Soutenances en Biochimie
Soutenances en Bioimagerie
Soutenances en Biologie Cellulaire et Physiopathologie
Soutenances en Biologie du cancer
Soutenance en Génétique
Soutenances en Microbiologie - immunologie
Soutenances en Neurosciences
Soutenances en Oenologie
Soutenance en Sciences agronomiques
par Marine CROUVIZIER (Institut de Chimie & de Biologie des Membranes & des Nano-objets)
Cette soutenance a lieu le 15-12-2025 à 14h00 - Amphi F ENSEIRB-MATMECA 1 avenue du Dr Albert Schweitzer 33402 Talence
devant le jury composé de
La découverte de la pénicilline en 1928 par Alexander Fleming marque le début de l'âge d'or des antibiotiques, ayant permis de sauver des millions de vies. Cependant, l'apparition de la résistance bactérienne a rapidement compromis leur efficacité, faisant de l'antibiorésistance un problème de santé publique et économique majeur. Au cours de l'évolution, les bactéries ont développé différents mécanismes leur permettant de survivre face à cette pression. L'un d'eux est l'efflux actif, qui expulse un grand nombre de substrats, dont les antibiotiques, vers le milieu extracellulaire avant que ceux-ci n'aient pu exercer leur effet. Ce mécanisme diminue ainsi la concentration intracellulaire d'antibiotiques, compromettant ainsi leur efficacité et contribuant au phénomène de multirésistance aux antibiotiques. Chez les bactéries à Gram négatif, les pompes d'efflux tripartites traversent l'intégralité de la paroi cellulaire. Elles sont composées d'un transporteur de membrane utilisant une source d'énergie, d'une protéine canal de membrane externe et d'une protéine périplasmique adaptatrice, qui permet de faire le lien entre le transporteur et la protéine canal. L'étude de ce mécanisme est cruciale afin de mieux comprendre son fonctionnement et ainsi permettre d'élaborer des stratégies visant à le bloquer afin de rétablir la sensibilité des bactéries aux antibiotiques. Cette thèse se concentre sur la pompe d'efflux tripartite EmrAB-TolC d'Escherichia coli, appartenant à la superfamille MFS. Ce système est notamment impliqué dans la résistance à l'acide nalidixique, et plus récemment, à la nitroxoline. EmrB est le transporteur inséré dans la membrane interne utilisant le gradient de protons pour transporter ses substrats, TolC la protéine canal ancré dans la membrane externe et EmrA la protéine périplasmique adaptatrice. Contrairement aux pompes de type RND, les pompes MFS sont bien moins étudiées et très peu de données structurales existent sur EmrA et EmrB. Un premier objectif de ce travail a été de s'intéresser à EmrA. Du fait du peu d'informations sur cette protéine, une stratégie de production in vitro (ou Cell Free) a été choisi. L'ajout du détergent DDM au milieu réactionnel a permis de solubiliser la protéine EmrA produite. La protéine ensuite purifiée présente des structures secondaires de type hélice α, déterminée par dichroïsme circulaire. Le second objectif a concerné EmrB, avec l'optimisation d'un protocole de surexpression et de purification pour obtenir la protéine en quantité suffisante et dans un état natif, afin de réaliser des analyses structurales par cryo microscopie électronique. L'extraction initiale avec le détergent DDM n'ayant pas permis d'obtenir une protéine stable et en quantité suffisante, différentes stratégies basées sur l'utilisation des polymères ont été envisagées incluant quatre SMAs, quatre DIBMAs et le CyclApol. Les SMA et le CyclApol se sont avérés être efficaces dans l'extraction d'EmrB. Il a été par la suite décidé de purifier EmrB extrait en CyclApol d'une part car ce polymère préserve la membrane native autour d'EmrB, et d'autre part car il représente un polymère récent et innovant parmi ceux déjà disponibles, tout en contournant les limitations observées avec d'autres types de polymères. Grâce à cette approche, EmrB a pu être extrait et purifié en quantité suffisante, et dans un état natif. Les premiers micrographes de cryo microscopie électronique obtenus ont permis de réaliser des classes 2D qui ont par la suite servi à reconstruire un premier modèle ab initio du transporteur EmrB en CyclApol. Ces résultats ouvrent la voie à la poursuite de la caractérisation structurale du transporteur et permettront, à plus long terme, de mieux comprendre les mécanismes de transport dans la famille MFS, dans une perspective de lutter contre l'antibiorésistance.
par Paul NOURI (Institut de Chimie & de Biologie des Membranes & des Nano-objets)
Cette soutenance a lieu le 16-12-2025 à 14h00 - Amphitéatre IECB - 2 rue Robert Escarpit, 33607 PESSAC
devant le jury composé de
Face à la menace croissante de l'antibiorésistance, il est urgent de mieux comprendre ses mécanismes afin de trouver des solutions pour combattre mais aussi limiter l'apparition des souches multirésistantes. Dans ce contexte, le sujet de la thèse vise à mieux comprendre les bases moléculaires de l'efflux actif de drogues chez Streptococcus pneumoniae. Les transporteurs multidrogues de type ABC (ATP-Binding Cassette) sont des acteurs essentiels de cette résistance. Bien que largement étudiés sur le plan fonctionnel ces dernières années, leurs mécanismes d'action à l'échelle moléculaire couplant la reconnaissance et le transport de drogue avec l'hydrolyse de l'ATP/GTP restent encore mal compris. L'objectif de la thèse a été de développer des études structurales pour mieux comprendre le mécanisme d'action du transporteur multidrogue de type ABC, PatAB, impliqué dans la résistance clinique aux fluoroquinolones (FQ). Ce transporteur composé de deux chaînes PatA et PatB forme un hétérodimère atypique, car il présente un fonctionnement asymétrique avec deux sites nucléotidiques non équivalents sur un plan fonctionnel. Et de plus, il utilise comme source d'énergie, préférentiellement l'hydrolyse de GTP alors que la majorité des transporteurs ABC consomment de l'ATP, définissant ainsi une nouvelle sous famille de transporteur ABC. Afin de mieux caractériser sur un plan structural ces spécificités, la stratégie a consisté à déterminer la structure de PatAB en utilisant l'approche par cryo microscopie électronique combinée avec la méthode d'analyse d'images dite "des particules isolées". PatAB étant une protéine membranaire, son analyse structurale par cette approche nécessite de l'extraire de son environnement lipidique pour la stabiliser dans un environnement mimétique. Afin de déterminer l'impact de ce changement d'environnement sur la structure de PatAB, plusieurs agents tensioactifs (détergents et polymères) ont été utilisés. Les structures obtenues en présence de détergents ont mis en évidence PatAB dans une conformation dite « inward-facing », prête accueillir son substrat. Cependant ces analyses montrent une grande flexibilité de la sous unité de PatA, se traduisant par l'absence du domaine liant le nucléotide (Nucleotide Binding Domain-NBD). L'utilisation de polymères amphiphiles a permis d'obtenir la structure de PatAB dans deux conformations différentes, l'une avec le domaine NBD et l'autre sans le NBD, mettant ainsi en lumière que la flexibilité de la sous-unité de PatA pourrait être modulée par les conditions de stabilisation de la protéine. Parallèlement, l'effet potentiel du pH sur les changements de conformations de PatAB a été analysé. A pH 6, une seule conformation a été obtenue alors qu'à pH 5, les deux conformations ont été observées mettant en évidence le rôle du pH dans le changement de conformation de PatAB. Par ailleurs, l'analyse de PatAB en présence de GTP et d'orthovanadate permettant maintenir l'interaction du GTP avec les domaines NDB de chaque sous-unité a montré qu'il était possible d'obtenir deux conformations. La première montre PatAB en conformation « inward-facing » et dépourvue du domaine NBD de PatA, conformation très proche de celle décrite avec les détergents. La deuxième montre une conformation de PatAB avec les deux NDB en interaction, sans pour autant mettre en évidence un changement de conformation au niveau du domaine transmembranaire. L'ensemble de ces résultats montre une grande flexibilité du domaine NBD de PatA et que celle-ci pourrait être modulée par certains facteurs physico-chimiques mettant en lumière un mode de fonctionnement et régulation inédit de PatAB.
par Zahraa OTHMAN (Acides nucléiques : Régulations Naturelles et Artificielles)
Cette soutenance a lieu le 19-12-2025 à 9h30 - EDST Université Libanaise, École Doctorale en Sciences et Technologie, Campus Universitaire de Rafic Hariri
devant le jury composé de
La région non traduite (UTR) de l'ARN messager (ARNm) dans les proto-oncogènes joue un rôle essentiel dans la régulation de l'expression génique. Ces UTR, situées aux extrémités 5' et 3' de l'ARNm, contiennent des éléments régulateurs qui influencent la traduction et la stabilité. Dans les proto-oncogènes, les UTR peuvent abriter des séquences régulatrices contrôlant l'expression des oncogènes correspondants. Une dérégulation des processus médiés par les UTR peut réduire la transformation oncogénique en affectant l'initiation de la traduction, les niveaux de production protéique, ou encore être la cible de microARNs, influençant ainsi la stabilité et la dégradation de l'ARNm. Comprendre la complexité de la régulation des UTR dans les proto-oncogènes est essentiel pour révéler les mécanismes à l'origine du développement du cancer et identifier de potentielles approches thérapeutiques. Dans cette proposition, nous souhaitons aborder cette problématique au niveau de la région 5'UTR du gène KRAS, où le laboratoire partenaire d'Udine a récemment découvert la formation de structures inhabituelles (G-quadruplexes) ciblées par des protéines régulatrices — observation également confirmée ici à Bordeaux par des méthodes biophysiques. Trois régions (UTR-1, UTR-C et UTR-Z) de l'extrémité 5' ont été identifiées comme cibles indépendantes de la protéine de liaison à l'ARN (RBP) hnRNPA1. Les résultats préliminaires obtenus par des tests biochimiques et biophysiques mettent en évidence une interaction régulatrice forte, particulièrement avec la région UTR-Z.
