ED Sciences de la Vie et de la Santé
Etude du microenvironnement bactérien dans le contexte de la carcinogenèse gastrique
par Marine JAUVAIN (BoRdeaux Institute of onCology)
Cette soutenance a lieu à 14h00 - Amphithéatre du Batiment BBS Campus Carreire - Batiment BBS 2, Rue du Dr Hoffmann Martinot 33000 Bordeaux
devant le jury composé de
- Emilie BESSEDE - Maîtresse de conférences - praticienne hospitalière - Université de Bordeaux - Directeur de these
- Eliette TOUATI - Directrice de recherche - Institut Pasteur - Rapporteur
- Christophe BURUCOA - Professeur des universités - praticien hospitalier - Université de Poitier - Rapporteur
- Tamara MATYSIAK-BUDNIK - Professeure des universités - praticienne hospitalière - Université de Nantes - Examinateur
- Raphaël ENAUD - Maître de conférences - praticien hospitalier - CHU de Bordeaux - Examinateur
Le cancer de l'estomac est aujourd'hui la 5ème cause de mortalité par cancer dans le monde et l'infection par la bactérie Helicobacter pylori constitue le facteur de risque principal puisque la bactérie colonise l'estomac de plus de 90% des patients atteints de cancer gastrique. H. pylori en favorisant l'instauration d'une inflammation chronique et en remodelant l'épithélium gastrique, par induction d'une transition épithélio-mésenchymateuse, participe à la carcinogenèse gastrique. Mais seulement 1% des patients infectés vont développer un cancer. En effet, il s'agit d'une maladie multifactorielle et les facteurs environnementaux, comprenant le microbiote digestif, peuvent influencer la survenue du cancer. Dans ce contexte, la question de l'utilisation de probiotiques pour la prévention du cancer de l'estomac constitue une piste de recherche intéressante. Le premier axe de cette thèse, porte sur l'étude de l'effet de souches candidates probiotiques de la famille des Lactobacillaceae, sur la carcinogenèse gastrique induite par H. pylori. Deux souches ont révélé un effet inhibiteur sur l'induction de la transition épithélio-mésenchymateuse, l'émergence de cellules aux propriétés de cellules souches cancéreuses et l'inflammation induite par H. pylori. Pour le second axe de cette thèse, le microbiote intratumoral dans le cancer de l'estomac a été étudié. En effet, des travaux récents ont montré que les tumeurs hébergeaient un microbiome présentant des caractéristiques spécifiques aux types de la tumeur. En ce qui concerne le cancer de l'estomac les connaissances sont à ce jour limitées. Pour cette étude, 24 tumeurs provenant de patients atteints de cancer de l'estomac et pris en charge par gastrectomie au CHU de Bordeaux ont été collectées dans le cadre de deux protocoles de recherches cliniques : FREGAT et MICROGAS. Pour 16 patients, le tissu non tumoral adjacent a également été collecté au moment de la chirurgie. Après extraction de l'ADN, le séquençage de l'ADN ribosomal 16S a été effectué et des analyses concernant la composition taxonomique, l'alpha diversité, la béta diversité et les fonctions métaboliques prédites ont été effectuées sur le pipeline d'analyse bioinformatique QIIME2. Le séquençage a révélé une présence bactérienne composée en partie de bactéries de la flore orale, également retrouvées habituellement dans le microbiote gastrique. Chez certains patients le microbiote intratumoral était largement dominé par H. pylori. Les analyses ont révélé une grande similarité avec le microbiote du tissu non tumoral adjacent mais présentant tout de même des différences significatives, notamment en terme de richesse et de composition taxonomique. Des analyses ont également été menées pour comparer la composition du microbiote intratumoral en fonction des caractéristiques histopathologiques des patients. Ces analyses ont révélé pour certains facteurs, comme le sexe, le type histologique de la classification de l'Organisation Mondiale de la Santé, le statut HER2 ou le protocole de chimiothérapie néoadjuvant utilisé, une signature bactérienne spécifique. Le caractère positif ou non à H. pylori présentait également un impact important sur la composition du microbiote intratumoral. Pour conclure, ce travail de thèse a permis dans un premier axe de montrer que certaines souches de Lactobacillus spp. présentent un effet inhibiteur sur la carcinogenèse gastrique induite par H. pylori et dans un second axe de déterminer la composition du microbiote intratumoral dans le cancer de l'estomac et d'identifier des signatures bactériennes spécifiques à certaines caractéristiques clinicopathologiques.
