ED Mathématiques et Informatique
Modélisation mathématique de la réponse du tissu cardiaque après ablation par champs pulsés
par Simone NATI POLTRI (IMB - Institut de Mathématiques de Bordeaux)
Cette soutenance a lieu à 13h30 - Salle de conférences Institut de Mathématiques de Bordeaux Université de Bordeaux, 351, cours de la Libération - F 33 405 TALENCE
devant le jury composé de
- Clair POIGNARD - Directeur de recherche - Centre Inria de l'Université de Rennes - Directeur de these
- Muriel BOULAKIA - Professeure des universités - Université de Versailles Saint-Quentin en Yvelines - Rapporteur
- Grégory VIAL - Professeur des universités - École Centrale de Lyon - Rapporteur
- Marcela SZOPOS - Professeur des universités - Université Paris Cité - Examinateur
- Annabelle COLLIN - Professeure des universités - Nantes Université - Directeur de these
- Lisl WEYNANS - Professeur des universités - Université de Bordeaux - Examinateur
Les arythmies cardiaques sont des irrégularités du rythme cardiaque, causées par des anomalies dans l'activité électrique du myocarde. Parmi les nombreuses stratégies d'ablation utilisées pour isoler ces pathologies, l'ablation par champ électrique pulsé (PFA) s'est imposée comme une nouvelle technique non thermique basée sur des impulsions électriques courtes et de haute tension permettant de tuer les cellules cardiaques de manière précise tout en préservant la structure tissulaire. L'objectif de cette thèse est de proposer un modèle mathématique pour étudier les effets à long terme de la PFA sur le tissu cardiaque pour deux pathologies : la fibrillation auriculaire (AF) - une arythmie des oreillettes déclenchée principalement via les veines pulmonaires - et la tachycardie ventriculaire (VT), un rythme rapide et irrégulier provoqué par une forte hétérogénéité tissulaire dans les ventricules. Alors que pour l'AF, la zone ablatée est mince par rapport au domaine de l'oreillette, pour la VT, la région ablatée n'est pas négligeable. Pour décrire l'activité électrique du cœur, nous partons du modèle bidomaine - un modèle parabolique dégénéré semi-linéaire standard qui décrit l'électrophysiologie du cœur - et nous le modifions en fonction de la pathologie étudiée. Dans le contexte de l'AF, nous introduisons à l'intérieur de la zone ablatée un petit paramètre $varepsilon$ - proportionnel à l'épaisseur de la région - utilisé aussi pour redimensionner la conductivité intracellulaire. Nous analysons la version statique du système bidomaine modifié dans le contexte semi-linéaire, et nous effectuons une analyse asymptotique formelle pour déterminer les conditions de transmission à l'interface entre la zone ablatée et la région saine, lorsque $varepsilon$ s'approche de zéro. L'expansion asymptotique à tout ordre est prouvée et validée numériquement. Nous proposons également des simulations numériques (en utilisant FreeFem++, une bibliothèque d'éléments finis) dans un contexte dynamique. En considérant une géométrie synthétique de l'oreillette gauche, nous simulons l'isolation d'une veine pulmonaire à partir de laquelle l'AF peut se déclencher. Des méthodes de Schwarz sans recouvrement sont étudiées pour imposer numériquement les conditions de transmission à l'interface. Les résultats sont comparés à une autre technique : l'ablation par radiofréquence (RFA), connue pour brûler le tissu cardiaque par transfert de chaleur en détruisant la structure tissulaire. Notre objectif est de prédire numériquement le succès ou l'échec de ces deux procédures. Nous validons ensuite nos approches sur des données cardiaques réelles obtenues chez des moutons. Nos collaborateurs de l'IHU Liryc ont induit une VT chez différents moutons en créant deux cicatrices cardiaques séparées par un canal de conduction lente, puis ont effectué une PFA pour traiter la VT induite. Dans le contexte de la VT, notre modèle proposé pour l'AF n'est pas applicable, puisque l'hypothèse concernant la petite taille de la région ablatée n'est plus valable. De plus, la VT est une pathologie plus complexe à modéliser car elle est causée par l'hétérogénéité des tissus. Nous modifions le modèle bidomaine en introduisant un paramètre $varepsilon$ - qui dans ce cas représente le niveau d'ablation - à l'intérieur de la zone ablatée et nous l'utilisons pour redimensionner la conductivité intracellulaire. Des simulations sont effectuées pour reproduire une VT dans une géométrie de ventricule de mouton grâce à une réentrée placée à proximité du canal et validées en utilisant la carte d'activation de l'endocarde construite avant la PFA. Ensuite, le succès ou l'échec de la PFA et de la RFA sont prédits numériquement à travers la comparaison des simulations de nos modèles. En conclusion, ce travail fournit une première étude numérique des descriptions mathématiques de la PFA dans le contexte de l'AF et de la VT, ouvrant des perspectives vers des applications cliniques.
