Soutenances du 17-12-2025

ED Mathématiques et Informatique

• Méthodes d'apprentissage profond pour la parcellisation fine du cerveau à partir d'IRM FLAIR

  par Edern LE BOT (LaBRI - Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique)

  Cette soutenance a lieu à 9h30 - AMPHI (050) AMPHI (050) - Bat. A30 Université de Bordeaux 351 Cours de la Libération

  devant le jury composé de

  • Pierrick COUPE - Directeur de recherche - Université de Bordeaux - Directeur de these
  • Victoria BOURGEAIS - Maîtresse de conférences - Université de Bordeaux - Examinateur
  • Caroline PETITJEAN - Professeure des universités - Université de Rouen Normandie - Examinateur
  • Jean-Philippe DOMENGER - Professeur des universités - Université de Bordeaux - Examinateur
  • Pierre-Henri CONZE - Maître de conférences - IMT Atlantique - Rapporteur
  • Marc-Emmanuel BELLEMARE - Maître de conférences - Université d'Aix-Marseille - Polytech' Marseille - Rapporteur

  Résumé

  L'imagerie par résonance magnétique est aujourd'hui un outil incontournable pour l'étude du cerveau et le diagnostic de nombreuses maladies neurologiques. Elle permet d'observer la structure cérébrale et les anomalies de manière non invasive. Parmi les différentes séquences d'acquisition, la séquence FLAIR joue un rôle essentiel pour la détection des lésions cérébrales. Ces images sont largement utilisées dans la pratique clinique, notamment pour des pathologies telles que la sclérose en plaques, les tumeurs cérébrales ou les accidents vasculaires cérébraux. Cependant, leur analyse automatique demeure difficile en raison du faible contraste entre les tissus, du rapport signal/bruit limité et de la variabilité entre appareils d'imagerie. En neuroimagerie, l'analyse quantitative du cerveau repose de plus en plus sur des outils de segmentation automatique, capables d'identifier les structures anatomiques et les régions pathologiques. La majorité de ces méthodes a été conçue pour des images T1w, considérées comme la référence pour la segmentation anatomique. Or, cette séquence n'est pas systématiquement acquise dans les protocoles cliniques, ce qui limite l'utilisation des outils existants. Dans de nombreux cas, la séquence FLAIR est la seule disponible, mais les approches classiques, conçues pour la T1w, échouent à fournir des résultats fiables. Cette thèse s'inscrit dans ce contexte et explore la possibilité de réaliser une segmentation fine du cerveau à partir d'images FLAIR uniquement. L'objectif est de développer des méthodes robustes, capables d'extraire des informations anatomiques et pathologiques pertinentes à partir de cette séquence, tout en s'adaptant à la variabilité des acquisitions et à la présence de lésions. Les travaux menés ont conduit au développement d'outils spécifiquement adaptés à la FLAIR, destinés à améliorer les performances des étapes de prétraitement et de segmentation dans un cadre clinique réaliste. Les résultats obtenus montrent qu'il est possible d'obtenir des segmentations cérébrales fines et cohérentes à partir de FLAIR seule, ouvrant ainsi la voie à l'exploitation de vastes bases de données cliniques jusque-là sous-utilisées. Ces approches démontrent également l'intérêt de concevoir des modèles spécialisés par modalité plutôt que des méthodes génériques indépendantes de la séquence. À terme, les outils développés pourraient être intégrés à la plateforme en ligne volBrain (https://volbrain.net) afin de faciliter leur diffusion auprès de la communauté scientifique et clinique.

• Apprentissage statistique pour les ensembles de réseaux booléens et les données scRNA-seq

  par Gustavo MAGAÑA LOPEZ (LaBRI - Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique)

  Cette soutenance a lieu à 14h00 - 050-AMPHI (198) 351, cours de la Libération F-33405 Talence cedex

  devant le jury composé de

  • Loïc PAULEVE - Directeur de recherche - Université de Bordeaux - Directeur de these
  • Nacho MOLINA - Directeur de recherche - CNRS - Rapporteur
  • David SAFRANEK - Maître de conférences - Faculty of Informatics, Masaryk University - Rapporteur
  • Clémence REDA - Chargée de recherche - CNRS - Examinateur
  • Patricia THEBAULT - Professeure des universités - Université de Bordeaux - Examinateur
  • Ulysse HERBACH - Chargé de recherche - Inria - Examinateur

  Résumé

  La biologie des systèmes étudie les interactions et le comportement des composantes d'entités biologiques, telles que les molécules, les cellules, les organes et les organismes. Cette discipline met l'accent sur le rôle central des interactions complexes au sein des systèmes biologiques, en opposition à l'étude de leurs composantes de façon isolée. La régulation de l'expression génique a des enjeux importants tant pour la biologie fondamentale que pour de nombreuses applications biomédicales. L'étude de l'expression génique en biologie des systèmes repose sur la modélisation mathématique et informatique des données expérimentales. Ces dernières ont connu des progrès significatifs au cours de la dernière décennie avec l'avènement du séquençage d'ARN en cellule unique (scRNA-seq), qui permet de mesurer l'expression génique avec une résolution sans précédent. Une première étape pour modéliser et comprendre l'expression génique consiste à inférer les interactions par lesquelles les gènes pourraient s'influencer les uns les autres. Actuellement, des méthodes statistiques et d'apprentissage profond sont utilisées, parallèlement aux analyses bioinformatiques, pour déduire des interactions plausibles à partir du scRNA-seq et d'autres sources de données. L'ensemble des interactions inférées constitue alors un réseau de régulation génique (GRN), un modèle statique des influences entre gènes. Les GRNs fournissent des informations précieuses, mais leur description ne permet pas d'expliquer les mécanismes de régulation à l'origine des phénomènes biologiques observés. Les modèles dynamiques visent à combler ce manque avec une vision mécaniste capable d'expliquer et de reproduire les variations observées dans les données. Les réseaux Booléens (BNs) constituent une classe particulière de systèmes dynamiques couramment utilisés pour modéliser la régulation de l'expression génique. Dans ces modèles, l'activité des entités biologiques est représentée comme active ou inactive. Cette représentation binaire permet de raisonner sur les relations causales entre entités sans avoir à estimer de paramètres cinétiques ou de seuils de régulation. Malgré les avancées récentes dans ce domaine, de nombreuses questions concernant la modélisation des données scRNA par BNs restent ouvertes. Dans ma thèse, je travaille sur deux axes principaux concernant les BNs et les données scRNA-seq. Le premier axe consiste à relier les données scRNA-seq, quantitatives par nature, aux états qualitatifs des BNs. À cette fin, ma première contribution est la nouvelle méthode scBoolSeq, qui fournit une interprétation qualitative des données scRNA-seq expérimentales et permet également de générer des données scRNA-seq synthétiques prenant en compte les états Booléens d'activation génique. scBoolSeq a déjà été utilisé pour comparer des méthodes d'inférence utilisant les données scRNA-seq synthétiques susmentionnées reflétant la dynamique booléenne. Le deuxième axe consiste à appliquer la méthodologie d'entraînement et évaluation de modèles utilisée en apprentissage statistique à l'inférence de BNs. Celle-ci est souvent réalisée manuellement et ne tient compte que des expériences isolées. Ma proposition consiste à exploiter plusieurs conditions expérimentales comme suit: En inférant des réseaux booléens sur des conditions expérimentales «d'entraînement » et en mesurant leur pouvoir prédictif sur des données de validation, il est possible d'évaluer et d'optimiser ultérieurement leur pouvoir prédictif. Ainsi, mes recherches constituent une nouvelle direction qui combine des méthodes formelles avec l'apprentissage statistique afin d'améliorer la modélisation par réseaux booléens des données scRNA-seq.

• Schéma volumes finis d'ordre arbitraire pour l'équation d'Helmholtz - Application au dépôt d'énergie laser dans les matériaux diélectriques

  par Nicolas BOURDINEAUD (IMB - Institut de Mathématiques de Bordeaux)

  Cette soutenance a lieu à 13h00 - Salle de conférence Université de Bordeaux, Institut mathématique de Bordeaux. 351, cours de la Libération, CS 10004 - Bâtiment A33, 33405 Talence CEDEX, France

  devant le jury composé de

  • Rodolphe TURPAULT - Professeur des universités - Université de Bordeaux, Institut de Mathématiques de Bordeaux - Directeur de these
  • Guillaume DUCHATEAU - Ingénieur Chercheur du CEA - CEA CESTA - CoDirecteur de these
  • Claire CHAINAIS - Professeure des universités - Université de Lille - Examinateur
  • Raphaël LOUBERE - Directeur de recherche - Université de Bordeaux, Institut de Mathématiques de Bordeaux - Examinateur
  • Stéphane CLAIN - Professeur des universités - Université de Coimbra, Portugal - Rapporteur
  • Emmanuel LABOURASSE - Ingénieur Chercheur du CEA - CEA Bruyères Le Châtel - Rapporteur
  • Jean Philippe COLOMBIER - Professeur des universités - Université de Saint-Etienne - Examinateur

