Soutenances du 06-12-2024

ED Mathématiques et Informatique

• Le formalisme des micrograins pour le rendu de matériaux poreux

  par Simon LUCAS (LaBRI - Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique)

  Cette soutenance a lieu à 14h30 - Ada Lovelace 200 Av. de la Vieille Tour, 33405 Talence

  devant le jury composé de

  • Pascal BARLA - Chargé de recherche - INRIA Bordeaux - Directeur de these
  • Holly RUSHMEIER - Professeure - Yale University - Rapporteur
  • Nicolas HOLZSCHUCH - Directeur de recherche - INRIA Rhône-Alpes - Rapporteur
  • Romain PACANOWSKI - Chargé de recherche - INRIA Bordeaux - CoDirecteur de these
  • Lionel SIMONOT - Maître de conférences - Université de Poitiers - Examinateur
  • Daniel MENEVEAUX - Professeur - Université de Poitiers - Examinateur

  Résumé

  Cette thèse porte sur l'impact des structures microscopiques sur l'apparence des matériaux, avec une importance particulière donnée aux matériaux poreux. Nous avons premièrement évalué les modèles d'apparence grâce à des simulations du transport lumineux dans des aggrégats de sphères représentant un volume poreux. Nous avons remarqué qu'aucun modèle existant ne correspondait précisement aux simulations et que la majorité des erreurs proviennent des effets surfaciques. Cela nous a incité pour developper un modèle de reflectance bidirectionel (BSDF) spécialisé pour le rendu de couches poreuses, telles que celles que l'on trouve sur les surfaces recouvertes de terres, de poussières, de rouilles. Notre modèle étend la distribution Trowbridge-Reitz (GGX) pour gérer les pores entre des ellipsoides opaques, appelés micrograins, et introduit un taux de remplissage dépendant des directions d'observation et d'éclairement afin de mélanger l'apparance de couche poreuse et de la base. En tenant en compte des correlations entre hauteur et normales ainsi qu'entre l'éclairement et l'observation dans les termes de masquage et d'ombrage, notre modèle produit des effets réalistes difficilement réalisables précédement comme la rétro-réflexion et les corrélations entre couleurs et hauteurs visibles sur des matériaux réels. Afin d'améliorer l'efficacité des rendus, nous introduisons une méthode d'échantillonage par importance de la fonction de distribution des normales visibles (vNDF) des micrograins. Au travers de simulations, nous avons validé la précision de notre modèle. Nos travaux décrivent un formalisme complet pour le rendu de couches poreuses et ouvrent de nombreuses perspectives pour des travaux futurs.

• Stratégies pour la résolution de problèmes : un modèle de classification de comportements de résolution

  par Axel PALAUDE (LaBRI - Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique)

  Cette soutenance a lieu à 9h00 - Centre Broca Nouvelle Aquitaine, 3ème étage Institut des Maladies Neurodégénératives Université de Bordeaux 146, rue Léo Saignat 33076 Bordeaux Cedex

  devant le jury composé de

  • Thierry VIEVILLE - Directeur de recherche - Centre INRIA de l'Université de Bordeaux - Directeur de these
  • Yann SECQ - Maître de conférences - Université de Lille - Examinateur
  • Morgane CHEVALIER - Professeure des universités - Haute Ecole Pédagogique de Vaud - Examinateur
  • Gayo DIALLO - Professeur des universités - ISPED / Université de Bordeaux - Examinateur
  • Sophie MORLAIX - Professeure des universités - Université de Bourgogne - Rapporteur
  • Iza MARFISI - Maîtresse de conférences - Le Mans Université - Rapporteur

  Résumé

  La régulation de l'apprentissage est l'ensemble des compétences permettant de faciliter l'apprentissage. Cela inclut des compétences motivationnelles, émotionnelles, ainsi que des compétences de métacognition, comme le contrôle des objectifs et des stratégies d'apprentissage. Les situations d'apprentissage sont présentes au quotidien, et peuvent prendre la forme de problèmes ouverts, problèmes dont on ne connaît pas de solution ou bien de méthode pour y parvenir. La résolution de problème ouvert nécessite l'apprentissage des éléments inconnus, ce qui sollicite des compétences de régulation. Comprendre les stratégies employées par des apprenants pour résoudre des problèmes ouverts permet donc de mieux comprendre les processus de régulation et donc le processus d'apprentissage. Les processus de régulation peuvent être influencés et entraînés, et cette compréhension des processus pourrait mener, en plus, à des méthodes pédagogiques toujours plus adaptées. Cette thèse présente un modèle représentant le processus d'apprentissage d'un apprenant confronté à un problème ouvert, ainsi qu'une méthode permettant, à partir d'observations externes d'actions faites par des apprenants, de grouper des séquences de résolution de problème ouvert en fonction des stratégies employées. Les méthodes d'analyse ont recours à des algorithmes de regroupement utilisant l'alignement temporel comme mesure de la proximité entre des séquences de résolution de problèmes. Cet alignement temporel s'applique sur des données symboliques comparables grâce à une notion de métrique préalablement définie. Dans le cadre de petits jeux de données, une méthode de metaclustering est présentée à des fins de robustesse. Deux études de cas utilisent la méthode définie ici pour montrer les potentiels usages d'une telle méthode mais également en discuter ses limitations. La première, CreaCube, est l'étude d'une tâche créative de résolution de problème, dans laquelle nous essayons de cerner les processus de la créativité. La deuxième, Outer Wilds, essaye d'étendre l'analyse à des problèmes longs.

• Modélisation de l'aéro-élasticité en grandes transformations par couplage partitionné : application aux grandes éoliennes.

  par Caroline LE GUERN (IMB - Institut de Mathématiques de Bordeaux)

  Cette soutenance a lieu à 15h30 - AMPHI_SE-052 1-4 Av. du Bois Préau, 92852 Rueil-Malmaison

  devant le jury composé de

  • Michel BERGMANN - Professeur - Université de Bordeaux - Directeur de these
  • Axelle VIRé - Full professor - TU Delft - Examinateur
  • Matteo CAPALDO - Docteur - TotalEnergies - Examinateur
  • Angelo IOLLO - Professeur - Université de Bordeaux - Examinateur
  • Joris DEGROOTE - Full professor - Ghent University - Rapporteur
  • Niels SøRENSEN - Full professor - Technical University of Denmark - Rapporteur