ED Sciences Chimiques
Le rôle et les mécanismes d'assemblage des REMORIN
par Zeren XU (Institut de Chimie & de Biologie des Membranes & des Nano-objets)
Cette soutenance a lieu à 14h00 - Amphitheater 2 Rue Robert Escarpit, 33600 Pessac
devant le jury composé de
- Birgit HABENSTEIN - Chargée de recherche - Université de Bordeaux - Directeur de these
- Douglas Vinson LAURENTS - Professeur - Instituto de Química Física - Rapporteur
- Sophie SACQUIN-MORA - Directeur de recherche - IBPC - CNRS (Institut de Biologie Physico-Chimique - CNRS) - Rapporteur
- Sébastien MONGRAND - Directeur de recherche - CNRS, Laboratoire de Biogenèse Membranaire, UMR 5200 - Examinateur
- Matthieu CHAVENT - Chargé de recherche - Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale (IPBS), CNRS, Université de Toulouse - Examinateur
- Isabel ALVES - Directeur de recherche - Institut de Chimie et Biologie des Membranes et des Nano-objets (CBMN), CNRS/Université de Bordeaux - Examinateur
- Yvon JAILLAIS - Directeur de recherche - ENS de Lyon, Reproduction et Développement des Plantes (RDP), CNRS UMR 5667 - Examinateur
Les remorines sont des protéines multifonctionnelles qui régulent l'immunité, le développement et la symbiose chez les plantes. Elles séquestrent des lipides spécifiques dans des nanodomaines membranaires fonctionnels lorsqu'elles s'associent à la membrane. La famille multigénique des remorines comprend six groupes, classés en fonction de la composition de leurs domaines protéiques. Le ciblage membranaire des remorines s'effectue indépendamment de la voie sécrétoire. Elles sont plutôt dirigées vers différents nanodomaines selon leur groupe phylogénétique. Tous les membres de la famille possèdent une ancre membranaire C-terminale et un domaine d'homo-oligomérisation, encadrés par une région intrinsèquement désordonnée de longueur variable à l'extrémité N-terminale. Nous avons ici combiné l'imagerie moléculaire, la spectroscopie par Résonance Magnétique Nucléaire, les calculs de structures protéiques, et des simulations avancées de dynamique moléculaire pour dévoiler une pré-structuration stable de dimères en coiled-coil en tant qu'unités de ciblage de nanodomaines modulables, contenant un manteau flou modulable et une charge positive de surface en forme de code-barres avant l'association avec la membrane. Ces caractéristiques protéiques ainsi que les différences de structures et de dynamiques entre les ancres lipidiques C-terminales des groupes de remorines offrent une plateforme sélective pour la liaison aux phospholipides lorsqu'elles rencontrent la surface membranaire. Nos données suggèrent que les remorines se replient dans le cytosol avec la région désordonnée N-terminale sous forme d'ensemble structural flou autour d'un cœur coiled-coil dimérique anti-parallèle contenant un motif d'interface symétrique rappelant une fermeture éclair hydrophobe à base de leucine. La distribution des charges, la courbure intrinsèque des remorines en coiled-coil dimérique, et la géométrie de leurs domaines conféreraient des profils d'association membranaire distincts. La liaison des lipides par la C-terminale crée une avidité grâce à des interactions électrostatiques multivalentes entre les groupes tête lipidique anioniques et la surface dimérique chargée positivement, suggérant un mécanisme de clip-and-divide pour séparer sélectivement les nanodomaines lipides-protéines.