  Résumé

  Pour comprendre la résistance d'un matériau céramique soumis à un choc hydrodynamique, on peut l'irradier avec une impulsion laser. Celle-ci induit un dépôt d'énergie dans le matériau, formant le choc. Le dépôt d'énergie résulte de l'excitation microscopique des électrons couplée à la propagation de l'impulsion laser. Les milieux considérés sont poreux. Ils donnent lieu à de la diffusion multiple du rayonnement ce qui modifie la propagation laser et donc le dépôt d'énergie. Dans ce manuscrit, un modèle de dépôt d'énergie laser dans les céramiques poreuses est proposé. Ce modèle comprend un couplage de la dynamique électronique, décrite par une équation aux dérivées ordinaire fortement non-linéaire, avec l'évolution du champ électrique laser, décrite par l'équation elliptique d'Helmholtz en une et en deux dimensions d'espace. La résolution de l'équation d'Helmholtz est coûteuse en temps de calcul, car de grands domaines de calcul (des centaines de longueurs d'onde) doivent être considérés, tout en garantissant un maillage suffisamment fin des pores. L'augmentation de l'ordre du schéma numérique pour résoudre ce problème couplé est ainsi une solution pour obtenir une approche efficace en terme de temps de calcul. Ainsi, un schéma volumes finis d'ordre élevé, atteint par reconstruction polynomiale, est proposé. De plus, la porosité engendrant des comportements non réguliers aux interfaces matrice-pores, un traitement particulier permettant de reconstruire des flux numériques précis, fondé sur une formulation partitionnée de l'équation d'Helmholtz, est présenté. La courbure arbitraire des l'interfaces matrice-pores est prise en compte sans recours à des mailles courbes. Ce schéma volumes finis a été couplé à un schéma numérique résolvant l'équation de la dynamique électronique en utilisant une méthode de type Dormand Prince à pas de temps adaptatif. Le critère d'adaptation du pas de temps a été modifié pour garantir des bonnes stabilité et convergence face aux non-linéarités du système différentiels. La convergence des schémas numériques et leur efficacité en termes de temps de calcul sont étudiées au travers de divers cas tests. De plus, des simulations de dépôt d'énergie laser dans des milieux poreux sont présentées. L'influence des caractéristiques de la porosité sur l'évolution spatiale du champ électrique laser est étudié.

• MODÉLISATION MATHÉMATIQUE EN ONCOLOGIE POUR UNE MEILLEURE PRISE EN CHARGE DE L'HÉTÉROGÉNÉITÉ LÉSIONNELLE EN IMAGERIE MEDICALE

  par Khaoula CHAHDI (IMB - Institut de Mathématiques de Bordeaux)

  Cette soutenance a lieu à 10h00 - Salle de conférences Institut de Mathématiques de Bordeaux 351 Cours de la libération, A33, 33400, Talence

  devant le jury composé de

  • Olivier SAUT - Directeur de recherche - Université de Bordeaux - Directeur de these
  • Fabien CRAUSTE - Directeur de recherche - Université de Paris Cité - Rapporteur
  • Laurent RISSER - Ingénieur de recherche - Université de Toulouse - Rapporteur
  • Christèle ETCHEGARAY - Chargée de recherche - INRIA de l'Université de Bordeaux - Examinateur
  • Nicolas PAPADAKIS - Directeur de recherche - Université de Bordeaux - Examinateur
  • Nadège ANIZAN - Physicienne médicale - Institut de Bergonié - Examinateur

  Résumé

  L'apprentissage automatique appliqué à l'imagerie médicale transforme en profondeur les approches d'analyse et ouvre de nouvelles perspectives pour la stratification pronostique et diagnostique des cancers. Cette thèse évalue la contribution des méthodes radiomiques et du multiple instance learning (MIL) dans deux contextes cliniques caractérisés par une forte hétérogénéité : le lymphome diffus à grandes cellules B (DLBCL) et les adénomes hépatocellulaires (HCA). Dans le DLBCL, l'analyse conventionnelle centrée sur la lésion dominante ou la SUVmax s'est révélée insuffisante pour saisir la complexité de la maladie (AUC = 0.56). L'intégration de l'ensemble des lésions améliore la performance prédictive : l'agrégation simple de type MinMax (AUC = 0.70) fournit un compromis robuste, tandis que le clustering KMeans post-traité (AUC = 0.73, rappel = 0.85) atteint les meilleures performances, avec une stratification de la survie significativement plus discriminante que les modèles cliniques de référence. Ces résultats confirment que l'hétérogénéité tumorale constitue une source d'information pronostique exploitable. Pour les HCA, l'analyse des lames histopathologiques numériques (WSI) a été menée en découpant chaque image en milliers de tuiles, chacune considérée comme une instance. Les modèles fondés sur ResNet34 et CONCH combinés à des classificateurs classiques (Random Forest, MLP) se sont révélés compétitifs. Toutefois, le modèle MIL avec mécanisme d'attention a atteint une AUC de 0.97 tout en offrant une interprétabilité intrinsèque grâce à l'identification explicite des tuiles les plus pertinentes. Cette explicabilité rapproche les modèles du raisonnement pathologique et renforce leur potentiel d'intégration clinique. En conclusion, ce travail souligne l'intérêt des approches MIL pour modéliser l'hétérogénéité des maladies multifocales ou multisites. Les perspectives incluent la validation multicentrique, l'intégration multimodale (imagerie, données cliniques et biologiques) et le développement de modèles hybrides conciliant robustesse statistique et explicabilité.

ED Sciences Chimiques

• Développement de cellules artificielles bioénergétiques à base de mitochondries encapsulées dans des microcompartiments

  par Léonie BEAUPERE (Institut de Chimie & de Biologie des Membranes & des Nano-objets)

  Cette soutenance a lieu à 10h00 - Amphithéâtre Institut européen de chimie et biologie (IECB) 2 Rue Robert Escarpit, 33600 Pessac

  devant le jury composé de

  • Stéphane ARBAULT - Directeur de recherche - CNRS - Université de Bordeaux - Directeur de these
  • Anne DEVIN - Directrice de recherche - CNRS - Université de Bordeaux - CoDirecteur de these
  • Laura BACIOU - Directrice de recherche - CNRS - Université Paris-Saclay - Examinateur
  • Jean-Christophe BARET - Professeur - Université de Bordeaux - Examinateur
  • Manon GUILLE - Professeure - Sorbonne Université - Rapporteur
  • Christophe DANELON - Professeur - Toulouse Biotechnology Institute (TBI) - Rapporteur

  Résumé

  Les cellules artificielles conçues pour imiter les fonctions biologiques des cellules font l'objet d'un intérêt croissant. Elles permettent d'étudier des processus biologiques complexes et de progresser dans la recherche de l'origine de la vie. L'une des fonctions essentielles des cellules vivantes, nécessaires à la majorité des processus biologiques, est la conversion d'énergie cellulaire sous forme d'ATP. Les mitochondries sont les organelles responsables de la production d'ATP cellulaire, du moins dans les processus aérobies. Nous avons réalisé l'encapsulation de mitochondries, isolées à partir de levures Saccharomyces cerevisiae, dans des microcompartiments synthétiques afin de former des cellules artificielles bioénergétiques. Deux types de compartiments ont été utilisés : des liposomes géants ou GUVs (giant unilamellar vesicles), constitués de membranes phospholipidiques unilamellaires, pouvant imiter les membranes cellulaires naturelles ; puis des coacervats, gouttelettes produites par séparation de phases liquide-liquide entre deux polymères biocompatibles, formant des compartiments sans membrane fournissant un châssis dense mimant le cytosol. Ces deux types de microcompartiments offrent des structures et des environnements contrôlés pour le déroulement des réactions biologiques et biochimiques. L'activité bioénergétique mitochondriale dans les compartiments a été étudiée par des méthodes spectrophotométriques et électrochimiques. La microscopie à épifluorescence a été utilisée pour évaluer le potentiel de membrane, la teneur en NADH et la production d'espèces réactives de l'oxygène (ROS en anglais) dans les mitochondries, tandis que la consommation d'oxygène et la synthèse d'ATP ont été respectivement mesurées par électrochimie et bioluminescence. L'activité du système des oxydations phosphorylantes est modulée par l'ajout de substrats et d'inhibiteurs. Enfin, des enzymes peuvent également être ajoutées dans les compartiments afin de complexifier le système et de produire des cellules artificielles autonomes, utilisant l'ATP synthétisé in situ pour alimenter d'autres réactions enzymatiques.

