)
Cette soutenance a lieu à 9h30 - Amphitéatre du LaBRI Domaine universitaire, 351 cours de la Libération, 33405 Talence, bâtiment A30
devant le jury composé de
- Anissa MEZIANE - Professeure des universités - Université de Bordeaux - Directeur de these
- Audrey GIREMUS - Professeure des universités - Université de Bordeaux - CoDirecteur de these
- Emmanuelle ABISSET-CHAVANNE - Professeure des universités - École Nationale Supérieure d'Arts et Métiers ParisTech - Examinateur
- Jean-François GIOVANNELLI - Professeur - Université de Bordeaux - Examinateur
- Francesco MASSI - Professor - Sapienza Università di Roma - Examinateur
- Arantza MENDIOROZ - Professor - Universidad del País Vasco - Examinateur
- Koen VAN DEN ABEELE - Professor - KU Leuven Campus Kulak - Rapporteur
- Benyebka BOU SAID - Professeur émérite - INSA Lyon - Rapporteur
Parmi les techniques d'évaluation et de contrôle non destructif (ECND), la vibrothermographie se situe à l'interface de deux physiques : l'acoustique et la thermique. Elle consiste à exciter mécaniquement une structure par l'acoustique. En présence d'un défaut, ou selon les propriétés thermomécaniques locales (viscoélasticité…), une partie de l'énergie mécanique induite par les ondes est convertie en énergie thermique. Une première partie du travail s'est concentrée à modéliser les phénomènes de conversion d'énergie entre ces deux physiques d'une part via une approche analytique et d'autre part par une modélisation par éléments finis. Cette compréhension a permis le développement d'une première méthodologie pour le contrôle et le déplacement dynamique des sources thermiques par l'acoustique dans le matériau. La seconde partie du travail s'est focalisée sur le développement de méthodes inverses pour l'estimation de propriétés. L'objectif est, à partir des champs résultants mesurés en surface (thermiques ou mécaniques), de remonter aux paramètres d'intérêt responsables de l'échauffement (caractéristiques du défaut ou propriétés mécaniques du matériau). Dans ce cadre, plusieurs méthodologies bayésiennes ont été développées : une approche par blocs, reposant sur un échantillonneur de Gibbs, et deux approches séquentielles fondées sur un filtrage de Kalman ou un filtrage particulaire. Ces algorithmes ont permis de caractériser d'une part des composantes viscoélastiques d'un matériau sain, et d'autre part d'estimer les paramètres de sources thermiques volumiques dans un matériau endommagé. Ces résultats s'inscrivent comme une nouvelle méthodologie de caractérisation de propriétés viscoélastiques ou de localisation de défauts à partir de mesures vibrothermographiques. Des applications numériques et expérimentales illustrent les performances et les limites de ces méthodes.
ED Sociétés, Politique, Santé Publique
Impacts des facteurs psychoaffectifs sur la douleur à la sortie des urgences, sur sa chronicisation et sur le mésusage d'opioïdes
par Florentine TANDZI TONLEU (Bordeaux Population Health Research Center)
Cette soutenance a lieu à 9h00 - Leonard de Vinci 25 avenue François Mitterrand, 69500 Bron
devant le jury composé de
- Michel GALINSKI - Professeur des universités - praticien hospitalier - Université de Bordeaux - Directeur de these
- Sylviane LAFONT - Directrice de recherche - Université Gustave Eiffel - CoDirecteur de these
- Frédéric AUBRUN - Professeur des universités - praticien hospitalier - Université de Lyon 1 - Rapporteur
- Rosemary DRAY-SPIRA - Directrice de recherche - Université de Sorbonne - Rapporteur
- Antoine PARIENTE - Professeur des universités - praticien hospitalier - Université de Bordeaux - Examinateur
- Marie VIPREY - Maîtresse de conférences - praticienne hospitalière - Université de Lyon 1 - Examinateur
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