par Fanny DABRIN (Centre de Résonnance Magnétique des Systèmes Biologiques)
Cette soutenance a lieu le 15-12-2025 à 13h30 - Amphithéâtre Bailey IHU Liryc, Avenue du Haut Lévêque 33604 Pessac cedex
devant le jury composé de
Les ultrasons focalisés de hautes intensités ont la capacité de déposer de l'énergie localement et de façon non-invasive dans les tissus biologiques. Il est possible d'exploiter les effets mécaniques et/ou thermiques en fonction des paramètres ultrasonores utilisés. L'Imagerie de Résonance Magnétique (IRM) permet de planifier le traitement et de monitorer en temps réel la procédure. Cependant, la cage thoracique gêne la propagation des ultrasons et peut conduire à des échauffements importants des os, ce qui rend compliquée l'application de ces technologies sur les organes localisés derrière la cage thoracique. Dans ce travail de thèse, un dispositif HIFU expérimental compatible IRM permettant un abord intercostal a été utilisé et caractérisé. Pour compenser les pertes de focalisations liées au passage des ondes ultrasonores en milieu hétérogène, une technique de focalisation ultrasonore adaptative guidée par IRM a été implémentée et validée. Cette technique a été fortement accélérée par rapport à l'état de l'art et permet de corriger les aberrations de focalisation en plusieurs endroits à partir d'une seule mesure de calibration réalisée en quelques minutes. Ces développements technologiques sont une première phase vers le développement de traitements intercostaux non-invasifs guidés en temps réel par un monitoring quantitatif par IRM.
par Amel HADJ BOUZID (Centre de recherche Cardio-Thoracique de Bordeaux)
Cette soutenance a lieu le 19-12-2025 à 10h00 - amphitheatre lyric Hôpital Xavier Arnozan Avenue du Haut Lévêque 33600 Pessac
devant le jury composé de
Cette thèse se situe à l'interface de l'imagerie médicale, de l'intelligence artificielle et de la pneumologie clinique. Son objectif est de développer des outils de détection et de quantification volumétrique des anomalies structurelles des voies aériennes. La mucoviscidose est choisie comme pathologie modèle pour cette étude, compte tenu de la diversité et de l'intensité de ses atteintes pulmonaires visibles en imagerie. Le suivi quantitatif de cette atteinte est un enjeu clinique majeur complexifié par les limites des modalités d'imagerie actuelles : la tomodensitométrie (TDM), précise mais irradiante, et l'imagerie par résonance magnétique (IRM), non-irradiante mais dépourvue d'outils de quantification validés. L'objectif est de développer des biomarqueurs d'imagerie robustes pour ces deux modalités. Dans une première partie, nous développons et validons un outil robuste pour la TDM, modalité de référence. Nous proposons une méthode d'apprentissage profond basée sur un réseau 3D optimisé pour la segmentation sémantique holistique des anomalies structurelles des voies aériennes. L'enjeu est d'évaluer la validité clinique de cette approche quantitative, notamment sa corrélation avec les marqueurs de sévérité de la maladie et sa sensibilité à la réponse thérapeutique dans des cohortes de patients sous traitements. Enfin, nous évaluons la généralisation de notre approche TDM à d'autres maladies chroniques des voies aériennes présentant une symptomatologie similaire en imagerie, telles que le déficit en Alpha-1 Antitrypsine, afin d'établir son potentiel en tant qu'outil phénotypique transversal. Dans la seconde partie de cette thèse, nous abordons le défi de la quantification sur IRM, pour laquelle les méthodes de segmentation des lésions des voies aériennes sont quasi-inexistantes. Nous introduisons un agent d'apprentissage par renforcement pour adapter dynamiquement la stratégie d'apprentissage du réseau aux spécificités du signal IRM. L'objectif est de démontrer la faisabilité et la pertinence clinique de cette approche en tant qu'alternative non-irradiante. Enfin, la polyvalence de l'approche est démontrée par son application à la segmentation 3D d'images microscopiques dans un modèle murin d'asthme, validant son potentiel au-delà du cadre clinique initial.
par Camille DECHELETTE (Bioingénierie tissulaire)
Cette soutenance a lieu le 15-12-2025 à 9h00 - Amphithéâtre BBS Bâtiment Bordeaux Biologie Santé 2 Rue Dr Hoffmann Martinot 33000 Bordeaux
devant le jury composé de
Cette thèse avait pour objectif de développer un greffon de gencive bioimprimé en trois dimensions à partir d'une co-culture de cellules humaines, en s'appuyant sur une caractérisation fine des propriétés mécaniques de la muqueuse gingivale native et sur la mise au point d'une bioencre adaptée à l'ingénierie tissulaire. Dans une première étape, les propriétés viscoélastiques de la muqueuse palatine humaine et porcine ont été évaluées par rhéologie de cisaillement sous conditions physiologiques. Les échantillons ont également été analysés histologiquement afin de relier la composition tissulaire aux propriétés mécaniques mesurées. Les modules de cisaillement obtenus pour les deux espèces étaient comparables, suggérant que la muqueuse porcine constitue un modèle pertinent pour l'étude du comportement biomécanique de la gencive humaine. Ces résultats ont fourni des valeurs de référence essentielles pour le développement de matrices synthétiques biomimétiques. Dans une seconde étape, une bioencre cellulaire a été développée à partir de collagène méthacrylé (CollMA) et d'acide hyaluronique méthacrylé (HAMA). Les formulations ont été comparées selon leurs propriétés mécaniques, leur stabilité au cours du temps et leur capacité à soutenir la croissance cellulaire. La combinaison 0,5 % CollMA – 2,5 % HAMA a présenté les meilleures performances mécaniques et biologiques. Les hydrogels ont été ensemencés avec des fibroblastes gingivaux humains (hGF) et des cellules endothéliales (HUVEC) afin de promouvoir la formation de réseaux prévasculaires. L'ajout de peptides pro-angiogéniques (SVV et QK) a été testé pour améliorer la viabilité cellulaire et la stabilité des structures vasculaires. L'utilisation du peptide SVV seul a favorisé la viabilité et l'activité métabolique des cellules, ainsi que l'organisation de réseaux vasculaires stables au sein du matériau. Enfin, l'interaction entre les fibroblastes gingivaux et les cellules endothéliales a été étudiée en co-culture, à la fois en conditions bidimensionnelles et dans le construct bioimprimé optimisé. Ce greffon a ensuite été implanté en sous-cutané chez la souris pendant 28 jours afin d'évaluer sa biocompatibilité et sa capacité de remodelage. L'analyse histologique a mis en évidence une intégration progressive du greffon et une organisation tissulaire compatible avec un remodelage physiologique, notamment par la présence de structures vasculaires et de dépôts de matrice extracellulaire. Ces travaux ont permis d'établir les bases mécaniques, biologiques et technologiques nécessaires à la fabrication d'un substitut gingival bioimprimé. Le modèle proposé constitue une approche innovante, reproductible et potentiellement transférable vers des applications cliniques en chirurgie orale reconstructrice.
par Zahraa FAKIH (BoRdeaux Institute of onCology)
Cette soutenance a lieu le 18-12-2025 à 14h00 - Amphi BBS 2 rue Docteur Hoffman Martinot, Site Carreire, Bâtiment "Bordeaux Biologie Santé" (BBS) 33000, Bordeaux
devant le jury composé de
Le xeroderma pigmentosum de type C (XP-C) est une maladie autosomique récessive rare causée par un défaut du système de réparation par excision de nucléotides (NER), entraînant une hypersensibilité aux rayonnements ultraviolets (UV), une prédisposition précoce aux cancers cutanés et des anomalies pigmentaires marquées. Ces manifestations résultent principalement de la défaillance du facteur XPC, essentiel à la reconnaissance des lésions de l'ADN dans la NER globale (GG-NER). Toutefois, les mécanismes responsables des troubles pigmentaires dans le XP-C restent mal élucidés. Cette étude visait à comprendre comment la déficience en XPC contribue aux altérations pigmentaires aux niveaux cellulaire et moléculaire. L'analyse de biopsies cutanées de patients XP-C (SPT-I, II) a révélé des différences morphologiques entre zones hyper- et hypopigmentées. La microscopie électronique (TEM) a montré une abondance de polymélanosomes dans les régions hyperpigmentées, s'étendant jusqu'au stratum corneum, tandis que les zones hypopigmentées présentaient une diminution marquée des mélanosomes et une perte fréquente de mélanocytes, confirmée par immunofluorescence. Dans les deux types de zones XP-C, les kératinocytes contenaient des polymélanosomes plus volumineux que ceux des peaux témoins, bien que leurs mélanosomes individuels soient plus petits. In vitro, les mélanocytes primaires XPC-KO présentaient des niveaux basaux élevés de NRF2, suivis d'une diminution de NRF2 et d'une augmentation des espèces réactives de l'oxygène (ROS) après une exposition unique aux UVB. Sur le plan morphologique, la perte de XPC semblait influencer la dendricité de manière dépendante du phototype : une réduction a été observée chez les mélanocytes issus d'un donneur à phototype foncé, mais non chez ceux de phototype clair. Cependant, le contenu mélanique et l'expression des marqueurs pigmentaires (TYR, TRP1, PMEL-17) restaient comparables aux témoins, même après irradiation aiguë. En raison d'une dédifférenciation partielle des mélanocytes primaires, les cellules MNT1 ont été utilisées comme modèle complémentaire. Les cellules XPC-KO y exprimaient des marqueurs de la mélanogenèse (MITF, DCT, TRP1, TYR) et du transport mélanosomal (RAB27A, mélanophiline, myosine Va) similaires à ceux des témoins, y compris après irradiations chroniques UVA/UVB. De façon intéressante, les co-cultures ont révélé que les kératinocytes XPC-KO présentaient une surexpression marquée du récepteur PAR2, régulateur clé du transfert mélanosomal, lorsqu'ils étaient co-cultivés avec des mélanocytes témoins ou XPC-KO. Parallèlement, ces mélanocytes montraient une augmentation de RAB27A spécifiquement en présence de kératinocytes XPC-KO, suggérant que ces derniers pourraient sécréter des facteurs ou signaux de surface favorisant le transfert de mélanosomes. Ces résultats indiquent que les anomalies pigmentaires du XP-C ne résultent pas uniquement d'un dysfonctionnement intrinsèque des mélanocytes, mais impliquent aussi une communication altérée entre kératinocytes et mélanocytes. L'ensemble suggère que la protéine XPC pourrait jouer un rôle régulateur dans la pigmentation, au-delà de sa fonction canonique dans la réparation de l'ADN. Des travaux futurs examineront l'impact d'une exposition chronique aux UV sur ces interactions afin de mieux comprendre les déséquilibres pigmentaires observés chez les patients XP-C.