• Évolution de composites à matrice céramique en situation de stockage géologique

  par Guillaume GERMAN (Laboratoire des Composites ThermoStructuraux)

  Cette soutenance a lieu à 14h00 - Amphithéâtre du LCTS Laboratoire des Composites ThermoStructuraux 3 allée de la Boétie, 33600 Pessac

  devant le jury composé de

  • Francis REBILLAT - Professeur des universités - Université de Bordeaux - CoDirecteur de these
  • Jocelyne BRENDLE - Professeure des universités - Université de Haute-Alsace - Rapporteur
  • Sylvie FOUCAUD - Professeure des universités - Université de Limoges - Rapporteur
  • Aurélien DEBELLE - Ingénieur de recherche - Agence nationale pour la gestion des déchets radioactifs - Examinateur
  • Fernando PEDRAZA - Professeur des universités - Université de La Rochelle - Examinateur
  • Jérôme ROGER - Maître de conférences - Université de Bordeaux - Directeur de these
  • Emilie PERRET - Ingénieure de recherche - IRT Saint Exupéry - CoDirecteur de these

  Résumé

  Le projet Cigéo est le projet français de centre de stockage géologique profond de déchets radioactifs porté par l'ANDRA (Agence nationale pour la gestion des déchets radioactifs). Il vise le stockage de déchets hautement radioactifs et à durée de vie longue produits par les installations nucléaires actuelles, et par le traitement des combustibles usés utilisés dans les centrales nucléaires. Le concept de stockage des déchets de haute activité (HA) prévoit la mise en place d'un chemisage, i.e. un cylindre creux inséré au sein d'un tunnel de petit diamètre creusé dans le milieu géologique du Callovo-Oxfordien (argilite). La fonction première de ce chemisage est mécanique : il s'agit de permettre la mise en place et l'éventuelle récupération des colis de stockage de déchets HA pendant toute la période d'exploitation réversible du stockage. Parmi les axes d'évolutions potentiels du stockage, l'ANDRA étudie le développement de matériaux alternatifs aux matériaux métalliques pour l'alvéole HA. Les Composites à Matrice Céramique (CMC) allient la résistance thermique et la stabilité chimique des céramiques et ont un comportement mécanique tenace du fait de leur structure composite (incorporation de renforts). Développés pour des applications techniques à haute température dont l'aéronautique, ils sont aujourd'hui envisagés pour des applications plus basse température avec des temps d'exploitation plus longs via le développement de matériaux CMC moins chers. Dans ce cadre, l'ANDRA étudie la possibilité d'utiliser des composites oxyde/oxyde pour l'application au chemisage des alvéoles de stockage de déchets HA. Différents couples de matériaux sont aujourd'hui envisagés (matrices oxyde ou géopolymère, fibres oxyde ou carbone). Une démarche expérimentale permettant d'identifier les mécanismes de vieillissement des microstructures sous lixiviation et l'évolution des propriétés mécaniques en conditions de stockage (eau représentative de l'environnement du stockage, température) sera nécessaire afin de déterminer les propriétés des composites envisagés en situation de stockage. Les données acquises pourront alimenter par la suite les modèles d'endommagement les plus pertinents pour évaluer le comportement à long terme du chemisage. Ils pourront également permettre d'avancer sur les choix définitifs des couples matrice/fibres les plus pertinents pour l'application envisagée.

• Etude de fluides à seuil d'écoulement à base d'émulsions et de microgels : Importance des interactions et de l'architecture à l'échelle colloïdale

  par Magdalena PRZERADZKA (Institut des Sciences Moléculaires)

  Cette soutenance a lieu à 14h00 - Amphitheater 2 16 Avenue Pey-Berland ENSMAC Institut des Sciences Moléculaires - UMR 5255 CNRS Université de Bordeaux 33600 Pessac

  devant le jury composé de

  • Valérie RAVAINE - Professeure - Bordeaux INP - Directeur de these
  • Véronique SCHMITT - Directrice de recherche - CNRS, Bordeaux - CoDirecteur de these
  • Céline PICARD - Professeure - Université Le Havre Normandie - Rapporteur
  • Pascal PANIZZA - Professeur - Université de Rennes - Rapporteur
  • Michel CLOITRE - Directeur de recherche émérite - CNRS, ESPCI Paris - Examinateur

  Résumé

  Les fluides à seuil d'écoulement sont des matériaux qui résistent à la déformation tant qu'une contrainte critique n'est pas dépassée. Au-delà de ce seuil, ils s'écoulent comme des liquides. Ils sont largement utilisés dans des domaines tels que l'agroalimentaire, la construction ou la fabrication additive, où le contrôle du flux et de la stabilité est essentiel. Cette thèse a pour objectif d'étudier comment la structure mésoscopique et les interactions des systèmes colloïdaux mous déterminent leur réponse rhéologique. Les colloïdes mous, tels que les émulsions et les microgels, constituent des systèmes modèles car ils associent déformabilité, interactions modulables et structure bien définie à l'échelle des particules. Des émulsions concentrées stabilisées par un tensioactif non ionique ont été préparées avec un contrôle précis de la taille des gouttelettes et des propriétés interfaciales afin d'examiner l'influence de l'organisation des gouttes et de l'énergie interfaciale sur l'élasticité et l'écoulement. Le comportement observé correspond à celui attendu pour les matériaux vitreux mous, la contrainte d'écoulement et le module élastique augmentant avec la concentration. En faisant varier la concentration en tensioactif au-delà de la concentration micellaire critique, des attractions de déplétion ont été induites, permettant une transition contrôlée d'émulsions répulsives et compactes vers des réseaux faiblement attractifs. Ces émulsions ont servi de systèmes de référence pour la comparaison avec des colloïdes de structure interne plus complexe. Les travaux ont ensuite porté sur des suspensions de microgels de poly(N-isopropylacrylamide) (pNIPAM), des particules polymères réticulées qui gonflent dans l'eau et se contractent au-dessus de leur température de transition volumique. En ajustant la densité de réticulation, nous avons examiné comment la déformabilité et la structure des microgels influencent la transition entre états fluide et solide. Les mesures rhéologiques montrent une évolution continue de l'élasticité avec la concentration, due à la déformation des microgels et à l'interpénétration progressives des chaînes périphériques. À fortes fractions volumiques effectives, les suspensions forment des réseaux élastiques continus dont le module augmente linéairement avec la concentration, conformément à un comportement de type caoutchouteux. La réponse transitoire de mise en écoulement révèle une réponse à double seuil d'écoulement dans les suspensions les plus concentrées, correspondant à la rupture séquentielle des cages locales et des régions où les chaînes polymères sont interpénétrées. Une modification de ce système a été réalisée en introduisant des groupements phénylboroniques (PBA) sur les microgels et en ajoutant de l'alcool polyvinylique (PVA), permettant la formation de liaisons covalentes dynamiques multivalentes entre groupements boronates et diols. Les mesures rhéologiques ont mis en évidence un fort épaississement sous cisaillement — une augmentation de la viscosité et de l'élasticité avec le taux de cisaillement — résultant de la formation de ponts PBA–PVA entre les microgels induite par la contrainte, conduisant à la création d'un réseau transitoire. Ce processus, réversible, disparaît en présence de monodiols compétitifs comme le fructose, confirmant le rôle des liaisons dynamiques dans le comportement d'écoulement. Ces résultats soulignent l'importance des connexions interparticulaires transitoires dans la réponse non linéaire des suspensions de microgels. Dans l'ensemble, ces travaux offrent une vision cohérente de l'influence de la structure mésoscopique, de la déformabilité et des interactions réversibles sur la rhéologie des colloïdes mous. La comparaison entre émulsions, microgels et réseaux liés dynamiquement établit un cadre expérimental unifié pour comprendre les transitions d'écoulement et de déformation dans des systèmes à l'interface entre comportements colloïdaux et polymériques.

ED Droit

• L'articulation des instruments internationaux de protection des droits de l'enfant en Afrique

  par Robin LECHEKS (CENTRE DE RECHERCHES ET DE DOCUMENTATION EUROPÉENNES ET INTERNATIONALES)

  Cette soutenance a lieu à 14h30 - Salle des Thèses Université de Bordeaux,16 Av. Léon Duguit, 33600 Pessac, France

  devant le jury composé de

  • Baptiste TRANCHANT - Professeur des universités - Université de Bordeaux - Directeur de these
  • Abdou-Khadre DIOP - Professeur agrégé - Université numérique Cheikh Hamidou Kane - Rapporteur
  • François ROCH - Professeur agrégé - UQAM - Rapporteur
  • Hélène RASPAIL - Professeure des universités - Le Mans Université - Examinateur
  • Mulry MONDELICE - Professeur agrégé - Collège militaire royal de Saint-Jean - Examinateur
  • Olivier DELAS - Professeur agrégé - Université Laval - CoDirecteur de these

  Résumé

  L'Afrique se distingue par l'existence d'un double instrument contraignant spécifiquement dédié aux droits de l'enfant, une singularité à l'échelle continentale, qui trouve sa concrétisation dans la Convention des Nations Unies relative aux droits de l'enfant (1989) et la Charte africaine des droits et du bien-être de l'enfant (1990). Cette dualité normative, soulève des défis complexes d'articulation. Cette recherche examine comment l'articulation entre ces deux instruments influence l'efficacité de la protection des droits de l'enfant en Afrique. L'hypothèse centrale postule que cette coexistence offre un potentiel de protection renforcée, à condition qu'une articulation cohérente soit développée entre les deux systèmes. La méthodologie combine analyse juridique comparative, recherche documentaire empirique couvrant la pratique des deux Comités et approche interdisciplinaire. Les résultats démontrent que les divergences normatives reflètent des conceptions complémentaires plutôt que contradictoires de la protection de l'enfant. La recherche développe le concept d' « universalisme contextuel » qui reconnaît la validité des adaptations régionales tout en maintenant l'exigence d'efficacité. Les propositions concrètes incluent notamment la création d'un mécanisme de coordination permanent entre les deux Comités et l'harmonisation des procédures de rapportage.