  Résumé

  L'augmentation de la taille et de la complexité des éoliennes modernes, notamment celles installées en offshore, pose des défis importants pour leur modélisation aéroélastique. Ces éoliennes sont caractérisées par des pales longues, élancées et flexibles, qui les rendent susceptibles de se déformer sous l'effet de charges aérodynamiques variables. Cette flexibilité induit des conditions d'écoulement instationnaires dues aux mouvements des pales. Le comportement aérodynamique des éoliennes est souvent modélisé à l'aide de la théorie Blade Element Momentum (BEM), qui est efficace en termes de temps de calcul mais considérée comme une méthode de basse fidélité, nécessitant des corrections empiriques pour prendre en compte les conditions instationnaires. Dans cette thèse, une approche de fidélité intermédiaire, la méthode Free Vortex Wake (FVW), est choisie pour les simulations aéroélastiques. Contrairement à la BEM, la méthode FVW prend directement en compte des phénomènes complexes tels que les écoulements non uniformes, le comportement instationnaire des éléments de pales, et les interactions entre les pales et le sillage, permettant une représentation plus précise des forces aérodynamiques. Cependant, en raison de ses temps de calculs élevés, la méthode FVW n'est pas encore adaptée en tant qu'outil de conception pratique comparée à l'approche plus efficace de la BEM. Pour optimiser l'utilisation des méthodes FVW dans les simulations aéroélastiques, ce travail analyse différentes techniques de couplage partitionné. La modélisation aéroélastique des éoliennes est ici effectuée en couplant un solveur structure d'éléments finis (FE) avec un solveur FVW en utilisant des approches de couplage partitionné telles que le schéma Conventional Serial Staggered (CSS) et une technique de sous-cyclage. Le schéma CSS permet à chaque solveur de résoudre le problème relatif à sa physique de manière indépendante et d'échanger des données à chaque pas de temps, mais il peut devenir contraignant lorsque des discrétisations temporelles différentes sont nécessaires pour les solveurs fluides et structure. En revanche, la technique de sous-cyclage permet à chaque solveur d'utiliser des pas de temps différents, avec un échange de données ne se produisant qu'aux intervalles du plus grand pas de temps, offrant ainsi une approche plus flexible. Ce travail compare ces techniques de couplage sur différents problèmes modèles afin d'évaluer leur précision, stabilité et coût de calcul dans diverses conditions. Tout d'abord, un problème linéaire simplifié est utilisé, dans lequel une équation d'oscillateur structurel est couplée à la dynamique du sillage modélisée par une équation de Van der Pol. Cela permet une première évaluation des propriétés numériques de chaque méthode de couplage. Ensuite, un problème de "pitch-heave" plus complexe est introduit, en utilisant un modèle simplifié par éléments finis pour la structure et un code FVW basé sur la théorie de la ligne portante à discrétisation en filament pour l'aérodynamique. Ce code Python a été spécifiquement implémenté pour cette thèse, offrant un outil simplifié pour modéliser des problèmes aérodynamiques ou d'interactions fluide-structure. Enfin, ces approches de couplage partitionné ont été implémentées dans un outil de modélisation aéro-servo-élastique avancé pour analyser leurs effets sur un modèle d'éolienne de grande échelle. L'analyse montre comment les différentes méthodes de couplage influencent l'efficacité des simulations aéroélastiques, démontrant que le sous-cyclage peut réduire significativement les temps de calcul tout en préservant la précision lors de l'utilisation des méthodes FVW pour la modélisation aérodynamique.

• Contrôle optimal stochastique et application à la trajectographie passive

  par Romain NAMYST (IMB - Institut de Mathématiques de Bordeaux)

  Cette soutenance a lieu à h00 - Salle 1 351, cours de la Libération 33405 Talence Institut de Mathématiques de Bordeaux

  devant le jury composé de

  • François DUFOUR - Professeur des universités - Bordeaux INP - Directeur de these
  • Antoine GRALL - Professeur des universités - Université de Technologie de Troyes - Rapporteur
  • Benoîte DE SAPORTA - Professeur des universités - Université de Montpellier - Rapporteur
  • Dann LANEUVILLE - Ingénieur de recherche - Naval Group - Examinateur
  • Audrey GIREMUS - Professeure des universités - Université de Bordeaux - Examinateur
  • Alexandre GENADOT - Maître de conférences - Université de Bordeaux - CoDirecteur de these

  Résumé

  L'objectif de cette thèse est d'étudier des problèmes de contrôle optimal dans un cadre partiellement observé en temps discret. On s'intéresse plus particulièrement au problème de commande optimal stochastique pour l'estimation de la position d'une cible sous-marine à partir de mesures bruitées venant d'un capteur que possède un observateur sous-marin. On se propose d'utiliser le formalisme des Processus de Décision Markoviens (PDMs) qui constituent une famille de processus contrôlés particulièrement bien adaptés pour la modélisation de problèmes d'optimisation stochastique séquentiel. D'un point de vue théorique, les PDMs ont été étudiés de façon très intensive dans la littérature. Il existe de nombreuses techniques permettant par exemple d'établir des résultats théoriques montrant l'existence de stratégies optimales ou caractérisant les propriétés de la fonction valeur. Ces techniques sont centrées autour de la programmation dynamique et de la programmation linéaire. Il faut cependant souligner le fait que de telles approches ne permettent d'obtenir ni des solutions explicites (excepté pour des cas très spécifiques) ni des approximations de ces solutions optimales en particulier dans le cadre d'observations partielles et bruitées. Cette thèse se focalisera sur le développement de nouvelles approches théoriques/numériques de techniques d'approximation pour résoudre des PDMs partiellement observés, l'analyse de la problématique de localisation et de poursuite dans le plan et dans un contexte d'observations angulaires, l'analyse de la convergence des schémas d'approximation proposés et sur l'implémentation d'un algorithme pour la résolution de la problématique décrite plus en début de paragraphe.

• Simulations numériques standardisées de dispositifs de stimulation électrique cardiaque

  par Valentin PANNETIER (IMB - Institut de Mathématiques de Bordeaux)

  Cette soutenance a lieu à 10h00 - Salle de conférences Salle de conférence Institut de Mathématiques de Bordeaux UMR 5251 Université de Bordeaux 351, cours de la Libération - F 33 405 TALENCE

  devant le jury composé de

  • Yves COUDIÈRE - Professeur des universités - Université de Bordeaux - Directeur de these
  • Chloé AUDEBERT - Maîtresse de conférences - Sorbonne Université - Examinateur
  • Christèle ETCHEGARAY - Chargée de recherche - Centre Inria de l'université de Bordeaux - Examinateur
  • Stéphanie SALMON - Professeure des universités - Université de Reims - Examinateur
  • Olivier BERNUS - Professeur des universités - Université de Bordeaux - Examinateur
  • Romano SETZU - Docteur - MicroPort CRM - Examinateur
  • Marcela SZOPOS - Professeure des universités - Université Paris Cité - Rapporteur
  • Youcef MAMMERI - Professeur des universités - Université Jean Monnet - Rapporteur

  Résumé

  Les maladies cardiovasculaires représentent la principale cause de mortalité dans le monde, responsables d'environ 32% des décès en 2019 selon l'Organisation mondiale de la santé (OMS). Face à ces pathologies, la recherche médicale progresse continuellement pour développer des traitements et des dispositifs toujours plus performants. Parmi ces innovations, les stimulateurs cardiaques implantables jouent un rôle crucial dans le traitement des troubles du rythme cardiaque, en intervenant directement sur le coeur en cas de dysfonctionnement. Cependant, malgré leur importance, le développement de ces technologies reste lent et coûteux. Il faut souvent près d'une décennie entre la conception d'un prototype et sa mise sur le marché, ce qui retarde leur impact sur les vies humaines. Cette thèse s'inscrit dans le cadre du projet européen collaboratif SimCardioTest (EU H2020), dont l'objectif est d'accélérer l'adoption d'outils numériques pour la certification de médicaments et de dispositifs médicaux, tels que les stimulateurs cardiaques implantables. L'un des objectifs principaux du projet est d'intégrer les simulations numériques sous la forme d'essais cliniques in silico dans le processus de certification, afin de rendre ce dernier plus rapide à l'aide d'une plateforme web standardisée. Au cours de cette thèse, plusieurs modèles mathématiques ont été développés et analysés, allant de modèles génériques tridimensionnels à des modèles simplifiés sans dimension spatiale. Tous ces modèles comprennent un circuit électrique inspiré d'un stimulateur cardiaque commercial, des modèles de contacts reproduisant les couches ioniques à la surface des électrodes sous forme de circuits électriques équivalents, ainsi que des modèles de tissu cardiaque avec ou sans propagation spatiale de potentiels d'action cardiaque. La crédibilité de ces modèles est évaluée par des comparaisons avec des expérimentations animales menées durant la thèse, dans le but de démontrer leur capacité à reproduire des stimulations cardiaques réalistes. Ces comparaisons reposent principalement sur les tensions mesurées par les stimulateurs cardiaques et sur l'étude des courbes de seuil, aussi appelées courbes de Lapicque. Ces courbes, largement utilisées en clinique pour ajuster les stimulateurs, établissent la relation entre la durée et l'amplitude de la stimulation nécessaires pour provoquer une contraction cardiaque efficace. Elles permettent en particulier d'optimiser, en personnalisant individuellement, les réglages des stimulateurs, et ainsi de minimiser la consommation d'énergie, maximiser la durée de vie du dispositif, et ainsi améliorer le confort de vie des patients. L'adoption de modèles simplifiés sans dimension constitue une étape stratégique importante de cette thèse. Contrairement aux modèles spatiaux, très coûteux à résoudre numériquement, ces modèles sont plus simples à résoudre et ils ont permis de réaliser plusieurs études paramétriques, notamment pour effectuer une calibration à partir des données expérimentales. Des études supplémentaires de sensibilité, locales et globales, ont également été menées afin d'analyser l'influence et la pertinence des paramètres dans les modèles développés.