ED Droit
Le droit de la concurrence face aux ententes anticoncurrentielles nationales et internationales : analyse du droit marocain à la lumière du droit français
par Aziza AHLE LARBI (INSTITUT DE RECHERCHE EN DROIT DES AFFAIRES ET DU PATRIMOINE)
Cette soutenance a lieu à 10h00 - Salle 10 Faculté des sciences juridiques, économiques et sociales de Tanger Tanger 90000, Maroc
devant le jury composé de
- Marianne LECENE-VILLEMONTEIX - Maîtresse de conférences - Université de Bordeaux - Directeur de these
- Pierre GARELLO - Professeur des universités - Université Aix Marseille - Rapporteur
- Jaouad EL MALHOUF - Professeur des universités - Université de Tanger - CoDirecteur de these
- Mohammed JARRARI - Professeur agrégé - Faculté des sciences juridiques économiques et sociales de Salé - Rapporteur
Cette étude se propose d'analyser la réponse du droit marocain de la concurrence face aux ententes anticoncurrentielles, tant sur le plan national qu'international. L'objectif est de comprendre les raisons de la réponse limitée du législateur marocain à ces pratiques, qui constituent une menace sérieuse pour la concurrence, notamment lorsqu'elles revêtent une dimension internationale. Cette menace est d'autant plus importante pour les pays en développement comme le Maroc, qui se trouvent souvent vulnérables en raison de l'absence d'un cadre juridique international unifié en matière de concurrence, susceptible de lutter efficacement contre ces ententes. Problématique de recherche .Les ententes anticoncurrentielles, qu'elles soient internes ou internationales, constituent un obstacle majeur à la libre concurrence, particulièrement dans des économies en développement telles que celle du Maroc. Bien que le pays ait adopté une législation en matière de concurrence conforme aux standards internationaux, notamment ceux de l'Union européenne, l'efficacité de sa mise en œuvre demeure limitée. Cette lacune offre un terrain propice au développement d'ententes, y compris internationales, qui aggravent les défis économiques et freinent le développement d'un marché concurrentiel et équitable. Dans ce contexte, une question centrale se pose : quels sont les freins à une application effective des dispositifs juridiques destinés à lutter contre ces pratiques anticoncurrentielles au Maroc ? De cette question principale, plusieurs problématiques connexes émergent. Pourquoi le droit marocain de la concurrence, bien qu'inspiré des normes européennes, peine-t-il à enrayer ces pratiques, alors que d'autres pays, comme la France, parviennent à de meilleurs résultats ? Quels sont les principaux obstacles — qu'ils soient institutionnels, juridiques ou structurels — à la mise en œuvre rigoureuse de ces règles au Maroc ?De plus, comment le pays pourrait-il s'inspirer des meilleures pratiques européennes, notamment de l'expérience française, pour renforcer son cadre législatif et institutionnel en vue d'une lutte plus efficace contre les ententes anticoncurrentielles ?" Enfin, face à la mondialisation des ententes anticoncurrentielles, particulièrement dans les contextes internationaux, une dernière question se pose : comment les pays en développement, tels que le Maroc, peuvent-ils répondre efficacement à ces pratiques qui transcendent les frontières et nuisent à leur économie ?
ED Sciences de la Vie et de la Santé
Syndrome de Barth et recherche de voies thérapeutiques
par Claire ALMYRE (Institut de Biochimie et Génétique Cellulaires)
Cette soutenance a lieu à 14h00 - Salle de conférence Institut de Biochimie et Génétique Cellulaires (IBGC) - UMR5095 CNRS 1, Rue Camille Saint Saëns, CS61390 33077 Bordeaux cedex, France
devant le jury composé de
- Giovanni BéNARD - Directeur de recherche - Inserm U1211 - Université de Bordeaux - Examinateur
- David BENOIST - Maître de conférences - Inserm U1045 - Université de Bordeaux - Examinateur
- Inge KUHL - Chargée de recherche - CNRS UMR9198 - Université Paris-Saclay - Rapporteur
- Julie STEFFANN - Professeure des universités - praticienne hospitalière - Université de Paris - Rapporteur
Les maladies mitochondriales sont diverses et pléiotropes, graves et en grande partie non traitables. Pour faciliter la découverte de molécules thérapeutiques, nous avons mis au point une méthode de criblage utilisant un modèle levure Saccharomyces cerevisiae de ces maladies mitochondriales. Parmi celles-ci, le syndrome de Barth (BTHS) est une cardiomyopathie rare liée à l'X causée par des mutations dans un gène nucléaire (TAZ) qui code pour une acyltransférase (appelée Tafazzine) impliquée dans la maturation de la Cardiolipine (CL). Il s'agit d'un phospholipide ayant de multiples fonctions dans les mitochondries qui optimisent la production d'ATP dépendante de la phosphorylation oxydative (OXPHOS). Nous avons isolé plusieurs composés approuvés par la FDA capables d'améliorer la fonction mitochondriale dans un modèle levure du BTHS. De manière remarquable, nous avons découvert que ces candidats médicaments ont la capacité de sauver un large panel d'autres modèles cellulaires de troubles mitochondriaux chez la levure et chez l'homme.