ED Sciences de la Vie et de la Santé

• Les radiopharmaceutiques comme nouveaux outils pour la médecine personnalisée de précision

  par Lina ALI (Institut de neurosciences cognitives et intégratives d'Aquitaine)

  Cette soutenance a lieu à 10h00 - Salle S2040 2 rue du Docteur Hoffmann Martinot, Batiment BBS, Campus Carreire, INCIA, 2ème étage, 33076, Bordeaux

  devant le jury composé de

  • Clément MORGAT - Professeur des universités - praticien hospitalier - Université de Bordeaux - Directeur de these
  • Jonathan VIGNE - Professeur des universités - praticien hospitalier - Université de Caen - Rapporteur
  • Johnny VERCOUILLIE - Maître de conférences - Université de Tours - Rapporteur
  • Suzan SAMRA - Assistant professor - Université de Tishreen - Examinateur

  Résumé

  Dans le domaine du traitement du cancer, la radiothérapie interne vectorisée (RIV) représente une approche innovante et prometteuse. Elle repose sur l'utilisation de radioéléments adressés pour délivrer spécifiquement un rayonnement aux cellules tumorales, tout en épargnant les tissus sains. Le principe consiste à associer un isotope radioactif à une molécule biologique (peptides, anticorps ou autres ligands) possédant une forte affinité pour des récepteurs ou antigènes tumoraux. Les médicaments ainsi obtenus, appelés radiopharmaceutiques, peuvent être utilisés à des fins diagnostiques ou thérapeutiques, dans une approche dite « radiothéranostique ». Les radioisotopes peuvent être émetteurs β+ comme le 68Ga pour l'imagerie, ou émetteurs β- comme le 177Lu ou encore émetteurs α comme l'225Ac pour la thérapie. La RIV connaît un essor rapide. En effet, des radiopharmaceutiques sont déjà approuvés pour traiter certaines tumeurs, comme le [177Lu]Lu-DOTATATE ciblant les récepteurs de la somatostatine dans les tumeurs neuroendocrines métastatiques, ou le [177Lu]Lu-PSMA-617 utilisé pour cibler l'antigène membranaire spécifique de la prostate (PSMA) dans le cancer de la prostate métastatique résistant à la castration. Néanmoins, la personnalisation de la RIV suppose l'identification de nouveaux marqueurs tumoraux et le développement de radiopharmaceutiques adaptés. Dans ce contexte, ce travail s'est concentré sur des approches basées sur des neuropeptides ciblant les récepteurs de la neurotensine (NTS1), du peptide libérateur de gastrine (GRPR) et du neuropeptide Y (NPY, notamment Y5). La première partie de la thèse a porté sur l'optimisation de radiopharmaceutiques dérivés de la neurotensine pour mieux sélectionner les patients éligibles à la RIV. L'impact du choix du radioélément et/ou du chélateur sur les propriétés de liaison d'une série de nouveaux peptides ciblant NTS1 a été évalué. Le radiomarquage a été optimisé avec le 68Ga, le 18F et le 64Cu. Des études in vitro ont permis de caractériser leur affinité pour NTS1, leur internalisation et leur excrétion hors des cellules, puis les candidats les plus prometteurs ont été validés in vivo chez les souris. Par ailleurs, un mécanisme inédit d'internalisation des radiopharmaceutiques NTS1 a été mis en évidence (brevet en cours). Dans une perspective thérapeutique, un émetteur d'électrons Auger pur, le 103Pd, a été conjugué à un analogue de la neurotensine via un chélateur innovant, et évalué in vitro et in vivo. Enfin, l'expression de NTS1 a été étudiée dans le cancer rénal primitif et comparée à celle du PSMA et d'autres récepteurs de neuropeptides (dont Y5), afin d'élargir les perspectives théranostiques. La deuxième partie a exploré le potentiel du GRPR. L'antagoniste RM2 a déjà montré un intérêt en imagerie et en thérapie, mais aucun radiopharmaceutique ciblant le GRPR marqué au 18F n'est disponible. Nous avons donc introduit le 18F dans la structure du RM2 via la stratégie [18F]AlF-RESCA, puis comparé les propriétés de liaison de ce nouvel analogue avec différents radionucléides (68Ga et 177Lu). Ces travaux ont permis d'évaluer l'influence du remplacement du radioélément sur les caractéristiques de liaison du peptide. Le dernier chapitre a été consacré aux analogues du NPY ciblant le récepteur Y5. Différentes générations ont été développées et testées et leurs propriétés de liaison ont également été étudiées in vitro ainsi qu'in vivo. L'implication de Y5 dans le cancer, notamment pour l'imagerie tumorale et la RIV, a été la plus difficile à évaluer en raison de l'absence de littérature. En conclusion, ce travail de recherche vise à faire progresser la RIV pour un traitement personnalisé du cancer.

• Ciblage thérapeutique de la vulnérabilité métabolique des carcinomes épidermoïdes cutanés

  par Ferial KHALIFE (BoRdeaux Institute of onCology)

  Cette soutenance a lieu à 14h00 - Module 1.1 Université de Bordeaux, campus Carreire, bâtiment CROUS, 1er étage 146 Rue Léo Saignat, 33000 Bordeaux

  devant le jury composé de

  • Hamid-Reza REZVANI - Directeur de recherche - Université de Bordeaux - Directeur de these
  • Walid RACHIDI - Professeur des universités - Université Grenoble Alpes - Rapporteur
  • Pierre SONVEAUX - Professor - Université catholique de Louvain (UCLouvain), FNRS - Rapporteur
  • Anne-Karine BOUZIER-SORE - Directrice de recherche - Université de Bordeaux – UMR 5536 CRMSB - Examinateur
  • Alice CARRIER - Directrice de recherche - Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM) - Examinateur

  Résumé

  La modification des activités métaboliques constitue une étape cruciale dans la progression du cancer, et plusieurs approches thérapeutiques ciblant le métabolisme sont de plus en plus proposées pour les tumeurs humaines. Cependant, des données émergentes mettent en évidence une hétérogénéité métabolique inter-patients et soulignent l'importance du phénotypage métabolique dans le traitement du cancer. Dans cette étude, nous avons dressé le profil métabolique d'échantillons humains de cSCC à différents stades de la carcinogenèse et identifié trois sous-groupes présentant des scores métaboliques faibles, moyens ou élevés — y compris au stade précancéreux. Nous avons ensuite examiné l'impact de cette hétérogénéité métabolique sur la réponse des cSCC aux inhibiteurs de la dihydroorotate déshydrogénase (DHODH), une enzyme clé de la biosynthèse de novo des pyrimidines. En utilisant des modèles de xénogreffes dérivées de patients (PDX), nous avons montré que l'efficacité des inhibiteurs de la DHODH est corrélée au score métabolique, soulignant son potentiel comme biomarqueur prédictif de la réponse au traitement. Pour évaluer plus avant le potentiel thérapeutique de l'inhibition de la DHODH, nous avons étudié l'efficacité de deux inhibiteurs de la DHODH, le léflunomide et le PTC299, chez des souris immunodéprimées xénogreffées avec les lignées cellulaires A431 et SCC13. Nos résultats montrent que le léflunomide inhibe significativement la croissance tumorale uniquement dans les xénogreffes dérivées d'A431, tandis que le PTC299 supprime la croissance tumorale à la fois dans les modèles SCC13 et A431. Ces résultats soulignent la pertinence du profilage métabolique dans la conception de stratégies thérapeutiques ciblant les vulnérabilités bioénergétiques des tumeurs. Ils suggèrent également que la DHODH pourrait constituer une cible thérapeutique prometteuse, du moins pour un sous-groupe de cSCC. De plus, nos données suggèrent que le PTC299 pourrait offrir un bénéfice thérapeutique plus large en contournant potentiellement les mécanismes de résistance associés à la plasticité métabolique.

• ÉTUDE ET MODÉLISATION IN VITRO DES INTERFACES AU COURS DE LA PROGRESSION TUMORALE

  par Lucile ROUYER (BoRdeaux Institute of onCology)

  Cette soutenance a lieu à 14h00 - Amphithéâtre BBS Batiment Bordeaux Biologie Santé (BBS) 2 rue du docteur Hoffmann Martinot 33000 Bordeaux

  devant le jury composé de

  • Frédéric SALTEL - Directeur de recherche - Université de Bordeaux - Directeur de these
  • Audrey FERRAND - Chargée de recherche - Université de Toulouse - Rapporteur
  • Frédéric BARD - Directeur de recherche - Université Aix Marseille - Rapporteur
  • Danijela VIGNJEVIC - Directrice de recherche - Université Paris Sciences et Lettres - Examinateur
  • Morgan DELARUE - Chargé de recherche - Université de Toulouse - Examinateur
  • Fatima MECHTA-GRIGORIOU - Directrice de recherche - Université Paris Sciences et Lettres - Examinateur
  • Grégory GIANNONE - Directeur de recherche - Université de Bordeaux - Examinateur

  Résumé

  Le microenvironnement tumoral joue un rôle central dans la progression du cancer, notamment au travers d'interfaces entre les cellules cancéreuses et leur environnement immédiat. Ces interfaces influencent directement le comportement des cellules tumorales, notamment la prolifération, la migration et l'invasion. Au cours de ma thèse, j'ai étudié deux types d'interfaces : l'interface collagène/cellules cancéreuses et l'interface cellules épithéliales normales/cellules cancéreuses. La première partie de cette thèse a été consacrée à l'étude de l'interface collagène/cellules cancéreuses de cancer du sein triple négatif (TN) via des structures membranaires nommées « collagen-tracks ». Lors de la migration cellulaire, les cellules cancéreuses déposent des vésicules riches en récepteurs d'adhésion ainsi qu'en microARN sur la matrice de collagène de type I. Ces collagen-tracks permettent aux cellules les plus agressives de transmettre leurs propriétés invasives à d'autres cellules moins agressives, après internalisation. Ce travail met ainsi en évidence un nouveau mécanisme local de communication intercellulaire, au niveau de l'interface collagène/cellules cancéreuses, favorisant la dégradation de la matrice extracellulaire, une étape clé de la progression du cancer. La deuxième partie de cette thèse s'intéresse à l'interface cellules épithéliales normales/cellules cancéreuses dans le carcinome hépatocellulaire (CHC). J'ai établi un modèle 3D dynamique reproduisant cette interface. Ce modèle permet d'analyser l'évolution des interactions entre cellules normales et tumorales au cours de la prolifération et de l'invasion cellulaire, offrant ainsi un outil pertinent pour mieux comprendre ces mécanismes impliqués dans la progression tumorale.