ED Sciences Chimiques

• Nanoparticules Organiques Fluorescentes et Fonctionnelles pour le Diagnostic et la Bioimagerie

  par Ophélie DAL PRA (Institut des Sciences Moléculaires)

  Cette soutenance a lieu à 14h00 - Salle de conférence, 3ème étage EST Batiment A12 Institut des Sciences Moléculaires Bâtiment A12 — 351 Cours de la Libération 33405 TALENCE cedex

  devant le jury composé de

  • Gilles CLAVIER - Directeur de recherche - ENS Paris-Saclay - Rapporteur
  • Andreas REISCH - Maître de conférences - Université de Strasbourg - Rapporteur
  • Suzanne FERY-FORGUES - Directrice de recherche - Université Toulouse III - Paul Sabatier - Examinateur
  • Morgane ROSENDALE - Chargée de recherche - Université de Bordeaux - Examinateur
  • Jean-Baptiste VERLHAC - Professeur des universités - Université de Bordeaux - Examinateur

  Résumé

  Grâce à leur brillance et leur photostabilité élevées, les nanoparticules fluorescentes constituent une alternative prometteuse aux fluorophores organiques, en particulier dans des domaines tels que l'imagerie biomédicale et les biosenseurs. Parmi les nanoparticules fluorescentes les plus largement exploitées pour ces applications figurent les Quantum Dots, ainsi que les nanoparticules de silice ou de polymères, dopées avec des luminophores. Une alternative à ces objets est l'utilisation de nanoparticules organiques fluorescentes (dFONs) obtenues par nanoprécipitation de fluorophores hydrophobes dédiés dans l'eau. De par la forte concentration en fluorophores au cœur des dFONs, celles-ci peuvent présenter des brillances exceptionnelles. Leur technique de fabrication est très simple à mettre en œuvre et a l'avantage de pouvoir être utilisée avec une large variété de chromophores, permettant ainsi de moduler leurs longueurs d'onde d'absorption et d'émission de fluorescence. Toutefois, le défi de ces dFONs réside dans la mise au point de méthodes efficaces et robustes de fonctionnalisation, ce qui permettrait leur utilisation comme biomarqueur ou biosenseur. Les travaux présentés dans cette thèse portent sur l'élaboration de nouvelles structures de colorants fonctionnels et sur la fabrication de nanoparticules organiques réactives en surface, utilisées en bioimagerie. Une première partie concerne la synthèse et la caractérisation d'un nouveau colorant portant des fonctions maléimides. Les dFONs obtenues à partir de ce colorant sont réactives aux thiols, et ont pu être utilisées comme senseurs de glutathion intracellulaire émettant dans le bleu et excitables à 1 ou 2 photons. La fonctionnalisation de surface covalente de ces dFONs par différentes biomolécules thiolées est ensuite présentée dans le cadre d'une preuve de concept. Par ailleurs, des études sur des chromophores modèles non fonctionnalisés ont été réalisées pour mieux comprendre l'impact de la modification structurale des colorants sur les propriétés photophysiques des dFONs résultantes, ainsi que sur leur comportement en milieu cellulaire. La limitation de ce premier colorant étant sa longueur d'onde d'émission dans le bleu, peu adaptée aux tissus biologiques, les sections suivantes présentent des colorants émetteurs rouges dont la synthèse est modulable et permettant d'y introduire des fonctions réactives. Il a notamment été montré que ces nouvelles dFONs rouges peuvent s'internaliser dans des cellules eucaryotes, pour en particulier imager (sous excitation à 1 et 2 photons) les gouttelettes lipidiques.

• Recherches sur les précurseurs des marqueurs moléculaires des arômes « fruits cuits » des raisins rouges de Vitis Vinifera

  par Dalila LAMLIJI (Institut des Sciences Moléculaires)

  Cette soutenance a lieu à 14h00 - Amphithéâtre G Bâtiment Licence - A29 Amphithéâtre G Université de Bordeaux - Campus Talence 33400 Talence

  devant le jury composé de

  • Svitlana SHINKARUK-POIX - Ingénieure de recherche - Bordeaux Sciences Agro - Directeur de these
  • Florine CAVELIER - Directrice de recherche - Institut des Biomolécules Max Mousseron UMR 5247 IBMM - Rapporteur
  • Chrystel LOPIN-BON - Professeur des universités - Université d'Orléans - ICOA UMR 7311 - Rapporteur
  • Jean-Christophe BARBE - Professeur des universités - BORDEAUX SCIENCES AGRO - Examinateur

  Résumé

  La qualité aromatique d'un vin, intimement liée à la présence de composés volatils, est influencée par de multiples facteurs, notamment la variété des raisins, leur maturité, les méthodes de vinification et les conditions climatiques. Le plus souvent, ces composés sont retrouvés dans le raisin sous forme liée (précurseur) et par conséquent non-odorante. Parmi les arômes notables associés aux raisins surmûris, les nuances de « fruits cuits » (pruneau, figue) sont particulièrement sensibles aux effets du changement climatique, notamment dans les régions viticoles comme Bordeaux. Ce travail de thèse vise à élucider l'origine des composés responsables des arômes de « fruits cuits » des vins rouges, tels que le furanéol à odeur de caramel (4-hydroxy-2,5-diméthyl-3(2H)-furanone) et la 3-méthyl-2,4-nonanedione (MND) rappelant le noyau de pruneau. Sur la base de la littérature et d'expériences préliminaires, nous avons émis l'hypothèse de l'existence de précurseurs et de proprécurseurs glucosylés et élaboré une stratégie pour les identifier dans les raisins et les vins. Cette recherche a été étendue à deux autres furanones d'intérêt œnologique, le sotolon (3-hydroxy-4,5-diméthylfuran-2(5H)-one) et l'abhexon (2-hydroxy-5-méthyl-3-hexanone). Cette démarche s'articule autour de deux approches complémentaires. La première consiste à synthétiser des standards glucosylés des composés d'intérêt, en tenant compte de leur stéréochimie. Plusieurs stratégies d'O-glucosidation ont été optimisées à partir de trois donneurs de glucose différents. Diverses méthodes de déprotection ont été expérimentées, suivies d'un processus de purification multi-étapes impliquant l'utilisation de la chromatographie sur silice et de la chromatographie liquide à haute performance (HPLC). L'ensemble des composés synthétisés a ensuite été caractérisé par résonance magnétique nucléaire (RMN) pour identifier les isomères formés, et par spectrométrie de masse à haute résolution (HRMS). L'optimisation des conditions d'analyse en LC-MS/MS et HRMS de vins, moûts et baies de raisins rouges de différents cépages (Merlot, Cabernet Sauvignon et Grenache) a permis de valider pour la première fois l'existence du précurseur glucosylé du furanéol sous sa forme β dans des matrices œnologiques. La seconde stratégie repose sur l'utilisation d'enzymes glucosidases immobilisées sur des nanoparticules magnétiques γ-Fe₂O₃/polymère de type « cœur-écorce », afin de libérer les arômes volatils à partir de leurs formes liées. Les nanoparticules biofonctionnalisées ont été caractérisées par microscopie électronique à transmission (TEM) et spectroscopie infrarouge à réflexion diffuse (DRIFT), et l'activité enzymatique des glucosidases greffées a été testée dans des solutions modèles de moût et de vin. Les résultats préliminaires montrent que les β-glucosidases immobilisées conservent une bonne activité, tandis que l'efficacité des α-glucosidases diminue dans les conditions œnologiques, ce qui nécessite des optimisations supplémentaires. Ces résultats ouvrent la voie à des recherches approfondies sur la présence de composés glycosylés dans les moûts et les vins, visant à mieux comprendre leur formation et, à terme, optimiser le niveau de maturité des raisins et l'aptitude de vieillissement des vins rouges.