Quels mécanismes moléculaires permettent au bourgeon axillaire du fraisier de prendre la décision de devenir un stolon ou une branche terminé par une inflorescence ?
par Kilian DEHLOUZ (BFP - Biologie du Fruit et Pathologie)
Cette soutenance a lieu à 9h30 - Amphithéatre INRAE 71 Av. Edouard Bourlaux, Amphithéatre INRAE, 33140 Villenave-d'Ornon
devant le jury composé de
- Amélia GASTON - Chargée de recherche - Université de Bordeaux - Directeur de these
- Valérie SCHURDI-LEVRAUD - Professeur des universités - Université de Bordeaux - Examinateur
- Sandra CORTIJO - Chargée de recherche - Institut des Sciences des Plantes de Montpellier - Rapporteur
- Soulaiman SAKR - Professeur des universités - Institut Agro Rennes-Angers - Rapporteur
Le fraisier se reproduit de manière sexuée (floraison) et asexuée (stolons). Ces deux modes, bien qu'antagonistes, sont agronomiquement importants : la floraison influence le rendement en fruits, tandis que les stolons permettent la propagation de variétés. Cette compétition a lieu notamment au niveau des bourgeons axillaires (AxB), qui se développent soit en branches pouvant se terminer par une inflorescence, soit en stolons. Comprendre le réseau génétique contrôlant le développement des AxB est crucial, car il affecte à la fois le rendement en fruits et en plants du fraisier. L'objectif de ma thèse est d'élucider les mécanismes moléculaires impliqués dans la balance entre reproduction sexuée et asexuée chez le fraisier diploïde à travers trois questions principales : 1. Quels sont les acteurs moléculaires impliqués dans le devenir du bourgeon axillaire en stolon ou en branche ? Une approche de transcriptomique comparative sur des AxB morphologiquement indifférenciés a permis d'identifier des processus biologiques et une liste restreinte de gènes potentiellement impliqués dans cette balance. 2. Quelles sont les acteurs moléculaires impliqués dans la différenciation du AxB en stolon ou en branche et peut-on associer une signature moléculaire du AxB en fonction du stade de différenciation et du devenir ? Des analyses transcriptomiques comparatives et prédictives à partir de AxB prélevés sur différents génotypes, à différents stades de développement et à différentes positions sur la plante, ont mis en évidence des acteurs clés et des gènes signatures du devenir et de l'état de différenciation de l'AxB. 3. Est-ce que des modifications d'expression de gènes candidats entraînent une modification de la balance entre reproduction sexuée et asexuée ? Des approches d'édition du génome via CRISPR ont été utilisées sur deux gènes d'intérêt pour évaluer l'impact de la perte de fonction de ces gènes sur la balance entre reproduction sexuée et asexuée. Cette thèse a permis de compléter le réseau de régulation qui contrôle le devenir et la différenciation de l'AxB et donc la balance entre reproduction sexuée et asexuée chez le fraisier et de mettre en évidence de potentielles cibles pour l'amélioration du fraisier cultivé.
ED Sciences Physiques et de l'Ingénieur
Développement applicatifs sur l'intégrabilité de système d'imageries et de contrôle d'épaisseur par le biais de radar FMCW dans le domaine des ondes Terahertz.