par Ghannaa SHAYYA (Bioingénierie tissulaire)
Cette soutenance a lieu le 18-12-2025 à 14h00 - Module 2.5 Bâtiment CROUS, Campus Carreire, 146 Rue Léo Saignat, 33000 Bordeaux
devant le jury composé de
Les implants dentaires sont utilisés en clinique depuis près de 5 décennies. Le succès de l'implant dentaire dépend de l'ostéointégration qui est la formation d'une connexion structurelle et fonctionnelle entre l'os et l'implant dentaire. Les échecs de l'ostéointégration à long terme nécessitent le développement d'un modèle de recherche pratique pour mieux comprendre ce processus. Sur la base d'une revue systématique réalisée durant cette thèse, nous avons montrés que les modèles 3D in vitro qui étudient l'intégration des implants dentaires sont peu nombreux et qu'ils manquent de caractérisation biologique et mécanique approfondie de l'ostéointégration. L'objectif principal de ce travail était de développer un modèle in vitro tridimensionel qui reproduise les caractéristiques biologiques et mécaniques de l'ostéointégration des implants dentaires. Le premier objectif était de développer et caractériser un modèle 3D in vitro basé sur un hydrogel minéralisé pour cultiver des cellules avec un potentiel de différenciation ostéogénique. Le deuxième objectif était d'incorporer cet hydrogel dans un scaffold poreux en acide polylactique (PLA) imprimé en 3D avec des implants dentaires pour évaluer leur ostéointégration. Pour le composant hydrogel du modèle, le collagène méthacrylé (ColMA) 0,2%, l'acide hyaluronique méthacrylé (HAMA) 0,5% et la gélatine méthacrylée (GelMA) 5% ont été testés. Tandis que GelMA5% a montré une viabilité cellulaire compromise après 5 semaines de culture, et ColMA 0,2% a montré une contraction importante, nous avons observé que la formulation ColMA 0,2%+HAMA 0,5% permettait un équilibre optimal entre viabilité cellulaire et stabilité du gel. Pour le composant cellulaire du modèle, trois « candidats cellulaires » ont été testés : SAOS-2, MC3T3-E1, et des MSCs immortalisées. SAOS-2 n'ont pas pu adhérer à l'hydrogel tandis que les cellules MC3T3-E1 et les MSCs immortalisées avaient une morphologie normale, étaient métaboliquement actives pendant 5 semaines et ont minéralisé le gel. Les MSCs immortalisées ont été choisies pour le modèle car ce sont des cellules humaines et qu'elles ont permis une minéralisation du gel plus important qu'avec les cellules MC3T3-E1. Il a été démontré que la culture de ces cellules dans un milieu ayant une concentration élevée en calcium accélérait la minéralisation initiée par les cellules. Le minéral était déposé sous forme de sphères avec une concentration élevée en calcium et phosphate. La différenciation ostéoblastique a également été démontrée par une augmentation de l'expression génique de l'ALP et de l'activité enzymatique. Le profilage protéomique a révélé une matrice extracellulaire riche en collagène avec enrichissement du collagène de type I. De plus, il y avait enrichissement des voies de signalisation impliquées dans la différenciation ostéoblastique. Lorsque ce modèle basé sur hydrogel a été intégré dans un scaffold PLA imprimé en 3D avec un implant dentaire, il a été démontré que les cellules pouvaient migrer, déposer la matrice, et initier la minéralisation sur la surface de l'implant dentaire. De plus, un test d'arrachement de l'implant a été spécifiquement développé pour le modèle afin de détecter les attachements initiés par les cellules en mesurant la force nécessaire pour retirer l'implant du modèle. Cette thèse décrit donc le développement d'un nouveau modèle 3D in vitro pour la recherche sur les implants dentaires utilisant un modèle osseux minéralisé basé sur hydrogel qui est entièrement caractérisé pour la différenciation ostéogénique et la minéralisation. De plus, ce modèle est le premier qui combine un scaffold polysynthétique imprimé en 3D et des cellules intégrées dans l'hydrogel pour effectuer des tests mécaniques d'ostéointégration in vitro. La polyvalence de ce modèle souligne son potentiel à révolutionner le criblage des implants dentaires en surmontant la faible complexité des modèles in vitro 2D et la variabilité interspécifique des modèles in vivo.
par Nabil DIB (Centre de recherche Cardio-Thoracique de Bordeaux)
Cette soutenance a lieu le 19-12-2025 à 16h00 - Salle de réunion 2 eme étage Avenue Magellan 33600 Pessac
devant le jury composé de
Les cardiopathies congénitales représentent les malformations congénitales majeures les plus fréquentes, touchant plus de 1 % des nouveau-nés. Les progrès chirurgicaux, de réanimation et d'imagerie ont permis à la majorité des enfants opérés d'atteindre l'âge adulte, constituant une nouvelle population aux enjeux spécifiques. Parmi les formes complexes, les cardiopathies univentriculaires nécessitent une palliation en plusieurs étapes menant à la circulation de Fontan. Décrite en 1971, cette procédure a transformé le pronostic de ces patients et ses variantes techniques visent à optimiser l'hémodynamique et réduire les complications. Malgré cela, elles sont nombreuses à persister : arythmies, événements thromboemboliques, protein-losing enteropathy, atteinte hépatique et insuffisance cardiaque terminale. Les résultats diffèrent selon la morphologie ventriculaire et le diagnostic initial, notamment dans le syndrome hypoplasique du cœur gauche (HLHS), qui reste de mauvais pronostic. La fenestration, conçue pour améliorer la tolérance hémodynamique précoce, apporte des bénéfices périopératoires mais son rôle à long terme demeure controversé, en particulier vis-à-vis des risques thromboemboliques et rythmiques. Dans ce travail issu d'une base de données multicentriques, nous avons évalué l'influence de la morphologie ventriculaire et du diagnostic initial sur la survenue d'évènements cardiovasculaires (arythmies, thromboses, transplantation, décès) et analyse l'effet de la fenestration sur le devenir à long terme. Par ailleurs, nous avons exploré l'impact du type de réparation anatomique (univentriculaire vs biventriculaire) sur les résultats de la transplantation cardiaque. Les résultats mettent en évidence le rôle déterminant de l'anatomie dans le pronostic, la vulnérabilité accrue des Fontan droit et des HLHS, ainsi que la complexité du suivi post-Fontan. Si la fenestration ne semble pas influencer de manière significative la mortalité globale, elle pourrait être associée à un risque accru d'arythmie ou de complications emboliques dans certains contextes. Enfin, la transplantation cardiaque reste l'ultime recours, avec une surmortalité précoce chez les univentriculaires, mais une survie conditionnelle équivalente à long terme. Ces travaux confirment la nécessité d'un suivi personnalisé, fondé sur la morphologie et le profil de risque des patients Fontan, et appellent à des études prospectives de grande ampleur afin d'optimiser les stratégies thérapeutiques, anticiper la transplantation et améliorer la qualité de vie de cette population en pleine croissance.
par Lina ALI (Institut de neurosciences cognitives et intégratives d'Aquitaine)
Cette soutenance a lieu le 17-12-2025 à 10h00 - Salle S2040 2 rue du Docteur Hoffmann Martinot, Batiment BBS, Campus Carreire, INCIA, 2ème étage, 33076, Bordeaux
devant le jury composé de
Dans le domaine du traitement du cancer, la radiothérapie interne vectorisée (RIV) représente une approche innovante et prometteuse. Elle repose sur l'utilisation de radioéléments adressés pour délivrer spécifiquement un rayonnement aux cellules tumorales, tout en épargnant les tissus sains. Le principe consiste à associer un isotope radioactif à une molécule biologique (peptides, anticorps ou autres ligands) possédant une forte affinité pour des récepteurs ou antigènes tumoraux. Les médicaments ainsi obtenus, appelés radiopharmaceutiques, peuvent être utilisés à des fins diagnostiques ou thérapeutiques, dans une approche dite « radiothéranostique ». Les radioisotopes peuvent être émetteurs β+ comme le 68Ga pour l'imagerie, ou émetteurs β- comme le 177Lu ou encore émetteurs α comme l'225Ac pour la thérapie. La RIV connaît un essor rapide. En effet, des radiopharmaceutiques sont déjà approuvés pour traiter certaines tumeurs, comme le [177Lu]Lu-DOTATATE ciblant les récepteurs de la somatostatine dans les tumeurs neuroendocrines métastatiques, ou le [177Lu]Lu-PSMA-617 utilisé pour cibler l'antigène membranaire spécifique de la prostate (PSMA) dans le cancer de la prostate métastatique résistant à la castration. Néanmoins, la personnalisation de la RIV suppose l'identification de nouveaux marqueurs tumoraux et le développement de radiopharmaceutiques adaptés. Dans ce contexte, ce travail s'est concentré sur des approches basées sur des neuropeptides ciblant les récepteurs de la neurotensine (NTS1), du peptide libérateur de gastrine (GRPR) et du neuropeptide Y (NPY, notamment Y5). La première partie de la thèse a porté sur l'optimisation de radiopharmaceutiques dérivés de la neurotensine pour mieux sélectionner les patients éligibles à la RIV. L'impact du choix du radioélément et/ou du chélateur sur les propriétés de liaison d'une série de nouveaux peptides ciblant NTS1 a été évalué. Le radiomarquage a été optimisé avec le 68Ga, le 18F et le 64Cu. Des études in vitro ont permis de caractériser leur affinité pour NTS1, leur internalisation et leur excrétion hors des cellules, puis les candidats les plus prometteurs ont été validés in vivo chez les souris. Par ailleurs, un mécanisme inédit d'internalisation des radiopharmaceutiques NTS1 a été mis en évidence (brevet en cours). Dans une perspective thérapeutique, un émetteur d'électrons Auger pur, le 103Pd, a été conjugué à un analogue de la neurotensine via un chélateur innovant, et évalué in vitro et in vivo. Enfin, l'expression de NTS1 a été étudiée dans le cancer rénal primitif et comparée à celle du PSMA et d'autres récepteurs de neuropeptides (dont Y5), afin d'élargir les perspectives théranostiques. La deuxième partie a exploré le potentiel du GRPR. L'antagoniste RM2 a déjà montré un intérêt en imagerie et en thérapie, mais aucun radiopharmaceutique ciblant le GRPR marqué au 18F n'est disponible. Nous avons donc introduit le 18F dans la structure du RM2 via la stratégie [18F]AlF-RESCA, puis comparé les propriétés de liaison de ce nouvel analogue avec différents radionucléides (68Ga et 177Lu). Ces travaux ont permis d'évaluer l'influence du remplacement du radioélément sur les caractéristiques de liaison du peptide. Le dernier chapitre a été consacré aux analogues du NPY ciblant le récepteur Y5. Différentes générations ont été développées et testées et leurs propriétés de liaison ont également été étudiées in vitro ainsi qu'in vivo. L'implication de Y5 dans le cancer, notamment pour l'imagerie tumorale et la RIV, a été la plus difficile à évaluer en raison de l'absence de littérature. En conclusion, ce travail de recherche vise à faire progresser la RIV pour un traitement personnalisé du cancer.