• Échange hydrogène-deutérium couplé à la spectrométrie de masse native des acides nucléiques

  par Matthieu RANZ (Acides nucléiques : Régulations Naturelles et Artificielles)

  Cette soutenance a lieu à 14h00 - Amphithéâtre Bâtiment Bordeaux Biologie Santé (RDC) Bâtiment Bordeaux Biologie Santé, 2 rue du Dr Hoffman Martinot, 33000 Bordeaux

  devant le jury composé de

  • ERIC LARGY - Maître de conférences - Université de Bordeaux - Directeur de these
  • Emmanuelle LEIZE-WAGNER - Directrice de recherche - Unversité de Strasbourg - Rapporteur
  • Brahim HEDDI - Chargé de recherche - Laboratoire de biologie et pharmacologie appliquée (LBPA) - Rapporteur
  • Jean-Louis MERGNY - Directeur de recherche - LABORATOIRE D'OPTIQUE ET BIOSCIENCES - Examinateur
  • Cherine BECHARA - Professeure - Université de Montpellier - Examinateur
  • Karen GAUDIN - Professeure - Univeristé de Bordeaux - Examinateur
  • Julien MARCOUX - Directeur de recherche - IPBS-Toulouse - Examinateur

  Résumé

  Les oligonucléotides d'ADN riches en guanines peuvent former des structures secondaires non-canoniques appelées G-quadruplexes (G4). Ces structures sont constituées d'empilements de G-tétrades, des assemblages composés de 4 guanines liées entre elles par un réseau de 8 liaisons hydrogène et stabilisées par des interactions avec un cation métallique (généralement K+ ou Na+). Les G4s sont impliqués dans la régulation de plusieurs processus biologiques, particulièrement au sein des télomères et des promoteurs d'oncogène, et sont considérés comme des cibles thérapeutiques ayant une structure très distincte de la double hélice canonique. Les méthodes de caractérisation structurale à haute résolution ne permettent généralement que la caractérisation de conformères uniques. Cependant, les G4s adoptent souvent plusieurs conformations en équilibre dynamique. Pour y remédier, nous utilisons ici l'échange hydrogène-deutérium couplé à la spectrométrie de masse (HDX/MS). Cette technique, déjà employée pour la caractérisation de protéines, a été récemment adaptée pour l'étude des oligonucléotides d'ADN. L'HDX se base sur l'échange de protons de fonctions amino et imino des G4s avec des deutérons du solvant, ce qui peut être quantifié par MS. Leur vitesse d'échange dépend de l'implication des protons dans des liaisons H, et leur protection au solvant et donc de la structure de l'oligonucléotide. Nous couplons ici l'HDX à la spectrométrie de masse native, ce qui permet d'étudier simultanément des complexes non-covalents résolus en masse. L'objectif de cette thèse est de développer, comprendre et exploiter la technique d'HDX/MS native pour l'étude des G4s. Cette approche s'articule en cinq parties. La première présente les méthodes et outils permettant l'interprétation des résultats d'HDX/MS native appliqué aux G4s. Elle a notamment permis de démontrer que les cinétiques d'échange reflètent un nombre de G-tétrades précis et que les vitesses d'échanges sont proportionnelles à la stabilité des oligonucléotides en solution. L'étude des distributions isotopiques pendant l'échange donne également des informations sur la vitesse de déstructuration, permettant de détecter des formes peu ou pas structurées et invisibles par d'autres méthodes. Dans la deuxième partie nous avons établi l'influence de paramètres fondamentaux (pH, température, cation, force ionique) sur les cinétiques d'échanges mesurées. Ensuite, en couplant l'HDX à la spectrométrie de masse à mobilité ionique dans la troisième partie, nous avons caractérisé la dynamique structurale de complexes non-covalents de même masse, notamment ceux formés par la séquence télomérique humaine. Dans la quatrième partie nous avons appliqué ces développements méthodologiques à l'étude de complexes de G4s avec de petites molécules/peptide. Nous avons pu établir un lien entre les modes d'interactions et les cinétiques HDX/MS mesurées simultanément sur des complexes de différentes stœchiométries, avec en parallèle une mesure de l'affinité (KD). Une cinquième partie, plus exploratoire, a permis d'examiner l'impact structural des nucléotides en 5' et 3' sur une séquence télomérique de longueur fixe. L'HDX a été inclus dans une approche analytique multi-technique qui nous a permis d'identifier un possible nouveau conformère. L'association de l'HDX/MS natif avec d'autres techniques classiques est donc prometteuse et pourrait permettre la caractérisation de systèmes plus complexes (complexes ADN/protéines, mARNs).

• Copolysaccharides à blocs linéaires de chitosane et de dextrane pour la délivrance d'acides nucléiques

  par Elise COURTECUISSE (Laboratoire de Chimie des Polymères Organiques)

  Cette soutenance a lieu à 9h30 - Amphi 1 Bâtiment A 16 Avenue Pey Berland 33600 Pessac

  devant le jury composé de

  • Christophe SCHATZ - Maître de conférences - Bordeaux INP - Directeur de these
  • Alexandra MONTEMBAULT - Professeure - Université Claude Bernard Lyon 1 - Rapporteur
  • Luc PICTON - Professeur - Université de Rouen - Rapporteur
  • Lourdes Mónica BRAVO-ANAYA - Chargée de recherche - CNRS - Examinateur
  • Chantal PICHON - Professeure - Université d'Orléans - Examinateur
  • Gilles JOUCLA - Maître de conférences - Bordeaux INP - Examinateur
  • Bertrand GARBAY - Professeur - Bordeaux INP - Examinateur
  • Bjørn E. CHRISTENSEN - Professeur - Norwegian University of Science and Technology - Examinateur

  Résumé

  Le chitosane, seul polysaccharide chargé positivement en milieu acide, peut former des complexes polyélectrolytes avec des molécules chargées négativement. Cette propriété en fait un candidat prometteur pour la conception de systèmes non viraux de délivrance d'acides nucléiques. Cependant, à pH physiologique, son faible degré de protonation le rend insoluble, favorisant l'agrégation et la précipitation des complexes. Les modifications chimiques du chitosane affectent son intégrité et, dans certains cas, compromettent ses capacités de complexation. Cette étude propose deux stratégies pour stabiliser les complexes formés entre le chitosane et l'ADN. La première approche repose sur l'utilisation de copolymères à blocs linéaires chitosane-b-dextrane. Par son caractère hydrophile et sa capacité à limiter l'agrégation, le dextrane améliore la solubilité et la dispersion des complexes en milieu aqueux. L'intégrité du chitosane est préservée par l'utilisation d'une diamine comme agent de couplage, permettant la liaison des blocs polysaccharides par leurs extrémités réductrices. Parmi les diamines commerciales testées, l'O,O'-1,3-propanediylbishydroxylamine (PDHA) a été préférée en raison de la stabilité des liaisons oximes formées, permettant de s'affranchir de l'étape de réduction. La seconde approche combine l'acétylation du chitosane à l'ajout d'ions zinc dans les complexes formés avec l'ADN. Des degrés d'acétylation supérieurs à 40%, associés au zinc, formant des liaisons de coordination avec le chitosane et l'ADN, ont permis l'obtention de complexes particulièrement stables en conditions physiologiques. Ces deux stratégies ont été évaluées par des tests de transfection du plasmide eGFP sur des cellules HEK 293. Bien que l'expression de la protéine fluorescente soit inférieure à celle obtenue avec un agent de transfection commercial comme la PEI, l'ajout d'un bloc de dextrane a significativement amélioré les taux de transfection comparé au chitosane seul.