• DÉCRYPTAGE DES MÉCANISMES DE LA TRANSPLANTATION DE GÉNOMES ENTIERS CHEZ LES MOLLICUTES

  par Jitra-Marie JITTASEVI (BFP - Biologie du Fruit et Pathologie)

  Cette soutenance a lieu à 14h00 - Amphithéâtre de l'Institut des Sciences de la Vigne et du Vin Institut des Sciences de la Vigne et du Vin 210 Chemin de Leysotte 33140 Villenave-d'Ornon

  devant le jury composé de

  • Carole LARTIGUE - Chargée de recherche - INRAE Nouvelle Aquitaine-Bordeaux - Directeur de these
  • Sébastien RODRIGUE - Professor - Université de Sherbrooke - Rapporteur
  • Christophe DANELON - Professeur des universités - Institut National des Sciences Appliquées (INSA) Toulouse - Rapporteur
  • Sabine PEREYRE - Professeure des universités - praticienne hospitalière - Centre Hospitalier Universitaire de l'Université de Bordeaux - Examinateur
  • Patrice GAURIVAUD - Ingénieur de recherche - Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l'Alimentation, de l'Environnement et du Travail - Laboratoire de Lyon - Examinateur
  • Grégory BOËL - Directeur de recherche - Institut de Biologie Physico-Chimique - Examinateur

  Résumé

  L'un des objectifs de la biologie de synthèse est de déterminer les fonctions essentielles à la vie pour reconstituer une cellule artificielle. Pour cela, les Mollicutes sont un bon modèle d'étude. Ces bactéries aux génomes réduits sont les plus petits organismes vivants capables d'autoréplication en dehors d'un hôte, ce qui leur vaut le nom de cellule minimale. La transplantation de génomes entiers (TG) est une technique qui permet d'isoler et modifier spécifiquement un génome donneur d'une espèce A en passant par un hôte intermédiaire, la levure. Ensuite, le génome est transféré dans le cytoplasme d'une espèce B, la cellule receveuse. Après sélection, le compartiment cellulaire B acquiert l'identité génétique et phénotypique du génome donneur A. Cette méthode est révolutionnaire pour la construction de cellules synthétiques. Elle fournit un cadre pour explorer les mécanismes fondamentaux régissant les interactions moléculaires essentielles au traitement de l'information génétique. Cependant, la TG est restreinte à une dizaine de génomes donneurs de Mollicutes dans la cellule receveuse Mycoplasma capricolum ssp. capricolum (Mcap). Son extension à d'autres espèces est limitée par une compréhension insuffisante de ses mécanismes. Il a été proposé que l'efficacité de TG diminue avec l'augmentation de la distance phylogénétique entre génome donneur et cellule receveuse, suggérant l'existence de paramètres génétiques et biochimiques assurant leur compatibilité. Ce projet de thèse proposait d'identifier de tels facteurs et de mieux décrire les mécanismes de TG. D'abord, nous avons visé à caractériser le comportement des machineries moléculaires qui permettent l'initialisation (boot-up) d'un génome dans un compartiment cellulaire. Nous avons proposé que la capacité de la receveuse à transcrire le génome donneur est un facteur précoce essentiel au boot-up. Nous avons conçu deux stratégies complémentaires pour étudier le rôle de la transcription dans la TG du génome de Mesoplasma florum dans Mcap. Premièrement, pour caractériser les interactions entre deux machineries de transcription dans un même contexte cellulaire, nous avons exprimé de façon hétérologue les cinq sous-unités protéiques de l'ARN polymérase (ARNP) de M. florum dans Mcap. Lorsque les ARNP des deux espèces sont exprimées simultanément, nous avons observé la mutation des séquences codant les sous-unités catalytiques RpoBMfl et RpoCMfl de M. florum. En parallèle, pour évaluer la compatibilité entre un génome et l'ARNP qui l'exprime, nous avons remplacé les séquences codantes de l'ARNP de Mcap par celles de M. florum. Mcap est viable lorsqu'elle exprime uniquement l'ARNP de M. florum ainsi que plusieurs combinaisons hybrides, mais l'efficacité de TG de M. florum n'augmente pas significativement. Nous avons aussi confirmé l'incompatibilité de RpoB/RpoCMfl avec le reste de l'ARNP de Mcap. Nous en déduisons que la formation de machineries hybrides lors du boot-up est délétère et réduit la probabilité de sélectionner un génome donneur viable. Dans un second volet de la thèse, nous avons étudié les facteurs permissifs à la TG d'une nouvelle espèce (Mycoplasma bovis), qui a été établie pour la première fois. La caractérisation génotypique et protéomique du clone produisant les meilleurs rendements ont révélé des particularités génétiques pouvant être impliquées dans la TG. En particulier, l'inactivation d'une nucléase de surface (MnuA) ainsi que la dérégulation du cluster de la division cellulaire via l'inactivation de FtsZ ont été identifiés comme favorables à la TG. En conclusion, ces travaux de thèse ont permis de renforcer le modèle de la TG et d'orienter les futures études de ses mécanismes. Ils signalent l'occurrence potentielle d'interférences dans l'ensemble des processus cellulaires exprimés simultanément par les deux génomes au moment du boot-up, et appuient l'importance des modalités d'entrée du génome donneur dans la cellule receveuse.

• Impact du vieillissement immunitaire sur la réponse cellulaire vaccinale

  par Pauline SAINT-CHARLES (Immunologie Conceptuelle, Expérimentale et Translationnelle)

  Cette soutenance a lieu à 14h00 - Amphithéâtre ENSTBB ENSTBB-Bordeaux INP 146 Rue Léo Saignat, 33000 Bordeaux

  devant le jury composé de

  • Victor APPAY - Directeur de recherche - Université de Bordeaux - Directeur de these
  • Stéphanie GRAFF-DUBOIS - Professeure - Centre d'Immunologie et des Maladies Infectieuses (CIMI) - Rapporteur
  • Delphine SAUCE - Directrice de recherche - Centre d'Immunologie et des Maladies Infectieuses - Rapporteur
  • Arnaud MARCHANT - Professeur - Université libre de Bruxelles - Examinateur
  • Bruno SALAUN - Docteur - GlaxoSmithKline - Examinateur

  Résumé

  L'augmentation de l'espérance de vie dans la population générale, portée par les progrès médicaux et technologiques, s'accompagne d'un vieillissement démographique. En parallèle, l'introduction des thérapies antirétrovirales (ART) efficaces depuis 1996 a transformé l'infection par le VIH en maladie chronique, permettant aux personnes vivant avec le VIH (PVVIH) d'atteindre une espérance de vie similaire à la population générale. Ce double phénomène entraîne des enjeux majeurs de santé publique concernant la prise en charge du vieillissement et la protection contre les maladies infectieuses. Les personnes âgées, et particulièrement les PVVIH, constituent une population à risque accru de complications infectieuses. Dans ce contexte, l'adaptation des stratégies vaccinales et des calendriers vaccinaux est une nécessité. Toutefois, l'efficacité vaccinale se trouve limitée par l'immunosénescence, processus biologique caractérisé par des altérations progressives du système immunitaire liées à l'âge. La compréhension des dynamiques cellulaires impliquées dans ce vieillissement immunitaire est donc indispensable pour optimiser la vaccination et renforcer la protection des populations vieillissantes, qu'elles vivent avec le VIH ou non. Dans ce cadre, les analyses se sont concentrées sur deux cohortes afin de caractériser la réponse cellulaire vaccinale et particulièrement la réponse Th1, qui est impliquée dans l'initiation de la réponse cytotoxique, nécessaire au contrôle de la réplication virale. Nous avons également étudié la composante circulante des lymphocytes T folliculaires auxilliaires afin l'associer avec la réponse anticorps vaccin-spécifique. Enfin, nous avons procédé à des tests fonctionnels ex vivo et l'étude de marqueurs de sénescence par cytométrie en flux afin de lier une potentielle altération de la réponse vaccinale cellulaire avec l'état de sénescence. Premièrement, nous avons réalisé ces analyses sur la cohorte Vaccines and Infectious Diseases in the Ageing Population (VITAL), composée de personnes âgées de 25 à 98 ans, vaccinées contre la grippe. Ces travaux rentrent le cadre d'un consortium européen où plusieurs équipes en France, Pays-Bas, Danemark, Autriche, Italie, Espagne sont impliquées. Deuxièmement, la cohorte SHINGR'HIV est constituée de PVVIH âgés vaccinés contre le zona (en utilisant le vaccin recombinant Shingrix [GSK] qui n'a pas été étudié chez cette population).