par Ferial KHALIFE (BoRdeaux Institute of onCology)
Cette soutenance a lieu le 17-12-2025 à 14h00 - Module 1.1 Université de Bordeaux, campus Carreire, bâtiment CROUS, 1er étage 146 Rue Léo Saignat, 33000 Bordeaux
devant le jury composé de
La modification des activités métaboliques constitue une étape cruciale dans la progression du cancer, et plusieurs approches thérapeutiques ciblant le métabolisme sont de plus en plus proposées pour les tumeurs humaines. Cependant, des données émergentes mettent en évidence une hétérogénéité métabolique inter-patients et soulignent l'importance du phénotypage métabolique dans le traitement du cancer. Dans cette étude, nous avons dressé le profil métabolique d'échantillons humains de cSCC à différents stades de la carcinogenèse et identifié trois sous-groupes présentant des scores métaboliques faibles, moyens ou élevés — y compris au stade précancéreux. Nous avons ensuite examiné l'impact de cette hétérogénéité métabolique sur la réponse des cSCC aux inhibiteurs de la dihydroorotate déshydrogénase (DHODH), une enzyme clé de la biosynthèse de novo des pyrimidines. En utilisant des modèles de xénogreffes dérivées de patients (PDX), nous avons montré que l'efficacité des inhibiteurs de la DHODH est corrélée au score métabolique, soulignant son potentiel comme biomarqueur prédictif de la réponse au traitement. Pour évaluer plus avant le potentiel thérapeutique de l'inhibition de la DHODH, nous avons étudié l'efficacité de deux inhibiteurs de la DHODH, le léflunomide et le PTC299, chez des souris immunodéprimées xénogreffées avec les lignées cellulaires A431 et SCC13. Nos résultats montrent que le léflunomide inhibe significativement la croissance tumorale uniquement dans les xénogreffes dérivées d'A431, tandis que le PTC299 supprime la croissance tumorale à la fois dans les modèles SCC13 et A431. Ces résultats soulignent la pertinence du profilage métabolique dans la conception de stratégies thérapeutiques ciblant les vulnérabilités bioénergétiques des tumeurs. Ils suggèrent également que la DHODH pourrait constituer une cible thérapeutique prometteuse, du moins pour un sous-groupe de cSCC. De plus, nos données suggèrent que le PTC299 pourrait offrir un bénéfice thérapeutique plus large en contournant potentiellement les mécanismes de résistance associés à la plasticité métabolique.
par Lucile ROUYER (BoRdeaux Institute of onCology)
Cette soutenance a lieu le 17-12-2025 à 14h00 - Amphithéâtre BBS Batiment Bordeaux Biologie Santé (BBS) 2 rue du docteur Hoffmann Martinot 33000 Bordeaux
devant le jury composé de
Le microenvironnement tumoral joue un rôle central dans la progression du cancer, notamment au travers d'interfaces entre les cellules cancéreuses et leur environnement immédiat. Ces interfaces influencent directement le comportement des cellules tumorales, notamment la prolifération, la migration et l'invasion. Au cours de ma thèse, j'ai étudié deux types d'interfaces : l'interface collagène/cellules cancéreuses et l'interface cellules épithéliales normales/cellules cancéreuses. La première partie de cette thèse a été consacrée à l'étude de l'interface collagène/cellules cancéreuses de cancer du sein triple négatif (TN) via des structures membranaires nommées « collagen-tracks ». Lors de la migration cellulaire, les cellules cancéreuses déposent des vésicules riches en récepteurs d'adhésion ainsi qu'en microARN sur la matrice de collagène de type I. Ces collagen-tracks permettent aux cellules les plus agressives de transmettre leurs propriétés invasives à d'autres cellules moins agressives, après internalisation. Ce travail met ainsi en évidence un nouveau mécanisme local de communication intercellulaire, au niveau de l'interface collagène/cellules cancéreuses, favorisant la dégradation de la matrice extracellulaire, une étape clé de la progression du cancer. La deuxième partie de cette thèse s'intéresse à l'interface cellules épithéliales normales/cellules cancéreuses dans le carcinome hépatocellulaire (CHC). J'ai établi un modèle 3D dynamique reproduisant cette interface. Ce modèle permet d'analyser l'évolution des interactions entre cellules normales et tumorales au cours de la prolifération et de l'invasion cellulaire, offrant ainsi un outil pertinent pour mieux comprendre ces mécanismes impliqués dans la progression tumorale.
par Marine NAVARRO (MycSA - Mycologie et Sécurité des Aliments)
Cette soutenance a lieu le 19-12-2025 à 14h00 - Amphithéâtre C & J Bové Centre INRAE - Amphithéâtre C & J Bové 71 Avenue Edouard Bourlaux 33140 Villenave d'Ornon
devant le jury composé de
Le genre Fusarium comprend plus de 80 espèces phytopathogènes responsables de la fusariose de l'épi (FHB), une maladie céréalière dévastatrice à l'échelle mondiale. La FHB provoque des pertes économiques importantes et des risques sanitaires liés à la production de mycotoxines, molécules thermostables toxiques pour l'homme et les animaux, si elles sont ingérées. La FHB résulte de l'interaction de plusieurs espèces de Fusarium, dont jusqu'à seize espèces différentes. Des études récentes ont montré que le stade d'infection et la production de mycotoxines sont influencés par des interactions intra-microbiennes médiées par un dialogue moléculaire dont les microARNs (miARN). Les miARNs sont de petits ARN non codants, de 18 à 25 nucléotides, qui induisent le silençage génique post-transcriptionnel, dont leur abondance et leur nature est influencé par divers facteurs tels que le stade de développement et les interactions microbiennes. Considérant l'importance des miARNs dans l'interaction entre les microorganismes, cette thèse s'intéresse à étudier les mécanismes moléculaires impliqués dans la communication inter et intra-espèces, avec un volet exploratoire sur les interactions entre F. graminearum et des bactéries du phyto-pathosystème. Les objectifs sont de 1) décrire les changements morphologiques et moléculaires qui accompagnent les interactions entre Fusaria, 2) d'explorer le rôle de miRNAs fongiques et 3) de décrire les changements transcriptionnels qui accompagnant des interactions F. graminearum/bactéries. Des confrontations in vitro ont été réalisées entre F. graminearum et plusieurs Fusaria. Les analyses macroscopiques et par microscopie confocale ont montré peu de modifications lors des interactions intra-espèces. Au contraire, les interactions inter-espèces ont révélé une inhibition de croissance des souches confrontées à F. graminearum, une augmentation de sa sporulation et des variations pigmentaires traduisant un remaniement métabolomique suggérant une relation compétitive établie entre les Fusaria. Une approche multi-omique combinant mRNA-seq, smRNA-seq et métabolomique non ciblée a permis d'identifier 934 miARNs fongiques, dont 441 validés in silico. Des miARNs « signature » d'une interaction spécifique et différentiellement exprimés en confrontation ont été mis en évidence. L'intégration des données transcriptomiques et métabolomiques suggère que certains miARNs pourraient moduler la défense ou l'attaque lors des interactions inter-espèces, tandis que des oxylipines et autres métabolites secondaires semblent jouer le rôle de médiateurs chimiques de communication. Les interactions inter-espèces induisent des stress nutritifs et oxydatifs ainsi qu'une augmentation de la production de mycotoxines, contrastant avec des interactions intra-espèces relativement neutres. L'étude de la biogenèse des miARNs a identifié, in silico, des protéines AGO et DCL dont l'architecture des domaines protéiques suggère des fonctions conservées mais avec des variations de séquences protéiques pouvant indiquer des spécialisation de chargements de miARNs. L'expression des gènes Ago et Dcl est dynamique au cours du temps et est stimulée lors des interactions, corroborant le rôle des miARNs dans la régulation génique. Enfin, les confrontations avec des bactéries du blé ont nécessité le développement d'un dispositif 3D pour standardiser la zone d'interaction. Lors de ces interaction, F. graminearum a présenté une inhibition de sa croissance, des variations pigmentaires et une modulation de la production de mycotoxines selon la souche bactérienne rencontrée, révélant un dialogue moléculaire dynamique et spécialisé. Ainsi, ces travaux fournissent des clés sur la régulation des miARNs chez Fusarium et leur rôle de régulateurs géniques lors des interactions. Les interactions entre F. graminearum et d'autres partenaires microbiens est très complexe, spécifique à la souche rencontrée et dynamique au cours du temps.