ED Droit

• Les droits et libertés fondamentaux de l'employeur

  par Pauline FLEURY (COMPTRASEC - Centre de Droit Comparé de Travail et de la Sécurité Sociale)

  Cette soutenance a lieu à 14h00 - Salle des thèses 16 avenue Léon Duguit, 33600 PESSAC

  devant le jury composé de

  • Gilles AUZERO - Professeur des universités - Université de Bordeaux - Directeur de these
  • Elsa PESKINE - Professeure des universités - Université Paris Nanterre - Rapporteur
  • Alexandre FABRE - Professeur des universités - Université Paris 1 Panthéon Sorbonne - Rapporteur
  • Véronique CHAMPEIL-DESPLATS - Professeure des universités - Université Paris Nanterre - Examinateur
  • Christophe RADE - Professeur des universités - Université de Bordeaux - Examinateur

  Résumé

  L'étude de l'incidence des droits et libertés fondamentaux sur le droit du travail est loin d'être nouvelle. Nombreux sont les travaux qui ont brillamment étudié l'apport des droits et libertés fondamentaux à la protection des salariés. En revanche, l'étude des droits fondamentaux de l'employeur n'avait, jusqu'alors, pas reçu le même intérêt. Il faut dire que l'employeur n'est pas le sujet premier de tels droits : titulaire d'un pouvoir à l'égard d'autrui et souvent incarné par une personne morale, il diffère en tous points de la figure de l'Homme opprimé réclamant la protection de ses droits et libertés élémentaires. La thèse propose toutefois de démontrer que l'employeur, quelle que soit sa forme juridique, est bien titulaire de droits et libertés fondamentaux, lesquels peuvent avoir une incidence certaine sur la relation de travail. Invoqués de manière verticale à l'encontre des pouvoirs publics, ces droits contribuent à une remise en question du droit du travail, au nom d'impératifs économiques. En revanche, invoqués de manière horizontale, soit à l'encontre des salariés, soit à l'encontre d'autres acteurs tels que les syndicats ou les caisses de sécurité sociale, les droits fondamentaux de l'employeur peinent à s'imposer. Finalement, l'étude met en lumière la soumission croissante du droit du travail à la logique des droits fondamentaux. Un travail de conciliation permanent entre les droits et libertés de chaque partie au contrat s'impose désormais, renforçant le rôle des juges. C'est également la logique même des droits et libertés fondamentaux qui se trouve affectée par ces évolutions. Ne préservant plus seulement les individus contre les dérives du pouvoir, ces droits se trouvent également mobilisés par de puissants opérateurs économiques, au service d'un renforcement de leur pouvoir.

• Essai critique sur le droit de rétention : plaidoyer pour une réforme en droit OHADA

  par Ismael GUINDO (INSTITUT DE RECHERCHE EN DROIT DES AFFAIRES ET DU PATRIMOINE)

  Cette soutenance a lieu à 14h00 - Manon Cormier 16 Avenue Léon Duguit, 33600 Pessac

  devant le jury composé de

  • Denis POHE-TOKPA - Maître de conférences - Université de Bordeaux - Directeur de these
  • Moussa THIOYE - Professeur des universités - Université Toulouse Capitole - Rapporteur
  • Yodé Jean-Didier KAKALY - Professeur des universités - Université Alassane Ouattara - Rapporteur
  • Bernard SAINTOURENS - Professeur émérite - Université de Bordeaux - Examinateur

  Résumé

  Dans une vision d'attractivité et de compétitivité dans la vie des affaires, le droit OHADA se veut être un instrument de sécurité juridique afin d'attirer les investisseurs étrangers et permettre un dynamisme des investissements nationaux. Cependant, les espoirs suscités par ce système juridique sont loin d'être consolidés. Le bilan de l'OHADA reste mitigé après plus de 30 ans d'existence. Au vu de ce constat et par le prisme du droit des sûretés, il nous est loisible de poser des interrogations sur la capacité du droit OHADA à apporter les garanties suffisantes dans les rapports entre créancier et débiteur. Le cas particulier du droit de rétention dont l'efficacité est compromise du fait de son approche inadéquate est un indicateur sur la nécessité d'une approche nouvelle du droit des sûretés dans sa globalité. Ne faudrait-il pas repenser l'ossature et la structuration du droit des sûretés en droit africain ? La présente étude propose une approche qui priorise les réalités de l'environnement juridique de l'OHADA afin de parvenir à une refonte profonde qui redonnera au droit OHADA la place qu'il se doit de tenir face aux défis économiques de son espace.

• L'évolution de la coopération en matière de défense en Europe. Recherche sur une méthode révélatrice de la spécificité de l'Union Européenne.

  par Anne-Hélène BERTANA (CENTRE DE RECHERCHES ET DE DOCUMENTATION EUROPÉENNES ET INTERNATIONALES)

  Cette soutenance a lieu à 14h00 - 1K Pôle juridique et judiciaire de l'université de Bordeaux 35 place Pey-Berland 33000 Bordeaux

  devant le jury composé de

  • Anne-Marie TOURNEPICHE - Professeur des universités - Université de Bordeaux - Directeur de these
  • Elsa BERNARD - Professeur des universités - Université de Lillle - Rapporteur
  • Didier BLANC - Professeur des universités - Université Toulouse Capitole - Rapporteur
  • Nabli BELIGH - Professeur des universités - Université Paris Est Créteil - Examinateur
  • Olivier DUBOS - Professeur des universités - Université de Bordeaux - Examinateur

  Résumé

  La coopération en matière de défense de l'UE, avec sa possible évolution en une défense commune, est singulière. Tout d'abord, elle concerne un domaine régalien, dans lequel les États limitent habituellement leurs engagements juridiques. Son fonctionnement est donc intergouvernemental, alors que la plupart des politiques de l'Union relèvent de la méthode d'intégration. Cette coopération est influencée par l'échec de la CED, les résultats mitigés de l'UEO et la coexistence avec l'OTAN. Cependant, son inscription dans l'ordre juridique de l'UE la différencie de ces autres coopérations de défense, puisqu'elle est associée à son processus d'intégration. Dès lors, elle s'ancre par des fondements juridiques inédits, dont le caractère évolutif permet d'intensifier progressivement la coopération, vers un passage à la méthode d'intégration. De surcroît, les instruments de l'UE favorisent ce processus. L'insertion de la coopération en matière de défense dans une organisation internationale d'intégration permet ainsi une approche globale des questions de sécurité et de défense, en lien avec d'autres politiques utiles pour répondre aux enjeux sécuritaires. Les différents organes et institutions supranationales de l'Union favorisent donc le développement de la coopération en matière de défense et l'instauration d'une défense commune. En définitive, des éléments de la méthode d'intégration classique de l'Union irriguent progressivement le fonctionnement intergouvernemental de la coopération en matière de défense. Néanmoins, l'aboutissement de ce processus reste dépendant des choix politiques, relatifs non seulement aux modalités de fonctionnement de l'Union, dont la transformation est nécessaire pour aboutir à l'intégration, mais également aux relations avec l'OTAN. Ainsi, l'évolution des méthodes d'élaboration et d'exercice de la politique de défense est révélatrice du dynamisme spécifique de l'UE, et apparaît comme une réponse institutionnelle et juridique aux enjeux soulevés par la coopération en matière de défense en Europe.