• Étude du mécanisme d'interaction entre les anthocyanes des vins rouges variétaux et les protéines riches en proline et conséquences sensorielles

  par Katarina DELIC (Oenologie)

  Cette soutenance a lieu à 9h00 - Amphitheâtre de l'Institut des Sciences de la Vigne et du Vin ISVV, 210 chemin de Leysotte 33882 Villenave d'Ornon, France

  devant le jury composé de

  • Pierre-Louis TEISSEDRE - Full professor - Université de Bordeaux - Directeur de these
  • Fernando ZAMORA - Full professor - Universitat Rovira i Virgili Departamento de Bioquímica y Biotechnología Campus Sescelades - Rapporteur
  • Danijel MILINCIC - Senior Research Associate - Faculty of Agriculture University of Belgrade - Examinateur
  • Stamatina KALLITHRAKA - Full professor - Agricultural University Athens Food Science and Human Nutrition Dept. Laboratory of Oenology - Examinateur
  • Aleksandar KOSTIC - Associate Professor - Faculty of Agriculture University of Belgrade - Examinateur
  • Ivana KARABEGOVIC - Full professor - Food Technology and Food Safety, Faculty of Technology, University of Niš - Rapporteur

  Résumé

  Dans cette étude, la réactivité des procyanidines et des anthocyanes dans les vins jeunes et vieillis de ‘Prokupac', ‘Merlot' et ‘Cabernet Sauvignon' vis-à-vis des protéines salivaires est examinée par SDS-PAGE et UHPLC-QTOF-MS afin de déterminer les différences entre les composés phénoliques du vin rouge en relation avec le processus de vieillissement du vin. L'analyse par SDS-PAGE a révélé que les procyanidines, les polymères flavanol-anthocyanes et les ellagitannins présents dans le vin vieilli présentent de fortes affinités pour les protéines salivaires, conduisant à la formation de complexes insolubles. En revanche, le vin jeune contenait principalement des procyanidines à forte affinité pour les protéines salivaires, ainsi que des flavan-3-ols monomériques et des anthocyanes, qui forment principalement des agrégats solubles, tandis que les phénoliques polymériques étaient moins représentés. Les profils électrophorétiques ont montré en outre que les procyanidines d'origine graine formaient principalement des complexes insolubles avec les protéines salivaires, tandis que les anthocyanes d'origine pelliculaire avaient tendance à en former des solubles. La teneur totale de tous les composés phénoliques quantifiés par UHPLC-QTOF-MS était 2,5 fois plus élevée dans le vin jeune que dans le vin vieilli, principalement en raison de l'abondance nettement plus importante de malvidine-3-O-glucoside dans le vin jeune (niveau huit fois plus élevé dans le vin jeune). L'analyse ciblée par UHPLC-QTOF-MS des phénoliques sélectionnés a confirmé les résultats électrophorétiques et a montré une affinité de liaison plus élevée des procyanidines dans le vin vieilli par rapport au vin jeune, ainsi qu'un pourcentage de liaison des procyanidines supérieur à celui des anthocyanes, indépendamment de l'âge du vin. L'évaluation sensorielle a montré que le vin vieilli présentait des scores de qualité des tanins plus élevés, tandis que le vin jeune exprimait une acidité et une astringence plus marquées, l'amertume étant comparable entre les deux. Ces résultats soulignent l'influence du vieillissement du vin sur l'interaction entre les composés phénoliques et les protéines salivaires et mettent en évidence le rôle dominant des procyanidines dans la liaison aux protéines ainsi que la contribution synergique potentielle des anthocyanes à la perception des sensations en bouche.

• Effet de la variabilité génétique du porte-greffe sur l'arôme des vins de Vitis vinifera cv. Cabernet-Sauvignon. Approches compositionnelles et sensorielles.

  par Laura FARRIS (Oenologie)

  Cette soutenance a lieu à 9h00 - Amphi Lescouzères Bordeaux Sciences Agro 1 Cour du Général de Gaulle 33170 Gradignan

  devant le jury composé de

  • Jean-Christophe BARBE - Professeur - Université de Bordeaux, INRAE, Bordeaux INP, Bordeaux Sciences Agro, UMR 1366, OENO, ISVV, F-33140 - Directeur de these
  • Aurélie ROLAND - Maîtresse de conférences - SPO, Université Montpellier, INRAE, Institut Agro Montpellier Supagro - Rapporteur
  • Christian CHERVIN - Professeur - AgroToulouse, Université de Toulouse, INP-ENSAT, BP 32607 - Rapporteur
  • Cécile COULON-LEROY - Maîtresse de conférences - ESA, USC 1422 INRA-GRAPPE, Ecole Supérieure d'Agricultures - Examinateur
  • Luigi MOIO - Professeur - Department of Agricultural Sciences, Section of Vine and Wine Sciences, University of Napoli ″Federico II″ - Examinateur

  Résumé

  Le profil aromatique du vin est un élément crucial pour sa qualité et son acceptation par le consommateur. Bien que les facteurs comme le climat, le cépage et les conditions de vinification soient bien connus pour leur influence déterminante sur ce profil, le rôle du porte-greffe reste un domaine de recherche encore fragmenté. Initialement choisi pour sa résistance au phylloxéra, le porte-greffe est devenu un outil essentiel pour l'adaptation aux facteurs pédoclimatiques et l'atteinte des objectifs de production. Malgré cette importance, son impact sur les composés aromatiques des vins est encore très peu étudié. Dans ce contexte, cette thèse vise à explorer ce manque de connaissances en étudiant comment le porte-greffe imfluence les composés aromatiques et l'expression sensorielle des vins. L'étude explore notamment la manière dont cet impact est lié à la modulation de la maturité des raisins, qui est elle-même dépendante du statut hydrique et minéral de la vigne, ainsi que de paramètres agronomiques clés tels que l'état phénologique, l'expression végétative et le rendement. L'étude a été menée sur le dispositif expérimental GreffAdapt, qui réunit 55 porte-greffes sur lesquels sont greffés 5 variétés différentes. L'étude s'est concentrée sur 20 porte-greffes et le greffon Cabernet-Sauvignon au cours de trois millésimes. Pour évaluer l'influence des porte-greffes, un phénotypage exhaustif a été réalisé sur les vignes, incluant la date de mi-véraison, des mesures d'expression végétative et de rendement, ainsi que l'évaluation du statut hydrique et azoté. Une fois récoltés, les raisins ont été analysés pour leur composition chimique avant que des microvinifications ne soient conduites dans des conditions standardisées. Les vins produits ont été soumis à des analyses ciblées pour la quantification d'une large gamme de composés aromatiques. Enfin, une méthodologie sensorielle en deux temps a été employée, combinant une tâche de Napping pour évaluer la diversité perçue, et un profil sensoriel pour caractériser de ces mêmes vins. Les résultats ont montré que le porte-greffe avait un impact significatif sur les paramètres de maturité, notamment sur les acides organiques. Cependant, l'effet sur la majorité des composés aromatiques quantifiés était limité. Des effets notables ont été observés uniquement pour la β-damascénone, l'IBMP et le linalol, avec des concentrations qui variaient selon le millésime. Le Napping a validé une diversité sensorielle entre les vins, mais avec une variabilité interannuelle, bien que certains porte-greffes aient formé des groupes stables sur plusieurs millésimes. Le profil descriptif a permis de caractériser ces différences, identifiant des arômes comme le cassis ou les fruits rouges confiturées comme étant significativement affectés par le porte-greffe.

ED Sciences Physiques et de l'Ingénieur

• Développement d'une méthode ultrasonore pour la microrhéologie active à l'aide de pinces acoustiques.

  par Antoine PENNERON (I2M - Institut de Mécanique et d'Ingénierie de Bordeaux)

  Cette soutenance a lieu à 14h00 - Amphi A Bâtiment A29, 351 Cr de la Libération, 33400 Talence

  devant le jury composé de

  • Diego BARESCH - Chargé de recherche - Université de Bordeaux - Directeur de these
  • Régis MARCHIANO - Professeur des universités - Sorbonne Université - Rapporteur
  • Valentin LEROY - Directeur de recherche - Université Paris Cité - Rapporteur
  • Stefan CATHELINE - Directeur de recherche - Université Lyon 1 - Examinateur
  • Émilie FRANCESCHINI - Directrice de recherche - Université Aix-Marseille - Examinateur
  • Thomas BRUNET - Maître de conférences - Université de Bordeaux - CoDirecteur de these