ED Sciences et environnements
Modélisation de l'effet des phénomènes de bypass sédimentaire sur l'évolution moyen à long terme du trait de côte
par Elsa DURAND (Environnements et Paléoenvironnements Océaniques et Continentaux)
Cette soutenance a lieu à 14h00 - Amphithéatre bâtiment B18 Bâtiment B18 3 Avenue du Dr Albert Schweitzer 33600 Pessac
devant le jury composé de
- Bruno CASTELLE - Professeur des universités - UMR CNRS EPOC/Université de Bordeaux - Directeur de these
- Marissa YATES - Chargée de recherche - Ecole des Ponts / Laboratoire d'Hydraulique Saint-Venant - Rapporteur
- Eric BARTHéLéMY - Professeur des universités - LEGI - UMR 5519/Grenoble INP/ENSE3 - Rapporteur
- Stéphane ABADIE - Professeur des universités - SIAME/UPPA - Examinateur
- Albert FALQUéS - Professeur des universités - UPC Universitat Politècnica de Catalunya - Examinateur
- Déborah IDIER - Ingénieure - BRGM - CoDirecteur de these
Sous l'effet des courants induits par les vagues, le sable peut contourner les obstacles rocheux naturels ou artificiels présents sur la plage via un phénomène nommé bypass sédimentaire. Le bypass joue un rôle clé dans l'évolution des plages, notamment les plages en baie délimitées par deux obstacles rocheux qui représentent environ la moitié des plages dans le monde. Pourtant, ce phénomène est souvent mal pris en compte dans les modèles d'évolution du trait de côte, voire absent. L'objectif de cette thèse est ainsi d'étendre le champ d'application du modèle à complexité réduite LX-Shore en y implémentant une paramétrisation du bypass sédimentaire. La nouvelle version du modèle, intégrant l'impact du bypass subaquatique, est testée sur une plage en baie idéalisée soumise à diverses conditions de vagues d'incidence variable. Les résultats montrent que la prise en compte du bypass impacte significativement la forme moyenne de la plage et la variabilité spatiale du trait de côte, notamment en termes de rotation, courbure et maximum d'érosion. Des applications sur des plages réelles présentant des épis rocheux (au Danemark et à Fréjus) ou un ouvrage de défense longitudinal (Lacanau) ont permis d'explorer l'influence du bypass à différentes échelles de temps : à l'échelle évènementielle, à l'échelle annuelle et à l'échelle pluri-décennale, sous l'effet de l'élévation du niveau marin. En intégrant pour la première fois une paramétrisation générique du bypass sédimentaire dans un modèle à complexité réduite, ces travaux contribuent à améliorer la compréhension et la modélisation de l'évolution du trait de côte en présence d'obstacles rocheux, offrant ainsi de nouvelles perspectives en termes de gestion des zones côtières.