ED Sciences de la Vie et de la Santé

• Caractérisation d'une phospholipase patatin-like impliquée dans la biologie des gouttelettes lipidiques chez Trypanosoma brucei

  par Perrine HERVE (Microbiologie fondamentale et Pathogénicité)

  Cette soutenance a lieu à 10h00 - Amphithéâtre BBS Bâtiment BBS 2 Rue du Dr Hoffmann Martinot 33000 Bordeaux

  devant le jury composé de

  • Loïc RIVIERE - Professeur des universités - Université de Bordeaux - Directeur de these
  • Catherine JACKSON - Directrice de recherche - Université Paris Cité - Rapporteur
  • Rachel CERDAN - Professeure des universités - Université de Montpellier - Rapporteur
  • Maude LEVEQUE - Maîtresse de conférences - praticienne hospitalière - Université de Montpellier - Examinateur
  • Sébastien MONGRAND - Directeur de recherche - Université de Bordeaux - Examinateur

  Résumé

  Les trypanosomes africains sont des parasites protozoaires flagellés responsables de maladies mortelles chez l'Homme (Trypanosomiase humaine africaine ou maladie du sommeil) et les animaux (Trypanosomiase animale africaine ou Nagana). Trypanosoma brucei représente l'organisme modèle de l'étude de ces pathogènes. Ce parasite alterne entre un hôte mammifère et un insecte diptère hématophage assurant la transmission vectorielle, la mouche tsétsé, retrouvée uniquement en Afrique Subsaharienne. Lors de cette évolution cyclique, le pathogène doit traverser différents tissus (peau, tissu sanguin et lymphatiques, tissu adipeux chez les mammifères ; tractus digestif, glandes salivaires chez l'insecte), et montre ainsi de grandes capacités d'adaptations à ces différents milieux. Pour pouvoir compléter ce cycle et s'adapter à ses différents hôtes, T. brucei est capable de modifier rapidement sa morphologie et son métabolisme. Dans ces conditions, la mobilisation et l'utilisation de lipides est particulièrement essentielle à la survie de ces parasites. Ces molécules entrent dans de nombreux processus cellulaires très variés, incluant le maintien et le renouvellement des membranes cellulaires (constituées de phospholipides), le métabolisme énergétique, les voies de signalisation cellulaire et la régulation de l'expression des gènes. Une telle mobilisation dans les cellules est permise grâce à un compartiment hautement dynamique appelé gouttelettes lipidiques. Cet organite atypique entouré d'une monocouche de phospholipides forme une plateforme métabolique cellulaire et représente un intérêt grandissant chez l'Homme par ses rôles potentiels dans les maladies métaboliques et neurodégénératives ou les cancers. Chez les parasites protozoaires, l'étude très récente de ces organites montre des rôles dans la survie et la virulence chez l'hôte mammifère. Le projet de cette thèse visait à identifier et caractériser de nouvelles protéines liées aux gouttelettes lipidiques de T. brucei pour comprendre leur fonction chez le parasite. Nous avons découvert une nouvelle phospholipase dite patatin-like que nous avons appelé TbPat. Nous avons montré par différentes techniques d'imagerie que TbPat est retrouvée à la surface des gouttelettes lipidiques du parasite. L'expression de cette protéine est fortement régulée par le parasite et répond notamment à des signaux de formation de nouvelles gouttelettes lipidiques, comme l'oléate, montrant l'implication de cette protéine dans la dynamique du compartiment. La surexpression et délétion de la protéine impacte significativement la taille et le nombre de gouttelettes chez les parasites, associé à un remodelage de leur profil lipidique. Enfin, des expériences de mutagénèse dirigée couplées à des analyses de lipidomique ont permis de démontrer que TbPat est une phospholipase active. Ce projet a permis de caractériser la première phospholipase impliquée dans la biologie des gouttelettes lipidiques chez les trypanosomes, et ouvre la voie vers de nouvelles études pour élucider les fonctions de cet organite non seulement chez les parasites protozoaires mais aussi dans d'autres types de cellules eucaryotes d'organismes plus complexes.

• Analyse ultrastructurale et moléculaire des synapses pivots de la dopamine dans le striatum

  par Paul LAPIOS (Institut Interdisciplinaire de Neurosciences)

  Cette soutenance a lieu à 9h30 - Salle de conférence CARF Centre d'Appui à la Recherche et à la Formation (CARF) Site Carreire de l'Université de Bordeaux 146, rue Léo Saignat 33076 Bordeaux cedex.

  devant le jury composé de

  • David PERRAIS - Directeur de recherche - University of Bordeaux UMR5297 - Directeur de these
  • Jean-Antoine GIRAULT - Directeur de recherche émérite - Sorbonne University UMR-S 1270 - Examinateur
  • Aude PANATIER - Directrice de recherche - University of Bordeaux U1215 - Examinateur
  • Ira MILOSEVIC - Associate Professor - University of Oxford - Rapporteur
  • Benoît ZUBER - Professeur - University of Bern - Rapporteur

  Résumé

  La dopamine est un neurotransmetteur qui module l'activité neuronale et régule des fonctions essentielles telles que la prédiction de la récompense, la motivation et le contrôle moteur. Dans le striatum, la dopamine agit généralement sur un large volume via des récepteurs métabotropes à action lente. Cependant, des études récentes ont montré que la dopamine peut également agir localement dans des espaces mesurant quelques micromètres. De plus, il a été démontré que la dopamine renforce la force synaptique lorsque sa libération coïncide avec l'action du glutamate. Ces découvertes suggèrent que la dopamine pourrait être libérée dans des espaces confinés, favorisant ainsi la plasticité synaptique. Malgré ces avancées, les études moléculaires et ultrastructurales ont été limitées par des défis techniques. Durant mon doctorat, j'ai utilisé des techniques de pointe pour explorer les caractéristiques moléculaires et ultrastructurales des terminaisons dopaminergiques et leur relation avec les synapses dans le striatum de souris. Pour analyser la composition des terminaisons dopaminergiques (DA), nous avons combiné le tri cellulaire et l'immunomarquage. Nous avons spécifiquement marqué les neurones dopaminergiques avec une protéine fluorescente verte. Après fractionnement cellulaire du striatum, nous avons isolé les synaptosomes verts (synapses closes avec leurs partenaires) par le tri de synaptosomes par fluorescence activée (FASS). L'immunomarquage de ces synaptosomes isolés a révélé que 30 % des synaptosomes dopaminergiques étaient situés près des synapses cortico-striatales (GLU). Nous avons nommé ces structures synapses pivots de la dopamine (DHS). Nous avons démontrer que les protéines présynaptiques bassoon et VGLUT1, ainsi que la protéine d'échafaudage postsynaptique Homer1, étaient régulés à la hausse dans les DHS, tandis que PSD-95 était moins présente par rapport aux synapses classiques. Ces résultats indiquent que la présence de terminaisons dopaminergiques à proximité des synapses cortico-striatales induit une plasticité moléculaire. Les synapses pivot dopaminergiques pourraient ainsi servir de substrat structurel pour l'activité localisée de la dopamine dans le striatum et pourraient également augmenter la signalisation glutamatergique. Ensuite, nous avons utilisé la cryo-microscopie électronique corrélée à la lumière (cryo-CLEM) pour déterminer l'ultrastructure des terminaisons dopaminergiques et des DHS en trois dimensions. Par rapport aux présynapses cortico-striatales, les synaptosomes DA sont trois fois plus petits et contiennent dix fois moins de vésicules synaptiques (SV). La taille et la forme des SV dans les terminaisons DA est plus hétérogènes, elles sont généralement plus grandes et parfois allongées. Alors que les synapses GLU présentent des zones actives (AZ) et des densités postsynaptiques, les terminaisons DA manquent de groupement visibles de vésicules ou d'organisation synaptique claire. Seules 35 % des terminaisons dopaminergiques comportent au moins une vésicules arrimée nécessaire à l'exocytose. Dans ces terminaisons, les SV sont plus nombreuses et plus proches de la membrane plasmique, suggérant une activité plus élevée. Cependant, les SV en état de « priming » (arrimées à moins de 5 nm de la membrane plasmique) sont absentes des synaptosomes DA. De plus, les terminaisons GLU dans les DHS ont plus de SV en état de « priming », ce qui implique que la présence de terminaisons DA réorganise les SV dans les terminaisons glutamatergiques. Ces résultats suggèrent que l'interaction des terminaisons DA avec les synapses modifie les propriétés de libération du glutamate par un mécanisme local de plasticité dans le striatum. Étant donné que l'activité de la dopamine est dérégulée dans l'addiction, moduler artificiellement l'interaction entre les synapses DA et GLU in vivo pourrait fournir un moyen de rétablir une signalisation dopaminergique normale.