par Barnabé CARRÉ (Laboratoire de l'Intégration du Matériau au Système)
Cette soutenance a lieu à 10h00 - Amphithéâtre Jean-Paul DOM Université de Bordeaux, Laboratoire IMS, 351 Cours de la Liberation, Bâtiment A31, 33405 Talence
devant le jury composé de
- Jean-Paul GUILLET - Maître de conférences - Université de Bordeaux, Laboratoire IMS - Directeur de these
- Cyril DECROZE - Professeur des universités - XLim - Rapporteur
- Claire MIGLIACCIO - Professeure des universités - LEAT - Rapporteur
- Stéphane BLIN - Maître de conférences - Université de Montpellier & IES - Examinateur
- Thomas ZIMMER - Professeur des universités - Université de Bordeaux, Laboratoire IMS - Examinateur
Afin de stimuler l'intérêt des industriels pour les systèmes térahertz dans le domaine du contr-ôle non destructif, ce manuscrit présente diverses méthodes et techniques d'amélioration des performances d'imagerie et de mesure d'épaisseur des capteurs radar sub-THz FMCW (Frequency Modulated Continuous Wave). Les approches d'imagerie focalisée sont restreintes par la diffraction et impliquent un compromis entre résolution latérale et profondeur de champ. La technique d'imagerie SAR (Synthetic Aperture Radar) permet de surmonter ces limites. Dans ce cadre, une nouvelle approche algorithmique est proposée, améliorant de manière significative la résolution latérale en la triplant par rapport aux systèmes d'imagerie focalisée classiques. De plus, la technique SAR est testée sur des objets spécifiques pertinents pour l'imagerie non destructive. Les systèmes d'acquisition point par point sont souvent limités en vitesse de mesure en raison des contraintes liées aux vecteurs de translation, soumis à des inerties trop élevées. Pour répondre à cette problématique, un système d'imagerie ultrarapide a été développé. Celui-ci intègre un miroir polygonal rotatif qui dévie le faisceau radar et le dirige vers une lentille f-theta télécentrique, capable de focaliser le faisceau sur un plan. Cette lentille, dotée d'une ouverture numérique de 0,28, surpasse celles rapportées dans la littérature. En outre, les capteurs radar FMCW sub-THz ne se limitent pas à l'imagerie non destructive, mais permettent également une mesure précise de l'épaisseur des matériaux. Cependant, ces mesures sont traditionnellement limitées par la résolution longitudinale de l'unité radar. Cette étude propose un algorithme innovant, combiné à une nouvelle approche par algorithme génétique, qui permet de dépasser cette limite en mesurant des épaisseurs cinq fois plus fines que la résolution longitudinale dans l'air du capteur.
ED Sociétés, Politique, Santé Publique
Savoirs scientifiques et décision politique pour l'adaptation au changement climatique. La fabrique régionale de l'action publique.
par Camille FRANCOIS DIT JONCHÉRES (Environnement, Territoires en Transition, Infrastructures, Sociétés)
Cette soutenance a lieu à 14h00 - Denucé Université de Bordeaux - Campus Victoire, 3ter Pl. de la Victoire, 33000 Bordeaux
devant le jury composé de
- Valérie DELDRèVE - Directrice de recherche - ETTIS - Directeur de these
- Olivier BOUBA-OLGA - Professeur des universités - Université de Poitiers - Examinateur
- Pascal RAGOUET - Professeur des universités - Université de Bordeaux - Examinateur
- Céline GRANJOU - Directrice de recherche - LESSEM - Rapporteur
- François-Mathieu POUPEAU - Directeur de recherche - LATTS - Rapporteur
L'intégration et l'appropriation de l'expertise scientifique constitue un enjeu stratégique pour l'action publique des collectivités régionales face au changement climatique. La thèse montre comment la Région Nouvelle-Aquitaine traduit l'impératif politique d'une adaptation au changement climatique (ACC) en une politique régionale opérationnelle. En particulier, comment les agents régionaux mobilisent-ils les connaissances scientifiques? Quels sont les processus d'expertises à l'œuvre et comment l'action publique se construit-elle entre l'échelon régional et l'échelle plus locale de l'opérationnalisation effective de l'ACC? La thèse s'appuie sur trois cas d'étude : l'observation d'une politique affichée de « transitions » (NéoTerra) ; l'appropriation de l'ACC par la technostructure à travers 50 entretiens semi-directifs avec les agents régionaux ; l'analyse rétrospective d'une adaptation radicale conduisant à l'effacement d'un étang en Limousin. La thèse montre les implications d'une intégration de l'ACC dans la politique régionale ; le travail politique et d'expertise des agents régionaux pour façonner la décision publique ; les conditions de réalisation d'une action transformative d'ACC sur un enjeu et un territoire spécifique. Ce travail de recherche réalisé dans le cadre d'une allocation CIFRE avec la Région Nouvelle-Aquitaine, a pour finalité de promouvoir une adaptation transformationnelle et inclusive à la hauteur des enjeux de l'anticipation du changement climatique.