L'expansion de l'agriculture biologique et la réduction de la consommation de produits animaux en Europe sont elles compatibles ? Une analyse globale basée sur le cycle de l'azote, l'usage des terres et les émissions de gaz à effet de serre
par Noélie BORGHINO (ISPA - Interaction Sol-Plante-Atmosphère)
Cette soutenance a lieu à 9h30 - Salla de conférence ISPA Centre INRAE Nouvelle Aquitaine - Bordeaux Batiment C1 (ISPA) 71 avenue Édouard Bourlaux CS 20032 33882 Villenave d'Ornon
devant le jury composé de
- Thomas NESME - Professeur - INRAE - Directeur de these
- Chantal LE MOUEL - Directrice de recherche - INRAE - Directeur de these
- Patrick MEYFROIDT - Professor - Université Catholique de Louvains - Rapporteur
- Pierre GERBER - Professor - Université de Wageningen / Banque Mondiale - Rapporteur
- Souhil HARCHAOUI - Chargé de recherche - INRAE - Examinateur
- Marie-Helene JEUFFROY - Directrice de recherche - INRAE - Examinateur
- Elin ROOS - Senior Lecturer - Swedish University of Agricultural Sciences - Examinateur
Faire face aux risques climatiques futurs requiert un changement profond des systèmes agroalimentaires. L'agriculture biologique (AB) et la transition vers des régimes alimentaires moins riches en produits animaux sont souvent présentés comme prometteurs pour atténuer les émissions de gaz à effet de serre (GES). Ces leviers sont promus par l'Union Européenne (UE), qui vise la neutralité climatique d'ici 2050. Cependant, certains craignent que l'expansion de l'AB n'entraîne des changements d'usage des terres – et des émissions de CO2 – pour compenser une plus faible productivité. L'objectif de l'UE de consacrer 25% de sa surface agricole à l'AB d'ici 2030 est donc critiqué, surtout de par des risques de délocalisation des émissions en raison de la mondialisation des échanges agricoles. De plus, les interactions entre végétalisation des régimes et développement de l'AB n'ont pas été suffisamment explorées. Une réduction de l'élevage, induite par une moindre demande en produits animaux, pourrait atténuer les besoins en terres de l'AB en libérant des surfaces dédiées à l'alimentation animale. Mais une moindre disponibilité en fumier pourrait nuire à la fertilisation azotée des cultures et aux rendements. Ceci pourrait remettre en cause le potentiel d'atténuation des GES, surtout en cas de forte réduction de la consommation de produits animaux, comme dans les régimes végétaliens. L'objectif de cette thèse est donc d'évaluer les effets combinés de ces deux leviers en Europe sur l'usage des terres et les émissions de GES, en tenant compte des effets relatifs au cycle de l'azote (N). Nous avons d'abord fait la revue des études ayant exploré les effets d'une expansion de l'AB avec une approche de modélisation. Nous avons montré que la prise en compte des effets de la disponibilité en N aggrave la baisse anticipée de la production agricole en AB. Ensuite, nous avons mobilisé le modèle GlobAgri, qui simule les besoins en terres cultivées et prairies permanentes à l'échelle de grandes régions en 2050, pour simuler l'adoption de régimes végétaliens en Europe, avec ou sans maintien d'une activité d'élevage destinée à l'exportation. Nos résultats montrent que les effets sur le bilan N des terres cultivées dépendent de l'ajustement de deux facteurs compensatoires : la diminution de la disponibilité en fumier, et la baisse des besoins en surfaces cultivées pour l'alimentation animale. Enfin, nous avons simulé des scenarios combinant des options cohérentes de régimes alimentaires plus végétalisés et de pratiques AB, en couplant deux modèles : i) GOANIM, qui simule les bilans azotés des terres cultivées AB, les rendements et les densités d'animaux et ii) une version adaptée de GlobAgri. Nous avons trouvé que l'expansion de l'AB entrainerait une augmentation des surfaces cultivées Européenne, en raison de rendements plus faibles et de changements de rotations. Cette augmentation permettrait à l'Europe de maintenir ses parts de marché, ce qui préviendrait l'augmentation des émissions dans le reste du monde. Dans un scenario sans changements de régime alimentaire, 25% de surfaces cultivées en AB augmenterait le bilan GES domestique de 10%. Dans des scenarios combinant des régimes alimentaires plus végétalisés à des pratiques agricoles AB plus en rupture, les émissions liées à l'expansion des surfaces cultivées seraient compensées par l'atténuation des besoins en terres et des émissions liées à l'élevage, jusqu'à 50% d'AB. Au-delà, la demande en terre pour maintenir les parts à l'exportation serait trop importante. Dans l'ensemble, notre travail contribue à améliorer la prise en compte des interactions complexes entre cultures, élevage, cycle de l'azote, commerce mondial et émissions de GES dans les modèles à large échelle. Il propose des pistes pour concilier efficacement l'expansion de l'AB et la végétalisation des régimes alimentaire.