  Résumé

  La caractérisation mécanique non invasive de matériaux mous et fragiles constitue un enjeu majeur pour la mécanobiologie et la rhéologie de milieux complexes. Les techniques existantes de microrhéologie active (optiques, magnétiques) se heurtent à des limitations intrinsèques. Parmi celles-ci figurent les faibles forces développées par les pinces optiques (pN), l'opacité des milieux biologiques, ou la nécessité de sondes ferromagnétiques. Dans ce travail, nous démontrons qu'une pince acoustique avec un faisceau unique focalisé à front d'onde hélicoïdal (vortex) permet de sonder localement l'élasticité de milieux mous (20--100~Pa). Cette approche génère des forces de l'ordre du $mu$N avec des intensités de faisceau faibles (<~1~W/cm$^2$). L'apport scientifique de cette thèse concerne la validation expérimentale d'un formalisme théorique récent pour le calcul de la force de radiation acoustique en milieu élastique. L'approximation des milieux très mous aqueux conduit à des simplifications majeures du tenseur de contraintes de radiation. Ces hypothèses permettent de montrer que les forces en milieu très mou aqueux et dans l'eau sont équivalentes, résultat vérifié numériquement et expérimentalement. Notre approche exploite des microbulles comme sondes manipulées par vortex acoustique (2,25 MHz). Leur contraste d'impédance élevé entre la phase gazeuse et aqueuse est à l'origine de forces importante pour des amplitudes de faisceau faibles. Le déplacement induit des bulles dans le plan focal du vortex résulte de deux contributions. La première est une composante de rappel dite de force de gradient. La seconde, dite de diffusion, provient du transfert de flux de moment angulaire. En combinant aisni un modèle élastique simple pour la déformation de l'hydrogel induit par le déplacement de la bulle avec des calculs de force de radiation, nous extrayons les valeurs locales du module de cisaillement du milieu. Les résultats démontrent un excellent accord avec la rhéométrie standard. Ces mesures valident simultanément le modèle théorique et établissent la première pince acoustique fonctionnelle pour la micrhorhéologie active. Contrairement aux approches usuelles basées sur la calibration empirique, notre méthode repose sur une prédiction théorique rigoureuse de la force de radiation. Cette technique ouvre des perspectives pour la caractérisation tridimensionnelle et locale de milieux complexes, hétérogènes, anisotropes et opaques à la lumière. Une extension méthodologique permettant le suivi des bulles par imagerie ultrasonore localisée est envisageable. Une miniaturisation du dispositif en travaillant avec des faisceaux haute fréquence (< 10 MHz) est également possible. Ces travaux présentent les bases d'une méthode de microrhéologie active tout acoustique pour la rhéologie de milieux complexes et la mécanobiologie.

ED Sociétés, Politique, Santé Publique

• La participation des enfants dans les prises de décisions en Protection de l'Enfance. Approche écosystémique et psycho-développementale des représentations et des pratiques des enfants placé·es en famille d'accueil et des professionnel·les

  par Alizée DELHOSTE (Laboratoire de Psychologie)

  Cette soutenance a lieu à 14h00 - Amphithéâtre Pitres Université de Bordeaux, Campus Victoire 3ter Place de la Victoire, 33076 Bordeaux Cedex

  devant le jury composé de

  • Véronique ROUYER - Professeure des universités - Université de Bordeaux - Directeur de these
  • Fabien BACRO - Maître de conférences - Laboratoire de Psychologie des Pays de la Loire (LPPL, UR 4638), Université de Nantes - Rapporteur
  • Benoît SCHNEIDER - Professeur des universités - Laboratoire Lorrain de Psychologie et Neurosciences de la Dynamique des Comportements(2LPN) / EA 7489, Université de Lorraine - Examinateur
  • Séverine EUILLET - Maîtresse de conférences - CREF, Université Paris Nanterre - Rapporteur

  Résumé

  Résumé. L'adoption de la CIDE en 1989 reconnaît à tous·tes les enfants, de moins de 18 ans, le droit d'exprimer librement leurs opinions dans les décisions qui les concernent et de voir celles-ci dûment prises en considération, eu égard à leur âge et à leur degré de maturité. Toutefois, cette reconnaissance juridique ne garantit pas à elle seule une participation effective, notamment dans le champ de la Protection de l'Enfance. Plusieurs rapports nationaux (Cerisuela et al., 2023 ; Hédon, 2020) et recherches internationales (Euillet & Faisca, 2019 ; Toros, 2021 ; van Bijleveld et al., 2015) soulignent en effet l'existence de multiples obstacles qui freinent sa mise en œuvre et limitent la reconnaissance de l'enfant en tant qu'acteur·trice des processus décisionnels. Or, la participation ne constitue pas seulement un droit fondamental : elle conditionne aussi l'effectivité d'autres droits reconnus par la CIDE (Hédon, 2020), contribue au développement et au bien-être des enfants protégé·es ainsi qu'à la qualité de leur placement (Lansdown, 2001 ; Rafeedie et al., 2019; Toros, 2021). Par ailleurs, les recherches pluridisciplinaires associent encore fréquemment les « enfants » au terme juridique de « mineur·es », et documentent principalement les expériences participatives des adolescent·es, et plus rarement celles des enfants d'âge scolaire. Dans ce contexte, cette thèse en psychologie du développement examine la participation des enfants, âgé·es entre 6 et 12 ans, accueilli·es en famille d'accueil, aux prises de décisions les concernant. Elle s'appuie sur une double approche : écosystémique (Bronfenbrenner, 2005) pour appréhender l'influence de plusieurs contextes écologiques sur l'effectivité de la participation, conçue comme un processus psycho-social, et psycho-développementale (Malrieu, 1973, 1977, 2003), en considérant la part-active de l'enfant dans son développement au travers de ses interactions avec ses milieux de vie. Ce travail s'articule autour de 4 objectifs : étudier les représentations et les pratiques d'une pluralité de professionnel·les de la Protection de l'Enfance (1), ainsi que les obstacles, les leviers et les aménagements de la participation qu'ils·elles identifient (2) ; examiner l'influence des représentations des enfants accueilli·es (6-12 ans) concernant leur participation aux décisions institutionnelles sur leur expérience subjective du placement (3) ; comprendre comment ils·elles perçoivent et donnent du sens à leur participation aux prises de décisions quotidiennes et institutionnelles (4). Pour ce faire, des entretiens semi-directifs ont été réalisés auprès de 21 professionnel·les (11 assistant·es familiaux·les, 6 référent·es éducateurs·trices, 2 chef·fes de service d'ASE, 2 juges des enfants), ainsi qu'auprès de 6 enfants (8-12 ans), sous forme d'activités afin de favoriser l'accès à leurs points de vue. Les résultats issus de l'analyse thématique indiquent que, dans les pratiques professionnelles, la participation des enfants demeure principalement consultative. Sa mise en œuvre apparaît conditionnée par certains leviers et obstacles situés à différents niveaux : ontosystémique (caractéristiques individuelles et vécu des enfants), microsystémique (relations enfants-professionnel·les), mésosystémique (relations entre professionnel·les), exosystémique (organisation des services d'ASE, cadre judiciaire du placement) et macrosystémique (rapports de pouvoir enfants-adultes). Les résultats issus de l'analyse par questionnement analytique montrent que la participation peut avoir une incidence sur le vécu subjectif des enfants (8-12 ans) tout au long du processus de placement. Elle constitue par ailleurs un levier de socialisation, à travers la manière dont ils·elles se positionnent et donnent du sens aux relations qu'ils·elles construisent avec les adultes, ainsi qu'aux règles éducatives et aux fonctionnements institutionnels, auxquels ils·elles sont confronté·es.

• Trajectoires et risques du traitement de suppléance rénale chez les enfants européens : analyses épidémiologiques basées sur les registres

  par Evgenia PREKA (Bordeaux Population Health Research Center)

  Cette soutenance a lieu à 14h00 - Module 1.4 Campus Carreire 146 rue Leo Saignat 33000 Bordeaux

  devant le jury composé de

  • Jérôme HARAMBAT - Professeur des universités - praticien hospitalier - Université de Bordeaux - Directeur de these
  • Marjolein BONTHUIS - Docteure - ERA Registry, University of Amsterdam, UMC - CoDirecteur de these
  • Kitty JAGER - Full professor - ERA Registry - Examinateur
  • Karen LEFFONDRE - Professeure des universités - ISPED Université de Bordeaux - Examinateur
  • Thomas JOUVE - Professeur des universités - praticien hospitalier - Universite Grenoble Alpes - Rapporteur
  • Cecile COUCHOUD - Docteure - Agence de Biomedecine - Rapporteur