par Maxime LEFRANC (Microbiologie fondamentale et Pathogénicité)
Cette soutenance a lieu le 15-12-2025 à 14h00 - Salle de conférence Bâtiment CARF : Centre d'Appui à la Recherche et de Formation 146 rue Léo Saignat 33000 Bordeaux
devant le jury composé de
Les échinocandines (caspofungine, micafungine, anidulafungine) représentent la première classe d'antifongique ciblant la paroi cellulaire fongique. Ces inhibiteurs non compétitifs de la β-(1,3)-D-glucane synthase altèrent l'intégrité de la paroi, entraînant une lyse osmotique des cellules fongiques. Leur excellent profil de tolérance, le faible nombre d'interactions médicamenteuses, leur activité fongicide marquée vis-à-vis des Candida spp., font qu'elles se sont imposées comme le traitement de première ligne des candidoses invasives chez la plupart des patients. Leur consommation a donc fortement augmenté ces dernières années et des résistances associées à l'acquisition de mutations ponctuelles dans les régions «Hot-Spot» des gènes FKS, codant pour la β-1,3-D-glucane synthase, ont été rapportées. Ces mutations diminuent l'affinité des échinocandines pour leur cible et sont aussi à l'origine d'une modification de la composition pariétale, avec une diminution du β-1,3-D-glucane compensée par une augmentation de la chitine. La synthèse de chitine est régulée directement et indirectement par plusieurs voies de signalisation, notamment les voies CWI (Cell Wall Integrity), HOG (High Osmolarity Glycerol), calcineurine et TOR (Target Of Rapamycin). L'objectif de ce travail était d'explorer l'implication de ces voies de signalisation dans la résistance à la caspofungine dans notre modèle d'étude, Candida lusitaniae. Les principales mutations de résistance FKS1, ainsi qu'une mutation FKS1 décrite pour la première fois par notre laboratoire, identifiées chez des isolats cliniques de Candida spp., ont été introduites dans le gène FKS1 de C. lusitaniae dans un fond isogénique. Ces mutations confèrent non seulement une résistance in vitro à toutes les échinocandines, mais entraînent également une activation constitutive de la voie CWI. Cette activation se traduit par une surexpression du gène MKC1, codant pour la principale kinase de la voie CWI, la kinase Mkc1p, retrouvée plus abondamment sous forme phosphorylée chez les souches mutées même en absence de caspofungine. La délétion de MKC1 restaure partiellement ou totalement la sensibilité à la caspofungine chez les souches mutées FKS1, démontrant pour la première fois le rôle central de la voie CWI dans la résistance aux échinocandines. De même, la délétion de CNB, codant pour une sous-unité régulatrice de la calcineurine, accroît la sensibilité à la caspofungine chez les souches mutées FKS1. A l'inverse, la délétion de HOG1, codant pour une kinase de la voie HOG, n'a pas d'effet sur la sensibilité à la caspofungine. L'inhibition pharmacologique des voies calcineurine et TOR (par le tacrolimus et le sirolimus, respectivement) restaure également la sensibilité à la caspofungine, avec un effet synergique lorsque ces inhibiteurs sont combinés à la caspofungine, même chez des souches résistantes à cet antifongique. Ces synergies, largement dépendantes de la protéine Fpr1p, récepteur cellulaire commun au tacrolimus et au sirolimus, confirment l'implication des voies calcineurine et TOR dans la résistance à la caspofungine. En résumé, nous démontrons dans ce travail que les mutations FKS1 étudiées miment phénotypiquement les effets d'un traitement par échinocandines : diminution de la synthèse de β-1,3-D-glucane, stress pariétal et activation constitutive de voies de signalisation de secours. Ces mutations apparaissent donc à la fois comme des mutations d'affinité, altérant la liaison drogue-enzyme, et comme des mutations de perte de fonction, compromettant l'activité catalytique intrinsèque de la β-1,3-D-glucane synthase même en l'absence d'échinocandine. L'inhibition des voies CWI, calcineurine ou TOR, qui potentialise l'effet antifongique de la caspofungine y compris en présence de mutations de résistance, suggère une régulation complexe de la résistance aux échinocandines chez les levures du genre Candida.
par Jitra-Marie JITTASEVI (BFP - Biologie du Fruit et Pathologie)
Cette soutenance a lieu le 17-12-2025 à 14h00 - Amphithéâtre de l'Institut des Sciences de la Vigne et du Vin Institut des Sciences de la Vigne et du Vin 210 Chemin de Leysotte 33140 Villenave-d'Ornon
devant le jury composé de
L'un des objectifs de la biologie de synthèse est de déterminer les fonctions essentielles à la vie pour reconstituer une cellule artificielle. Pour cela, les Mollicutes sont un bon modèle d'étude. Ces bactéries aux génomes réduits sont les plus petits organismes vivants capables d'autoréplication en dehors d'un hôte, ce qui leur vaut le nom de cellule minimale. La transplantation de génomes entiers (TG) est une technique qui permet d'isoler et modifier spécifiquement un génome donneur d'une espèce A en passant par un hôte intermédiaire, la levure. Ensuite, le génome est transféré dans le cytoplasme d'une espèce B, la cellule receveuse. Après sélection, le compartiment cellulaire B acquiert l'identité génétique et phénotypique du génome donneur A. Cette méthode est révolutionnaire pour la construction de cellules synthétiques. Elle fournit un cadre pour explorer les mécanismes fondamentaux régissant les interactions moléculaires essentielles au traitement de l'information génétique. Cependant, la TG est restreinte à une dizaine de génomes donneurs de Mollicutes dans la cellule receveuse Mycoplasma capricolum ssp. capricolum (Mcap). Son extension à d'autres espèces est limitée par une compréhension insuffisante de ses mécanismes. Il a été proposé que l'efficacité de TG diminue avec l'augmentation de la distance phylogénétique entre génome donneur et cellule receveuse, suggérant l'existence de paramètres génétiques et biochimiques assurant leur compatibilité. Ce projet de thèse proposait d'identifier de tels facteurs et de mieux décrire les mécanismes de TG. D'abord, nous avons visé à caractériser le comportement des machineries moléculaires qui permettent l'initialisation (boot-up) d'un génome dans un compartiment cellulaire. Nous avons proposé que la capacité de la receveuse à transcrire le génome donneur est un facteur précoce essentiel au boot-up. Nous avons conçu deux stratégies complémentaires pour étudier le rôle de la transcription dans la TG du génome de Mesoplasma florum dans Mcap. Premièrement, pour caractériser les interactions entre deux machineries de transcription dans un même contexte cellulaire, nous avons exprimé de façon hétérologue les cinq sous-unités protéiques de l'ARN polymérase (ARNP) de M. florum dans Mcap. Lorsque les ARNP des deux espèces sont exprimées simultanément, nous avons observé la mutation des séquences codant les sous-unités catalytiques RpoBMfl et RpoCMfl de M. florum. En parallèle, pour évaluer la compatibilité entre un génome et l'ARNP qui l'exprime, nous avons remplacé les séquences codantes de l'ARNP de Mcap par celles de M. florum. Mcap est viable lorsqu'elle exprime uniquement l'ARNP de M. florum ainsi que plusieurs combinaisons hybrides, mais l'efficacité de TG de M. florum n'augmente pas significativement. Nous avons aussi confirmé l'incompatibilité de RpoB/RpoCMfl avec le reste de l'ARNP de Mcap. Nous en déduisons que la formation de machineries hybrides lors du boot-up est délétère et réduit la probabilité de sélectionner un génome donneur viable. Dans un second volet de la thèse, nous avons étudié les facteurs permissifs à la TG d'une nouvelle espèce (Mycoplasma bovis), qui a été établie pour la première fois. La caractérisation génotypique et protéomique du clone produisant les meilleurs rendements ont révélé des particularités génétiques pouvant être impliquées dans la TG. En particulier, l'inactivation d'une nucléase de surface (MnuA) ainsi que la dérégulation du cluster de la division cellulaire via l'inactivation de FtsZ ont été identifiés comme favorables à la TG. En conclusion, ces travaux de thèse ont permis de renforcer le modèle de la TG et d'orienter les futures études de ses mécanismes. Ils signalent l'occurrence potentielle d'interférences dans l'ensemble des processus cellulaires exprimés simultanément par les deux génomes au moment du boot-up, et appuient l'importance des modalités d'entrée du génome donneur dans la cellule receveuse.
par Pauline SAINT-CHARLES (Immunologie Conceptuelle, Expérimentale et Translationnelle)
Cette soutenance a lieu le 17-12-2025 à 14h00 - Amphithéâtre ENSTBB ENSTBB-Bordeaux INP 146 Rue Léo Saignat, 33000 Bordeaux
devant le jury composé de
L'augmentation de l'espérance de vie dans la population générale, portée par les progrès médicaux et technologiques, s'accompagne d'un vieillissement démographique. En parallèle, l'introduction des thérapies antirétrovirales (ART) efficaces depuis 1996 a transformé l'infection par le VIH en maladie chronique, permettant aux personnes vivant avec le VIH (PVVIH) d'atteindre une espérance de vie similaire à la population générale. Ce double phénomène entraîne des enjeux majeurs de santé publique concernant la prise en charge du vieillissement et la protection contre les maladies infectieuses. Les personnes âgées, et particulièrement les PVVIH, constituent une population à risque accru de complications infectieuses. Dans ce contexte, l'adaptation des stratégies vaccinales et des calendriers vaccinaux est une nécessité. Toutefois, l'efficacité vaccinale se trouve limitée par l'immunosénescence, processus biologique caractérisé par des altérations progressives du système immunitaire liées à l'âge. La compréhension des dynamiques cellulaires impliquées dans ce vieillissement immunitaire est donc indispensable pour optimiser la vaccination et renforcer la protection des populations vieillissantes, qu'elles vivent avec le VIH ou non. Dans ce cadre, les analyses se sont concentrées sur deux cohortes afin de caractériser la réponse cellulaire vaccinale et particulièrement la réponse Th1, qui est impliquée dans l'initiation de la réponse cytotoxique, nécessaire au contrôle de la réplication virale. Nous avons également étudié la composante circulante des lymphocytes T folliculaires auxilliaires afin l'associer avec la réponse anticorps vaccin-spécifique. Enfin, nous avons procédé à des tests fonctionnels ex vivo et l'étude de marqueurs de sénescence par cytométrie en flux afin de lier une potentielle altération de la réponse vaccinale cellulaire avec l'état de sénescence. Premièrement, nous avons réalisé ces analyses sur la cohorte Vaccines and Infectious Diseases in the Ageing Population (VITAL), composée de personnes âgées de 25 à 98 ans, vaccinées contre la grippe. Ces travaux rentrent le cadre d'un consortium européen où plusieurs équipes en France, Pays-Bas, Danemark, Autriche, Italie, Espagne sont impliquées. Deuxièmement, la cohorte SHINGR'HIV est constituée de PVVIH âgés vaccinés contre le zona (en utilisant le vaccin recombinant Shingrix [GSK] qui n'a pas été étudié chez cette population).