ED Sciences Physiques et de l'Ingénieur

• La téléopération comme moyen d'expression à distance du geste technique : application à la formulation en chimie.

  par Erwann LANDAIS (Institut national de recherche en informatique et en automatique - Bordeaux - Sud-Ouest)

  Cette soutenance a lieu à 9h30 - Salle Ada Lovelace INRIA Bordeaux Sud Ouest, 200 avenue de la Vieille Tour, 33400 Talence

  devant le jury composé de

  • Vincent PADOIS - Directrice de recherche - INRIA Bordeaux Sud Ouest - Directeur de these
  • Caroline MORICOT - Maîtresse de conférences - Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne - Rapporteur
  • Marie BABEL - Professeure des universités - INSA Rennes - Rapporteur
  • Pauline MAURICE - Chargée de recherche - CNRS, LORIA - Examinateur
  • Martin HACHET - Directeur de recherche - Inria Bordeaux Sud Ouest - Examinateur
  • Gérard POISSON - Professeur des universités - Université d'Orléans - Examinateur
  • Nasser REZZOUG - Maître de conférences - Université de Poitiers - CoDirecteur de these

  Résumé

  La téléopération permet d'envisager la mise à distance d'un humain expert de la tâche à réaliser. Cette mise à distance est souvent garante d'une plus grande sécurité, d'un plus grand confort ou tout simplement de faisabilité pour les milieux dangereux. Toutefois, elle peut être également synonyme de perte d'efficacité, ou d'ajout de complexité. Éviter ces écueils implique de s'interroger sur 1) ce qui constitue l'expertise d'un opérateur pour une tâche donnée, 2) les contraintes rencontrées pour sa réalisation, et 3) la forme d'un système de téléopération qui lui est adapté. Un exemple de tâche pouvant bénéficier de la téléopération est la tâche de recherche de solvants pour les composés chimiques, qui est l'un des domaines d'expertise de l'entreprise Syensqo. Il s'agit de caractériser la solubilité d'un soluté dans un ensemble de solvants, afin de déterminer un solvant optimal pour ce soluté. Cette tâche, basée sur une expertise visuelle, cognitive et manuelle, est exécutée par un petit nombre de techniciens experts. L'exécution de cette tâche repose sur un processus empirique, fastidieux et parfois dangereux, motivant la mise à distance des techniciens du milieu expérimental grâce à une assistance robotisée. En utilisant cette tâche comme cas d'application, cette thèse s'attache à répondre aux questions suivantes : d'une part, comment conserver l'expertise d'un opérateur lors de la réalisation d'une tâche au travers d'un système téléopéré ? Et d'autre part, comment évaluer la pertinence d'une solution de téléopération pour la réalisation d'une tâche experte? Pour répondre à ces questions, un travail bibliographique à large spectre est mené et deux études expérimentales sont conduites. Dans celles-ci, la pertinence de modalités de réalisation de la tâche à distance est analysée par rapport au mode de réalisation manuel. Afin de permettre la réalisation de ces études dans des conditions sécurisées, les modalités proposées sont testées sur une tâche de lecture. Les textes à lire sont inscrits sur des capsules, placées dans des fioles portées par un robot commandé par l'utilisateur. L'utilisateur, à distance, observe ces fioles via une caméra. Dans la première étude, la commande de l'utilisateur se limite à une modification en temps réel du profil temporel (vitesse, sens de parcours) du robot sur un ensemble de chemins cartésiens pré-déterminés. Différents types de modulations (sur le retour visuel, ou sur la trajectoire du robot) sont évalués. Les résultats issus de cette expérimentation montrent que ces modalités permettent de réaliser la tâche, mais entraînent une dégradation de la performance disqualifiant leur applicabilité. Cette dégradation est notamment due au manque de richesse des interactions proposées. Pour la deuxième étude, un robot permettant d'obtenir une amplitude de mouvements similaire à celle observée chez les techniciens, et des interfaces intuitives permettant de définir en temps-réel le mouvement désiré pour la fiole sont conçus. L'étude met en évidence que le contrôle du robot au travers de ces interfaces ne permet pas d'atteindre une efficacité similaire à celle du mode de réalisation manuel. Les performances obtenues sont cependant encourageantes, et l‘étude menée permet d'identifier plusieurs pistes d'amélioration pour le déport efficace et fiable du geste technique en chimie. Finalement, au delà du cadre applicatif considéré, ce travail établit une méthodologie complète d'évaluation de la performance de modalités de téléopération.

ED Sociétés, Politique, Santé Publique

• RESILIENCE DES SYSTEMES DE SANTE FACE AUX GRANDES EPIDEMIES EN AFRIQUE : CAS DE L'IMPACT DE LA COVID-19 SUR LA PRISE EN CHARGE DES MALADIES PRIORITAIRES AU TOGO

  par Yao KONU (Bordeaux Population Health Research Center)

  Cette soutenance a lieu à 9h00 - Salle de visioconférence n°4 146 Rue Léo Saignat, 33000 Bordeaux, France

  devant le jury composé de

  • DIDIER KOUMAVI EKOUEVI - Professeur - Université de Bordeaux - Directeur de these
  • Karine LACOMBE - Professeure des universités - praticienne hospitalière - Sorbonne Université - Rapporteur
  • Pierre-Marie PREUX - Professeur des universités - praticien hospitalier - Université de Limoges - Rapporteur
  • Dominique SALMON - Professeure des universités - praticienne hospitalière - Université Paris Descartes - Examinateur
  • Amadou ALIOUM - Professeur des universités - Université de Bordeaux - Examinateur