  Résumé

  La maladie rénale terminale (ESKD) chez l'enfant est rare mais grave et nécessite un traitement de remplacement rénal (KRT) par dialyse ou transplantation (KT). Cette thèse analyse, à partir du registre ESPN/ERA, les déterminants de la prise en charge et les résultats du KRT pédiatrique en Europe autour de trois questions: (1) l'initiation plus précoce de la dialyse améliore-t-elle les résultats? (2) quels facteurs conditionnent l'accès aux premières et répétées transplantations? (3) quelle est la survie à long terme des patients et des greffons après une ou plusieurs KT? Nous avons inclus des patients européens ayant débuté un traitement de suppléance rénale (RRT) avant l'âge adulte. L'étude 1, fondée sur 21 registres nationaux, a analysé 2963 enfants commençant une dialyse chronique à différents niveaux de fonction rénale (précoce vs tardif selon l'eGFR) pour évaluer la survie, l'accès à la greffe, la croissance et le risque cardiovasculaire. Les études 2 et 3 ont utilisé 11 registres: l'étude 2 a examiné 12623 patients ayant commencé un RRT avant 20 ans (1978–2019) pour quantifier l'accès aux premières, deuxièmes et troisièmes KT et identifier les disparités ; l'étude 3 a évalué la survie chez 11078 receveurs d'une première KT, 2962 d'une deuxième et 718 d'une troisième. Les analyses de survie (Kaplan–Meier, Cox) ont été ajustées pour les facteurs de confusion. Un début précoce de dialyse (eGFR plus élevé) n'a pas amélioré la survie à court terme ni l'accès à la greffe par rapport à un début tardif; la mortalité et le taux de greffe à 1, 2 et 5 ans étaient similaires. L'hypertension était plus fréquente chez les débuts tardifs (64 % vs 51 %). Ces résultats ne plaident pas pour un début précoce en l'absence de symptômes et soutiennent des déclencheurs cliniques plutôt qu'un seuil d'eGFR isolé. L'accès à la transplantation était élevé — 88 % ont reçu une première KT, 73 % une deuxième et 60 % une troisième —, avec des inégalités : les <5 ans et les 15–19 avaient un accès moins rapide que 10–14 ans; patientes légèrement réduit (hr 0,94). maladies à risque de récidive (p. ex., glomérulonéphrites) retardaient la première kt. transplantation préemptive une survie du greffon antérieur>5 ans favorisaient la retransplantation. La survie des patients après KT était excellente: 97 % à 5 ans après la première KT et >90 % à 10 ans; après deuxième et troisième KT, la survie à 10 ans dépassait 94 %. La survie des greffons diminuait avec chaque KT (5 ans: 79 % premier, 69 % deuxième, 67 % troisième; 10 ans: 63 %, 52 %, 51 %). Un risque accru de perte du greffon était observé chez les adolescents, chez les patientes en cas d'hyalinose segmentaire et focale, ou d'autres maladies récurrentes ou métaboliques. Les greffes de donneur vivant et les KT préemptives étaient associées à de meilleurs résultats, y compris pour les retransplantations. En résumé, les registres européens indiquent que la dialyse peut souvent être différée jusqu'à 8 mL/min/1,73 m² sans compromettre la survie précoce ni l'accès à la greffe, confortant des recommandations fondées sur les besoins cliniques. Si la survie des patients après KT pédiatrique est remarquable — y compris après plusieurs greffes —, la longévité des greffons reste limitée et est influencée par l'âge, le sexe et la maladie initiale. Des politiques pour un accès équitable et rapide (notamment pour les très jeunes, les adolescents et les patientes), un meilleur passage aux soins d'adultes, la réduction des risques immunologiques dans les maladies récurrentes et l'expansion des KT préemptives et du don vivant devraient encore améliorer le pronostic à vie des enfants atteints d'ESKD.

• Changements de cadres mathématiques et conversions entre registres de représentation dans l'enseignement et l'apprentissage de l'algèbre élémentaire.

  par Maria GEITANI (Laboratoire d'épistémologie et didactiques disciplinaires, professionnelle et comparée de Bordeaux)

  Cette soutenance a lieu à 9h00 - En visio totale En visio totale

  devant le jury composé de

  • Lalina COULANGE - Full professor - Université de Bordeaux - Directeur de these
  • Hersant MAGALI - Professeur - CREN (UR2661), Nantes Université - Rapporteur
  • Chaachoua HAMID - Professeur - LIG (UMR 5217), Université Grenoble Alpes - Rapporteur
  • Constantin CéLINE - Maître de conférences - MCF, LIRDEF, Univ Montpellier, Univ Montpellier Paul Valéry - Examinateur
  • Train GRéGORY - Maître de conférences - MCF, Lab-E3D (EA 7441), Université de Bordeaux - Examinateur

  Résumé

  Cette thèse analyse de manière approfondie l'apprentissage de l'algèbre élémentaire par des élèves libanais au moment où ils abordent pour la première fois cet apprentissage. Elle s'intéresse à la façon dont ces élèves produisent et interprètent des expressions algébriques destinées à modéliser des relations entre grandeurs géométriques, en mettant l'accent sur les obstacles rencontrés et sur les processus de pensée sous-jacents. Inscrite dans le champ de la didactique des mathématiques, elle mobilise le cadre théorique des changements de cadre et des conversions entre registres de représentation pour éclairer les transitions opérées entre l'arithmétique et l'algèbre. L'enquête empirique s'appuie sur deux questionnaires successifs administrés à un échantillon représentatif d'élèves ainsi que sur l'analyse fine d'une séance de correction collective, intégralement enregistrée et retranscrite. Les tâches proposées aux élèves sont graduées de manière à faire évoluer la complexité des situations : elles vont des relations additives simples aux relations multiplicatives et mixtes. L'analyse quantitative met en évidence des taux de réussite élevés dans les tâches additives et des difficultés nettement accrues dans les tâches multiplicatives et mixtes, confirmant l'existence d'un seuil critique dans l'entrée en algèbre. L'étude qualitative des productions erronées révèle des fonctionnements implicites caractéristiques, tels que la confusion entre « deux fois x » et « x² », l'assimilation de la répétition additive à l'exponentiation ou encore l'interprétation partielle des codages graphiques sur les grandeurs. L'analyse de la séance de correction souligne le rôle ambivalent du langage de l'enseignant, qui peut selon ses formulations soutenir la construction du sens ou au contraire renforcer des conceptions erronées. En offrant un éclairage croisé quantitatif et qualitatif, cette recherche contribue à mieux comprendre les processus cognitifs et langagiers des élèves et propose des pistes concrètes pour concevoir des situations d'enseignement favorisant l'articulation entre registres visuel, symbolique et langagier, particulièrement dans un contexte scolaire marqué par des conditions d'apprentissage difficiles.

• Identifier et comprendre les différents types d'apprentissage et leurs potentiels développementaux dans une formation-action visant l'insertion professionnelle de jeunes éloignés de l'emploi.

  par Marilène SERIAU (Bordeaux Population Health Research Center)

  Cette soutenance a lieu à 14h00 - Salle 218 Département HSE, IUT de Bordeaux, 15 rue Naudet 33190 Gradignan

  devant le jury composé de

  • Vanina MOLLO - Maîtresse de conférences - Université de Toulouse/INP - Rapporteur
  • Vincent GROSSTEPHAN - Professeur des universités - Université Aix-Marseille - Rapporteur
  • Gaëtan BOURMAUD - Maître de conférences - Université Paris 8 - Examinateur
  • Anne BATIONO-TILLON - Professeure - Haute école pédagogique Vaud - Examinateur
  • Alain GARRIGOU - Professeur - Université de Bordeaux - Directeur de these

  Résumé

  Cette thèse porte sur l'étude des liens existant entre différentes formes d'apprentissage et de développement identifiées dans une formation-action visant l'insertion professionnelle de jeunes éloignés de l'emploi. À travers l'intervention formative que nous avons menée, ce récit de thèse montre comment un travail participatif avec l'équipe de conception du dispositif a pu contribuer à co-identifier les contradictions historico-culturelles des systèmes étudiés afin d'en caractériser des micro-innovations. Les contradictions historico-culturelles s'incarnent sur le terrain à travers des dilemmes et des conflits; elles représentent l'essence du fonctionnement d'un système d'activité (SA) et peuvent donner lieu à des micro-innovations si elles sont débattues. D'autre part ce travail de thèse met en avant l'enjeu pour l'entreprise de révéler ces contradictions ainsi que le travail de prévention des risques de rupture dans l'apprentissage des jeunes qui a pu en découler. La méthodologie employée combine les pratiques et méthodes traditionnelles de l'ergonomie francophone et celles de la Théorie historico-culturelle de l'activité (THCA). Notre méthodologie articule trois échelles d'analyse présentées sous la forme de trois hypothèses qui correspondent à trois ZDP distinctes et reliées entre elles. À travers ces hypothèses les formes de développement chez les apprenants sont d'abord questionnées à l'échelle individuelle ; ces analyses donnent lieu à l'identification d'une hypothèse de contradiction : le SA serait partagé entre insertion et formation. Les conditions d'exercice de l'activité de formation des encadrants sont ensuite analysées, ce qui conduit à confirmer notre hypothèse de contradiction. Enfin, nous interrogeons les apports de notre intervention formative et exposons le travail participatif réalisé avec l'équipe à partir de la contradiction identifiée. Les résultats montrent qu'à travers le programme STEP, les apprenants développent plus que de simples compétences : à travers la pédagogie mise en place, ils développent une certaine forme d'autonomie et réalisent un travail d'appropriation des outils médiés allant dans le sens de la ZDP attendue par le programme. Les résultats montrent aussi que certains Steppers ouvrent « une autre ZDP », caractérisée par des apprentissages défensifs pouvant mener à une forme d'agentivité et à une forme de disruption. Les analyses des conditions d'exercice de l'activité de formation des encadrants font ressortir un certain nombre de conflits interpersonnels et de dilemmes intrapersonnels, qui sont les symptômes de la contradiction identifiée entre insertion et formation. Enfin, les résultats mettent en avant les apports de notre intervention formative, traduisant l'intérêt de la dimension participative dans une visée transformative. L'approche hybride entre ergonomie et THCA que nous avons choisie d'adopter met en avant l'importance d'identifier les écarts entre le prescrit et le réel dans le travail de mise au jour des contradictions historico-culturelles des systèmes étudiés.