par Vianney SALVI (Institut de neurosciences cognitives et intégratives d'Aquitaine)
Cette soutenance a lieu le 16-12-2025 à 14h00 - Amphithéâtre BBS Batiment Bordeaux Biologie Santé, 2 Rue Dr Hoffmann Martinot, 33000, Bordeaux
devant le jury composé de
L'organisation du cortex cingulaire (CC) a fait l'objet d'études approfondies, soulignant son rôle central dans la régulation de l'arousal, le contrôle moteur et la cognition. L'une des voies anatomiques clefs par lesquelles le cortex cingulaire influence le comportement est sa connexion au locus coeruleus (LC), un noyau du tronc cérébral responsable de la libération de la noradrénaline (NA) au niveau du système nerveux central. Malgré ces connexions, l'organisation anatomo-fonctionnelle des sous-régions du CC dans la modulation de l'activité LC-NA reste largement inexplorée. Cette thèse étudie les circuits cingulo-cœruléens (CC-LC) chez le rongeur et l'humain en utilisant la réponse évoquée pupillaire (REP) comme index, non-invasif, de l'activité du système LC-NA. Chez les rongeurs, la stimulation intra-corticale des différentes aires du CC a révélé que les sous-régions antérieures (ACC) et médianes (MCC) provoquaient une dilatation pupillaire, accompagnée de rares effets sur les autres variables du système nerveux autonome. L'amplitude de la REP a montré une augmentation suivant un double gradient : caudo-rostral et dorso-ventral. Ces REP disparaissent à la suite de la destruction des terminaisons NA du LC par une neurotoxine spécifique (DSP-4), confirmant leur dépendance à l'activation noradrénergique du LC. Ces résultats suggèrent une subdivision fonctionnelle claire du CC des rongeurs dans sa capacité à recruter le LC. Afin d'étudier l'existence de cette organisation chez l'Homme, nous avons utilisé une technique de stimulation non-invasive, la stimulation magnétique transcrânienne (SMT), en ciblant des sous-régions homologues du CC chez des sujets sains. La SMT a provoqué des REP, dépendantes de l'intensité, au niveau du cortex cingulaire antéro-médian (aMCC) et antérieur prégenual (pACC) produisant respectivement des réponses phasiques ou prolongées. Les effets sur le système nerveux autonome se sont montrés, quant à eux, non-spécifiques des sous-régions stimulées. Les stimulations intra-corticales chez l'homme (patients épileptiques) ont confirmé ces résultats, montrant des REP significatives sans activation du système nerveux autonome. Ces résultats démontrent l'existence, comme chez le rongeur, de différents circuits CC-LC probablement en lien avec des spécialisations fonctionnelles. Enfin, nous avons mis en évidence l'impact des stimulations du CC chez les sujets sains, améliorant les performances comportementales lors d'une tâche visuo-motrice simple. L'ensemble de ces résultats confirme que la REP constitue un biomarqueur non-invasif permettant l'étude des circuits CC-LC et ouvre de nouvelles voies pour étudier son rôle dans la régulation de l'arousal, des fonctions motrices et cognitives en conditions normales comme pathologiques.
par Soukaina ES-SAFI (Institut de neurosciences cognitives et intégratives d'Aquitaine)
Cette soutenance a lieu le 18-12-2025 à 9h00 - Amphithéâtre BBS Bâtiment BBS, 2 rue du Dr Hoffmann-Martinot, 33000 Bordeaux
devant le jury composé de
Les antidépresseurs (AD) actuels présentent une efficacité limitée et nécessitent généralement un délai d'action de trois à six semaines. Il a été montré que l'augmentation de la plasticité synaptique dans le gyrus denté (GD) de l'hippocampe pouvait induire un effet antidépresseur rapide et robuste. Dans ce contexte, les agonistes des récepteurs de la sérotonine de type 4 (5-HT4R) apparaissent comme une piste prometteuse pour le développement de nouveaux AD à action rapide. Le but de cette thèse était d'examiner le rôle des 5-HT4R dans la modulation de la plasticité synaptique hippocampique au sein du GD. Cependant, les agonistes des 5-HT4R augmentent l'activité centrale des neurones à sérotonine (5-HT) via une « boucle de rétroaction longue » provenant du cortex préfrontal médian (mPFC), stimulant indirectement d'autres types de récepteurs 5-HT dans l'hippocampe y compris dans le GD. Afin de dissocier les effets directs de l'activation des 5-HT4R dans les neurones du GD de leurs effets indirects médiés par le mPFC, nous avons d'abord mis au point un outil de biologie moléculaire basé sur des ARN interférents de type shRNA exprimés par des lentivirus (shRNA-LV), et permettant d'inhiber l'expression des 5-HT4R dans le mPFC. Cet outil a été validé à l'aide de la technique de microdialyse intracérébrale in vivo, qui a permis de montrer que la stimulation des 5-HT4R n'est plus capable de provoquer une augmentation de la libération de 5-HT dans l'hippocampe des animaux injectés avec le shRNA-LV. Ensuite, grâce à la technique de l'électrophysiologie extracellulaire in vivo, nous avons étudié l'effet de l'agoniste sélectif des 5-HT4R, le prucalopride sur la potentialisation à long terme (LTP) induite dans le GD après une stimulation à haute fréquence (HFS) de la voie perforante (VP) chez des rats anesthésiés. La LTP a été évaluée sur la base des potentiels de champ (Fields) et des populations de potentiels d'action (PS) des cellules granulaires du GD. Nos résultats montrent que le traitement aigu au prucalopride chez des rats naïfs, réduit le taux de réussite de la LTP pour les Fields et les PS par rapport aux témoins, sans affecter significativement l'amplitude de la LTP pour ces deux types de signaux. Chez les rats injectés avec les shRNA-LV et ayant reçu un traitement aigu au prucalopride, cette diminution est rétablie aux niveaux témoins pour les Fields et les PS, sans modification de l'amplitude de la LTP. Le traitement subchronique de trois jours avec le prucalopride chez des rats naïfs, réduit de nouveau le taux de réussite de la LTP pour les Fields, sans modifier son amplitude. En revanche, le taux de réussite de la LTP pour les PS est resté le même que celui observé après le traitement aigu, mais son amplitude a diminué significativement, et de manière importante. Chez les rats injectés avec les shRNA-LV ayant reçu le même traitement, le taux de réussite de la LTP pour les Fields est restauré, et on observe une tendance à l'augmentation de leur amplitude par rapport aux animaux témoins en fin de cinétique Dans l'ensemble, ces résultats supportent l'implication des 5-HT4R dans la modulation de la plasticité synaptique dans le GD. L'activation de ces récepteurs au sein du mPFC altère l'induction de la LTP, un effet qui peut être restauré par la suppression de leur expression. Mots clés : Récepteurs de la sérotonine de type 4, potentialisation à long terme, antidépresseurs à action rapide, cortex préfrontal médian, gyrus denté, ARN interférent.
par Viviana VILLICANA MUNOZ (Institut Interdisciplinaire de Neurosciences)
Cette soutenance a lieu le 18-12-2025 à 10h30 - Amphi Centre Broca Nouvelle-Aquitaine 146 Rue Léo Saignat, 33076 Bordeaux Cedex
devant le jury composé de
La potentialisation à long terme (LTP) et la dépression à long terme (LTD) sont des processus fondamentaux de la plasticité synaptique qui sous-tendent les modifications durables de la force synaptique et constituent la base cellulaire de l'apprentissage et de la mémoire. L'équilibre entre ces deux formes de plasticité est essentiel au développement neuronal, car il affine les connexions et permet la formation de réseaux efficaces. Durant les périodes critiques du développement, la LTD agit comme un filtre signal/bruit qui améliore l'efficacité des circuits par des mécanismes tels que l'élagage synaptique. L'une des formes majeures de LTD aux synapses excitatrices est médiée par les récepteurs du N-méthyl-D-aspartate (NMDAR), qui déclenchent des cascades intracellulaires entraînant la régulation négative des récepteurs AMPA. Parallèlement, les synapses excitatrices expriment des récepteurs couplés aux protéines G (GPCR) activés par des neuromodulateurs comme la dopamine, la sérotonine ou l'histamine, notamment dans l'hippocampe, où ils jouent un rôle clé dans la modulation de la plasticité synaptique. Comprendre leurs interactions est crucial pour élucider les mécanismes qui régulent la physiologie synaptique. Ma thèse porte sur la voie inhibitrice couplée à la protéine Gi/o (iGPCR) — en particulier les récepteurs dopaminergiques, sérotoninergiques et histaminergiques — afin d'explorer leurs interactions intracellulaires et leurs effets synergiques potentiels avec les NMDAR dans l'induction de la LTD hippocampique. Nous avons établi une relation causale entre la LTD dépendante des NMDAR et l'élagage synaptique grâce à une induction chimique de LTD, confirmée par des analyses électrophysiologiques et protéiques, et caractérisé les environnements synaptiques les plus vulnérables à cet élagage. J'ai ensuite évalué si une activation sous-seuil des NMDAR, insuffisante pour induire la LTD, pouvait être potentialisée par l'activation de GPCR inhibiteurs tels que le récepteur dopaminergique D2 (D2R), le récepteur sérotoninergique 5-HT1A et le récepteur histaminergique H3. Le D2R a montré une synergie constante avec les NMDAR pour restaurer la LTD et favoriser l'élagage synaptique, contrairement aux autres GPCR testés. L'activation des récepteurs D2R, 5-HT1A et H3 modifiait également la cinétique des courants AMPA et induisait un élagage synaptique, des effets partiellement inversés par une activation sous-seuil des NMDAR dans les systèmes sérotoninergique et histaminergique. Ces résultats suggèrent l'implication de voies non canoniques médiées par les sous-unités βγ des GPCR dans l'interaction intracellulaire avec la signalisation NMDAR. L'organisation nanoscopique des récepteurs constitue un marqueur essentiel de la transmission synaptique. J'ai donc utilisé la microscopie de reconstruction optique stochastique directe (dSTORM) pour étudier la distribution du D2R. Grâce à un fragment Fab ciblant sa boucle extracellulaire, j'ai révélé que ces récepteurs forment des amas au sein de nanodomaines des épines dendritiques et se colocalisent avec des marqueurs postsynaptiques. Ces travaux affinent la compréhension du contrôle neuromodulateur de la LTD et de la plasticité structurelle. Ils soulignent le rôle clé des récepteurs dopaminergiques dans des conditions d'hypofonction des NMDAR au cours du développement et suggèrent qu'ils pourraient représenter des cibles thérapeutiques potentielles dans certains troubles neurodéveloppementaux, tels que l'autisme.