  Résumé

  Contexte : La résilience d'un système de santé est la capacité du système à se préparer aux chocs, à les gérer et à en tirer des enseignements. En particulier lors de crises sanitaires telles que la pandémie de COVID-19, les systèmes de santé doivent remplir simultanément deux fonctions : répondre à la crise et maintenir la fourniture des services de santé essentiels. En Afrique subsaharienne, la prise en charge du VIH, du paludisme et de la tuberculose est essentielle. En effet, c'est sur ce continent que pèse le plus lourd fardeau de ces trois grandes maladies infectieuses. Au Togo, le premier cas de COVID-19 a été rapporté le 6 mars 2020. En réponse à la pandémie, le gouvernement a promu diverses mesures générales et de santé publique. Ces mesures ont probablement affecté négativement l'accès et l'utilisation des soins concernant les trois grandes maladies infectieuses. Ceci dit, peu de données sont disponibles sur l'effet de la pandémie de COVID-19 sur les indicateurs et sur la performance du système de santé en Afrique subsaharienne, et plus particulièrement au Togo. L'objectif de cette thèse est de contribuer à la résilience des systèmes de santé face aux grandes épidémies en Afrique. Méthodes : Nous avons dans cette thèse i) décrit l'épidémie de COVID-19 au Togo et sa gestion par les autorités sanitaires par une revue narrative ; ii) mesuré l'intensité du choc épidémique à travers une séries d'études de séroprévalence en population générale et en populations spécifiques et enfin ii) décrit l'impact de la pandémie sur l'utilisation des services liées à la lutte contre le VIH, le paludisme et la tuberculose au Togo via une analyse des séries chronologiques pour mesurer les changements de niveaux entre les périodes prépandémique (janvier 2019 à mars 2020) et perpandémique (avril 2020 à décembre 2021). L'accord du Comité de Bioéthique pour la Recherche en Santé du Togo sera obtenu. Au terme de ce projet, nous aurons fait un état des lieux et produit des données factuelles sur l'impact de la pandémie de COVID-19 sur la lutte contre le VIH, le paludisme et la tuberculose au Togo. Résultats : Nous rapportons une prévalence élevée de SARS-CoV-2 en population générale en 2021 (65,5% ; intervalle de confiance (IC95%) : 64,3 -66,6) et chez les adolescents de la rue en 2022 (63,5% ; IC95% : 57,8-69,0). Les services de lutte contre le VIH, le paludisme et la tuberculose ont généralement été maintenus au Togo malgré la pandémie de COVID-19. Dans l'ensemble, on a observé une diminution de six des neuf indicateurs inclus, allant de 19,3% (ratio de taux d'incidence (RTI) : 0,807 ; IC95% : 0,682-0,955) pour l'hospitalisation des patients atteints de paludisme à 36,9% (RTI : 0,631 ; IC95% : 0,457-0,871) pour le diagnostic de la tuberculose par GeneXpert, immédiatement après la déclaration de la pandémie de COVID-19. La tendance est restée constante entre les périodes prépandémique et pandémique du COVID-19 pour tous les indicateurs du paludisme. Une tendance mensuelle significative à la baisse a été observée pour l'initiation à la thérapie antirétrovirale (RTI : 0,909 ; IC95% : 0,892-0,926) et la microscopie positive à la tuberculose (RTI : 0,919 ; IC95% : 0,880-0,960). Conclusion : Ce travail de thèse a permis de disposer de données épidémiologiques sur l'épidémie de COVID-19 au Togo et sur l'effet de la pandémie sur l'utilisation des services de trois maladies prioritaires. Ces résultats devraient servir de base pour anticiper les conséquences de futures crises sanitaires liées à des émergences infectieuses au Togo et au-delà en Afrique.

• Inclusion scolaire des élèves à besoins éducatifs particuliers et formation des enseignants : une étude auprès des enseignants d'Haïti et de la France.

  par Amente DESINOR (Laboratoire Cultures, Education, Sociétés)

  Cette soutenance a lieu à 14h30 - visioconférence

  devant le jury composé de

  • Régis MALET - Professeure des universités - Université de Bordeaux - Directeur de these
  • Sylvie CONDETTE - Professeure des universités - Université de lile - Rapporteur
  • Magdalena KOHOUT-DIAZ - Professeure des universités - Université de Bordeaux - Examinateur
  • Lijuan WANG - Chargée de recherche - Université de Oulu - Examinateur
  • Damus OBRILLANT - Professeur associé - Université Sherbrooke –Québec - Examinateur
  • Francklin BENJAMIN - Professeur associé - Université Quisqueya et université d'État d'Haïti - Examinateur
  • Komlan Kwassi AGBOVI - Professeur des universités - Université de Lomé - Rapporteur

  Résumé

  La scolarisation des élèves avec un besoin particulier interroge la modalité de formation des enseignants dans l'exercice de leur métier. Cette mise en œuvre demande que les enseignants soient préparés à gérer la différence et la diversité des élèves comme l'exige le nouveau paradigme inclusif. Ainsi, l'une des aides à apporter est bien celle fournie par l'enseignant dans sa classe en mettant en œuvre un enseignement adapté permettant de répondre aux besoins particuliers des élèves. Ainsi, s'interroge comment accompagner ces enseignants pour faire face à ces nouveaux défis ? L'objectif de cette thèse est d'étudier les modalités de scolarisation des élèves à besoins éducatifs particuliers et la formation des enseignants en Haïti, en prenant en compte des variables de contexte dans d'autres pays, en particulier la France. Une première étude aborde certains facteurs de l'inclusion scolaire, en portant une attention particulière à la formation et aux pratiques pédagogiques des enseignants, ainsi qu'aux difficultés rencontrées par ces derniers. Cette recherche n'est pas une étude comparative, mais plutôt une étude de cas portant sur les deux pays mentionnés. L'analyse de la première étude s'appuie sur des données déclaratives collectées à l'aide d'une méthode mixte, incluant des questionnaires et des entretiens semi-directifs menés auprès des enseignants du primaire et du secondaire en France et en Haïti. La deuxième étude met en œuvre un dispositif de formation destiné à une quinzaine d'enseignants haïtiens. Les résultats montrent que la plupart des enseignants utilisent une variété de pratiques pédagogiques, principalement issues des méthodes traditionnelles. Parallèlement, l'effet de la formation sur les pratiques mises en œuvre par les enseignants a été analysé. Les résultats indiquent que la formation influence en partie certaines pratiques des enseignants, comme en témoigne le nombre d'entre eux ayant adopté certaines pratiques après la formation pour mieux accueillir ces élèves.

• LA SCIENCE ET SON EMPREINTE. UNE SOCIOLOGIE DES MOBILISATIONS SCIENTIFIQUES AUTOUR DU CO2e

  par Antoine HARDY (Centre Emile Durkheim)

  Cette soutenance a lieu à 13h30 - Salle Copernic Sciences Po Bordeaux 11 All. Ausone, 33600 Pessac

  devant le jury composé de

  • Daniel COMPAGNON - Professeur des universités - Université de Bordeaux - Directeur de these
  • Johanna SIMEANT-GERMANOS - Professeur des universités - ENS / CMH - Rapporteur
  • Morgan JOUVENET - Directeur de recherche - Laboratoire Printemps - UVSQ - Rapporteur
  • Isabelle BRUNO - Maître de conférences - Université de Lille / Ceraps - Examinateur
  • Olivier MARTIN - Professeur des universités - Cerlis - Examinateur
  • Soraya BOUDIA - Professeur des universités - Cermes3 - Examinateur

  Résumé

  Cette enquête a pris pour terrain les « traces » sociales de la géophysique du climat dans le milieu de la recherche publique en France, au tournant des années 2020. Elle suit une tentative de « décarbonation » de la recherche et ce qu'elle entraîne dans la relation à la construction et circulation des connaissances et à l'autorité de la science. Mobilisant une sociologie processuelle et interactionniste, l'enquête a porté sur le monde social de la quantification carbone des laboratoires publics : des protagonistes qui s'organisent pour produire, par un processus de quantification, de nouvelles données afin d'analyser les émissions de gaz à effet de serre à l'échelle des laboratoires, exprimées en dioxyde de carbone équivalent, et qui essaient d'identifier et prendre des mesures pour les diminuer. À l'aide de matériaux qualitatifs, avec un ancrage en sociologie des sciences, et au carrefour des études sociales de la quantification et de la sociologie de l'environnement, cette enquête cherche à comprendre pourquoi et comment ces protagonistes tentent, à un moment, de se contraindre par eux-mêmes. Elle suit différentes façons de travailler, de connaître et de s'engager dans les métiers de la recherche, les valeurs qui les sous-tendent et la manière dont le travail scientifique, ou ce qu'il doit être, est chargé de façon normative. Cette thèse décrit et analyse une recomposition dans l'arrière-plan moral des sciences au sein de ce monde social, qui conduit les protagonistes de ce monde à interroger des pratiques et représentations qui ne l'étaient pas auparavant ou pas sur cette base-là et à travailler ainsi les frontières épistémique, matérielle et éthique de la science.