par Léandre LAVENU (Institut de neurosciences cognitives et intégratives d'Aquitaine)
Cette soutenance a lieu le 19-12-2025 à 14h00 - Amphi Centre Broca Nouvelle-Aquitaine 146 Rue Léo Saignat, 33076 Bordeaux Cedex
devant le jury composé de
Chez les vertébrés, le contrôle de la posture corporelle implique largement les réflexes d'origine vestibulaire. Les voies vestibulospinales excitatrices qui sous-tendent ces réflexes ont été décrites chez de nombreuses espèces et présentent d'importantes similitudes inter- espèces. Leur organisation anatomique est bilatérale : leur origine sont des neurones vestibulaires secondaires, localisés de part et d'autre du tronc cérébral dans deux noyaux vestibulaires centraux bilatéraux qui projettent sur les réseaux moteurs spinaux, l'un du côté ipsilatéral de la moelle épinière, l'autre dans l'hémi-moelle controlatérale. Ainsi, un signal vestibulaire unilatéral devrait résulter en l'expression simultanée de réponses motrices spinales bilatérales, ce qui ne correspondrait pas au réflexe fonctionnel réellement produit. Il en découle l'existence d'un mécanisme de contrôle des voies vestibulospinales excitatrices. Nous avons émis l'hypothèse d'un rôle prépondérant des réseaux de neurones vestibulaires secondaires inhibiteurs dans l'orchestration du réflexe vestibulospinal, quelle que soit la complexité des réflexes posturaux observés. Afin de démontrer ce rôle, nous nous sommes intéressés à deux espèces distinctes, présentant des biomécaniques posturales de complexité croissante : la forme larvaire puis la forme juvénile d'un Amphibien (le xénope Xenopus laevis) et un Mammifère adulte (la souris Mus musculus). Par l'utilisation de diverses techniques anatomiques, nous démontrons (ou confirmons) l'existence de neurones vestibulaires secondaires locaux et commissuraux de nature GABAergique et glycinergique au sein des noyaux vestibulospinaux, avec des proportions distinctes en fonction du stade de développement et de l'espèce considérée. Par une approche électrophysiologique sur préparation semi-isolée de larve de xénope, nous avons étudier la fonction de ces réseaux inhibiteurs locaux et commissuraux quant à la modulation de l'expression des réflexes spinaux fictifs, en réponse à la mise en jeu des afférences vestibulaires comme à la stimulation électrique directe des noyaux vestibulospinaux. Nous décrivons précisément les effets de chacun des deux systèmes de neurotransmetteurs ainsi que leur interaction sur la forme de la réponse spinale. Par une approche comportementale chez la souris, reposant sur l'inactivation optogénétique des neurones GABAergiques du noyau vestibulaire médian, nous avons recherché l'impact de la suppression de l'activité GABAergique sur les ajustements posturaux réels de l'animal se comportant librement. Nos analyses au cours de la locomotion ne montrent pas d'altération majeure de la vitesse de déplacement de la souris. Les mouvements latéraux du cou lors de la locomotion ne sont pas non plus altérés.
par Margot LAROSE (Oenologie)
Cette soutenance a lieu le 16-12-2025 à 9h00 - Amphitéatre 210 Chem. de Leysotte, 33140 Villenave-d'Ornon
devant le jury composé de
L'étape de pressurage des marcs est une pratique largement répandue dans le monde viticole. Dans le vignoble bordelais, les vins de presse représentent environ 15 % du volume total des vins produits. Cependant, les connaissances scientifiques sur ces vins dits “de presse” restent limitées. Leurs méthodes de production et leurs utilisations reposent majoritairement sur l'expérience des professionnels de la filière. Aussi, ce travail de thèse vise à établir un socle de connaissance sur l'identité des vins de presse, reposant à la fois sur la perception sensorielle et sur leur composition chimique. Dans un premier temps, une étude a été menée afin de décrire le concept de vins de presse détenu par les acteurs de la filière viti-vinicole d'une part, par l'équipe technique du Château Montrose et enfin par l'œnologue référent spécialiste des vins de presse. Cette approche a permis de confirmer l'existence d'un véritable concept des vins de presse, montrant qu'ils ne constituent pas seulement un sous-produit de la vinification, mais bien un outil œnologique multifonctionnel à part entière qu'il importe de valoriser et maîtriser pour sécuriser la qualité des vins de garde bordelais. Cette partie visait également à étudier les critères associés à la qualité et au potentiel d'assemblage des vins de presse. Il est apparu que ces critères sont multifactoriels, complexes et projectifs, exigeant une approche technique et sensorielle fine, ainsi qu'un haut degré d'expertise. La seconde partie de ces travaux s'est attachée d'une part à comparer la composition chimique des vins de presse à celle des vins de gouttes correspondants, et d'autre part, à étudier les différences de compositions chimiques entre les trois catégories liées à la capacité des vins à intégrer l'assemblage de vin de presse. Pour cela, un total de 358 vins rouges mono-cépage et issus de deux cépages bordelais (Merlot et Cabernet-Sauvignon) et de quatre millésimes (2021, 2022, 2023 et 2024) a été analysés. Un large panel de composés volatiles et non volatiles ont été dosés. Les résultats montrent que, contrairement aux quelques données disponibles sur le sujet, les vins de presse ne sont pas “plus concentrés en tout éléments de leurs constitutions, excepté en alcool”. En effet, les vins de presse se caractérisent par un pH et une acidité volatile plus élevés, ainsi que des teneurs supérieures en composés phénoliques. Ces observations indiquent que les vins de presse sont globalement plus riches en composés phénoliques, mais plus pauvres en composés odorants et en alcool. Néanmoins, même si ces résultats laissent apparaître des tendances constantes selon le type de vin, d'autres paramètres sont fortement influencés par le millésime et le cépage. Ces observations sont cohérentes avec la perception des vins de presse, considérant qu'ils sont utilisés pour enrichir la structure, et en particulier contribuer à la dimension tannique de l'assemblage. Il n'existe pas de corrélations évidentes entre composition chimique et catégories sensorielles. Les analyses ciblées utilisées ne permettent pas, à elles seules, d'expliquer de façon cohérente et reproductible la qualité de ces vins, quels que soient le millésime ou le cépage. En conclusion, cette thèse constitue une base de données solide sur la composition chimique et les caractéristiques sensorielles des vins issus du pressurage des marcs rouges. Elle ouvre cependant de nouvelles perspectives de recherche, notamment sur les critères de catégorisation des vins de presse et sur leur potentiel de vieillissement au sein des assemblages.
par Katarina DELIC (Oenologie)
Cette soutenance a lieu le 17-12-2025 à 9h00 - Amphitheâtre de l'Institut des Sciences de la Vigne et du Vin ISVV, 210 chemin de Leysotte 33882 Villenave d'Ornon, France
devant le jury composé de
Dans cette étude, la réactivité des procyanidines et des anthocyanes dans les vins jeunes et vieillis de ‘Prokupac', ‘Merlot' et ‘Cabernet Sauvignon' vis-à-vis des protéines salivaires est examinée par SDS-PAGE et UHPLC-QTOF-MS afin de déterminer les différences entre les composés phénoliques du vin rouge en relation avec le processus de vieillissement du vin. L'analyse par SDS-PAGE a révélé que les procyanidines, les polymères flavanol-anthocyanes et les ellagitannins présents dans le vin vieilli présentent de fortes affinités pour les protéines salivaires, conduisant à la formation de complexes insolubles. En revanche, le vin jeune contenait principalement des procyanidines à forte affinité pour les protéines salivaires, ainsi que des flavan-3-ols monomériques et des anthocyanes, qui forment principalement des agrégats solubles, tandis que les phénoliques polymériques étaient moins représentés. Les profils électrophorétiques ont montré en outre que les procyanidines d'origine graine formaient principalement des complexes insolubles avec les protéines salivaires, tandis que les anthocyanes d'origine pelliculaire avaient tendance à en former des solubles. La teneur totale de tous les composés phénoliques quantifiés par UHPLC-QTOF-MS était 2,5 fois plus élevée dans le vin jeune que dans le vin vieilli, principalement en raison de l'abondance nettement plus importante de malvidine-3-O-glucoside dans le vin jeune (niveau huit fois plus élevé dans le vin jeune). L'analyse ciblée par UHPLC-QTOF-MS des phénoliques sélectionnés a confirmé les résultats électrophorétiques et a montré une affinité de liaison plus élevée des procyanidines dans le vin vieilli par rapport au vin jeune, ainsi qu'un pourcentage de liaison des procyanidines supérieur à celui des anthocyanes, indépendamment de l'âge du vin. L'évaluation sensorielle a montré que le vin vieilli présentait des scores de qualité des tanins plus élevés, tandis que le vin jeune exprimait une acidité et une astringence plus marquées, l'amertume étant comparable entre les deux. Ces résultats soulignent l'influence du vieillissement du vin sur l'interaction entre les composés phénoliques et les protéines salivaires et mettent en évidence le rôle dominant des procyanidines dans la liaison aux protéines ainsi que la contribution synergique potentielle des anthocyanes à la perception des sensations en bouche.
par Laura FARRIS (Oenologie)
Cette soutenance a lieu le 17-12-2025 à 9h00 - Amphi Lescouzères Bordeaux Sciences Agro 1 Cour du Général de Gaulle 33170 Gradignan
devant le jury composé de
Le profil aromatique du vin est un élément crucial pour sa qualité et son acceptation par le consommateur. Bien que les facteurs comme le climat, le cépage et les conditions de vinification soient bien connus pour leur influence déterminante sur ce profil, le rôle du porte-greffe reste un domaine de recherche encore fragmenté. Initialement choisi pour sa résistance au phylloxéra, le porte-greffe est devenu un outil essentiel pour l'adaptation aux facteurs pédoclimatiques et l'atteinte des objectifs de production. Malgré cette importance, son impact sur les composés aromatiques des vins est encore très peu étudié. Dans ce contexte, cette thèse vise à explorer ce manque de connaissances en étudiant comment le porte-greffe imfluence les composés aromatiques et l'expression sensorielle des vins. L'étude explore notamment la manière dont cet impact est lié à la modulation de la maturité des raisins, qui est elle-même dépendante du statut hydrique et minéral de la vigne, ainsi que de paramètres agronomiques clés tels que l'état phénologique, l'expression végétative et le rendement. L'étude a été menée sur le dispositif expérimental GreffAdapt, qui réunit 55 porte-greffes sur lesquels sont greffés 5 variétés différentes. L'étude s'est concentrée sur 20 porte-greffes et le greffon Cabernet-Sauvignon au cours de trois millésimes. Pour évaluer l'influence des porte-greffes, un phénotypage exhaustif a été réalisé sur les vignes, incluant la date de mi-véraison, des mesures d'expression végétative et de rendement, ainsi que l'évaluation du statut hydrique et azoté. Une fois récoltés, les raisins ont été analysés pour leur composition chimique avant que des microvinifications ne soient conduites dans des conditions standardisées. Les vins produits ont été soumis à des analyses ciblées pour la quantification d'une large gamme de composés aromatiques. Enfin, une méthodologie sensorielle en deux temps a été employée, combinant une tâche de Napping pour évaluer la diversité perçue, et un profil sensoriel pour caractériser de ces mêmes vins. Les résultats ont montré que le porte-greffe avait un impact significatif sur les paramètres de maturité, notamment sur les acides organiques. Cependant, l'effet sur la majorité des composés aromatiques quantifiés était limité. Des effets notables ont été observés uniquement pour la β-damascénone, l'IBMP et le linalol, avec des concentrations qui variaient selon le millésime. Le Napping a validé une diversité sensorielle entre les vins, mais avec une variabilité interannuelle, bien que certains porte-greffes aient formé des groupes stables sur plusieurs millésimes. Le profil descriptif a permis de caractériser ces différences, identifiant des arômes comme le cassis ou les fruits rouges confiturées comme étant significativement affectés par le porte-greffe.
par Pei HAN (Oenologie)
Cette soutenance a lieu le 18-12-2025 à 9h00 - Amphithéâtre ISVV 210 Chemin de Leysotte, 33140 Villenave-d'Ornon
devant le jury composé de
Les meilleurs vins de chardonnay produits en Bourgogne sont connus pour leur aptitude à la garde. Les déterminants moléculaires conditionnant cette capacité de vieillissement, c'est-à-dire de résister aux phénomènes oxydatifs, ne sont pas connus à ce jour. En outre, au regard de l'importance de cette caractéristique singulière, les professionnels souhaitent pouvoir disposer d'outils leur permettant d'évaluer précocement le potentiel de garde de leurs vins blancs. Ainsi, cette thèse a pour objectif de combler ce manque de connaissances et propose d'optimiser et de comparer les performances de différentes stratégies analytiques permettant d'évaluer la capacité de vieillissement des vins blancs de chardonnay. Cette démarche est basée à la fois sur la connaissance des marqueurs moléculaires impliqués dans l'évolution oxydative de l'arôme des vins blancs, le (R/S)-sotolon et les aldéhydes de Strecker (méthional, phénylacétaldéhyde), et également sur les potentialités de la détection des radicaux libres à courte durée de vie par Spin Trap/RPE. La quantification des marqueurs d'oxydation nous a permis de mettre en évidence la contribution sensorielle du méthional et du (S)-sotolon à l'arôme des vins de chardonnay oxydés tout en précisant l'impact de l'acide L(+)-Lactique sur l'intensité olfactive du (R/S)-sotolon et des aldéhydes de Strecker. En outre, les conditions opératoires de l'approche spectroscopique Spin Trap/RPE ont été optimisées pour suivre l'évolution de la cinétique de formation/dégradation du radical 1-hydroxyéthyle (1-HER) lors de l'oxydation de Fenton (H2O2, Fe2+) dans les vins blancs. L'application d'un modèle lognormal nous a permis de révéler la contribution et le lien de certains paramètres de la courbe (indice a) avec le niveau d'oxydation des vins et particulièrement leur teneur en méthional, c'est-à-dire l'existence d'un lien entre réactivité radicalaire du vin et la présence de composés d'arôme. Au travers de très nombreuses analyses de vins, nous montrons que le test SpinTrap/RPE permet d'obtenir une réponse à la fois plus discriminante tout en restant complémentaire aux méthodes classiques DPPH, ORAC et FRAP. Enfin, un travail complémentaire portant sur l'impact de la date de récolte des raisins sur la capacité de vieillissement des vins en conditions d'oxygénation contrôlées nous a permis de mettre en lumière le caractère prédictif de la détection précoce de radicaux libres par Spin Trap/RPE sur un vieillissement en cave. Ce protocole expérimental met également en lumière le rôle complémentaire du méthional et du sotolon pour expliquer l'oxydation des vins de chardonnay selon le niveau de maturité des raisins.
par Manon FERREIRA (Oenologie)
Cette soutenance a lieu le 19-12-2025 à 9h30 - Amphithéâtre ISVV 210 Chemin de Leysotte, Institu des Sciences de la Vigne et du Vin, 33140, Villenave d'Ornon
devant le jury composé de
Les tanins condensés sont présents dans de nombreuses boissons et aliments tels que le raisin, le vin, le thé, la pomme ou encore le chocolat. Dans le vin, ils contribuent à diverses propriétés organoleptiques, notamment l'astringence et l'amertume, et jouent un rôle important dans l'évolution et la stabilité de la couleur des vins rouges. Récemment, une nouvelle sous-famille de tanins condensés possédant un squelette macrocyclique avec une cavité, a été découverte et nommée tanins couronnes. Ce projet de thèse visait à approfondir les connaissances sur cette nouvelle famille de tanins condensés. Le premier axe de recherche portait sur l'influence de différentes matrices œnologiques (rosé, clairet, vin orange, porto Ruby et porto Tawny) sur leur concentration et leur évolution au cours du temps. Le second axe consistait en une caractérisation approfondie de leur structure par spectrométrie de masse et résonance magnétique nucléaire (RMN), ainsi que de leurs propriétés physico-chimiques. Les phénomènes de copigmentation et les interactions avec un peptide salivaire modèle ont également été étudiés dans différentes conditions.
par Etienne PATIN (Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne)
Cette soutenance a lieu le 18-12-2025 à 9h00 - Colette & Josy Bové INRAE Grande Ferrade 71 Av. Edouard Bourlaux, 33140 Villenave-d'Ornon
devant le jury composé de
Le changement climatique impose à la filière viticole de s'adapter aux conditions de sécheresse. L'un des leviers d'action consiste à diversifier l'offre de porte-greffes adaptés, car le système racinaire joue un rôle clé dans la réponse des plantes au déficit hydrique, à travers son développement et sa capacité à acquérir les ressources du sol. Cependant, l'identification des traits racinaires favorables à la tolérance à la sécheresse susceptible d'être intégrés d'un programme d'amélioration génétique, demeure une question non résolue, en particulier pour les espèces pérennes comme la vigne. Ce manque de connaissances s'explique notamment par le caractère chronophage du phénotypage racinaire et les limites pour le développement du phénotypage à haut débit. Ce dernier étant indispensable pour estimer la variabilité génétique des traits racinaires de façon représentative sur des larges populations. Une meilleure compréhension de la diversité génétique des systèmes racinaires d'espèces de Vitis sauvages adaptés à la sècheresse est néanmoins indispensable pour alimenter les programmes d'innovation variétale des porte-greffes de vigne adaptés aux futurs environnements. Cette thèse a pour objectif de quantifier la variation génétique inter- et intraspécifique des traits racinaires de Vitis spp. sauvages, établir leur lien avec des réponses à la sécheresse et identifier des proxys pour faciliter leur incorporation aux schémas de sélection des porte-greffes. Pour ce faire, un panel de 50 accessions, comprenant 12 espèces sauvages, a été étudié sous forme de bouture ou greffé avec Floréal, au travers de deux expérimentations soumises à un déficit hydrique. Ces expérimentations ont permis d'évaluer les réponses aériennes pendant le déficit hydrique, ainsi que de caractériser le système racinaire au niveau morphologique, fonctionnel, anatomique et métabolomique. Des approches multivariées et univariées ont permis d'étudier le lien entre la variation génétique des traits racinaires et des réponses à la sécheresse. L'étude du métabolisme a permis d'explorer des biomarqueurs pour prédire des traits racinaires. Par ailleurs, la covariation entre le métabolisme et les traits racinaires a pu être étudié, révélant une plus large variation du métabolisme en réponse à l'environnement, bien que cette tendance varie selon les espèces. Enfin, une dernière expérimentation menée en hydroponie et en sable, a permis d'étudier la diversité génétique des traits en lien avec la dynamique de mise en place précoce du système racinaire. Cette expérimentation complémentaire a permis d'évaluer la plasticité phénotypique des traits de morphologie racinaire en réponse au substrat de culture et de tester leur stabilité au cours du développement de la plante. Tous ces résultats vont permettre de caractériser des stratégies racinaires en lien avec les réponses à la sécheresse d'un panel de diversité naturelle et donc d'évaluer leur potentiel dans des programmes de sélection de porte-greffe de vigne.